VariantReportabilityRulesChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты VariantReportabilityRulesChecker для сценария Variant Reportability Rules Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• ⚠️ ВАЖНО:
• SampleID,VariantID,Gene,VariantType,Context,VAF_Percent,MinReportableVAF_Percent,ReadDepth,MinReportableDepth,ACMG_Classification,AMP_Tier,GnomAD_AF,MaxReportable_GNomAD_AF_Somatic,MaxReportable_GNomAD_AF_Germline,HasTherapeuticAssociation,HasDiagnosticSignificance,HasPrognosticSignificance,PatientConsent_SecondaryFindings,IsSecondaryFinding,IsOnGenePanel,RuleEngine_Pass,FilterReason
• NGS-001,EGFR:c.2573T>G,EGFR,SNV,Somatic,28.5,5,850,100,,TierI,0.00001,0.01,0.001,true,true,true,false,false,true,true,
• Это критически важно для patient safety и regulatory compliance.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Rule Engine Concordance: ANY discrepancy = CRITICAL. Требует немедленного расследования.
• Критические параметры:
• • VAF ≥ Min Reportable Threshold
• • Read Depth ≥ Min Reportable Depth
• • gnomAD AF ≤ Context-specific Max
• 5. Escalation: Настройте автоматическое уведомление при обнаружении CRITICAL_ISSUE.
• ⚠️ Примечание: Данная утилита проверяет ПРИМЕНЕНИЕ правил, а не их клиническую корректность. Корректность самих правил определяется экспертной группой (молекулярный патолог, генетик, биоинформатик) и фиксируется в валидационном протоколе. Утилита гарантирует, что утвержденные правила применены последовательно и без ошибок.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,VariantID,Gene,VariantType,Context,VAF_Percent,MinReportableVAF_Percent,ReadDepth,MinReportableDepth,ACMG_Classification,AMP_Tier,GnomAD_AF,MaxReportable_GNomAD_AF_Somatic,MaxReportable_GNomAD_AF_Germline,HasTherapeuticAssociation,HasDiagnosticSignificance,HasPrognosticSignificance,PatientConsent_SecondaryFindings,IsSecondaryFinding,IsOnGenePanel,RuleEngine_Pass,FilterReason
NGS-2026-001,EGFR:c.2573T>G,EGFR,SNV,Somatic,28.5,5.0,850,100,,Tier I,0.00001,0.01,0.001,true,true,true,false,false,true,true,
NGS-2026-001,BRCA2:c.7868A>G,BRCA2,SNV,Germline,49.0,20.0,200,100,VUS,,0.0002,0.01,0.001,false,false,false,false,true,true,false,Secondary finding without patient consent
NGS-2026-001,TP53:c.215C>G,TP53,SNV,Somatic,8.0,5.0,500,100,,Tier IV,0.025,0.01,0.001,false,false,false,false,false,true,false,High population frequency

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "variantreportabilityruleschecker",
  "utilityFolder": "VariantReportabilityRulesChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "NGS-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "VariantID",
      "value": "EGFR:c.2573T>G",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Gene",
      "value": "EGFR",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "VariantType",
      "value": "SNV",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "Context",
      "value": "Somatic",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "VAF_Percent",
      "value": "28.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "MinReportableVAF_Percent",
      "value": "5.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "ReadDepth",
      "value": "850",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "MinReportableDepth",
      "value": "100",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "ACMG_Classification",
      "value": "",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "AMP_Tier",
      "value": "Tier I",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "GnomAD_AF",
      "value": "0.00001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "VariantReportabilityRulesChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.