VariantClassificationGateChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты VariantClassificationGateChecker для сценария Variant Classification Gate Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Criteria Sufficiency & Validity: Проверка количества и допустимости комбинации критериев (PVS1, PS1, PM2 и др.) для присвоенного класса.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Классификация «Pathogenic» на основе только PM-критериев НЕВАЛИДНА по правилам ACMG.
• • Конфликт в ClinVar (>2 противоречащих подачи) требует обязательного ручного курирования.
• Классификация варианта определяет судьбу пациента: операцию, терапию, семейный скрининг.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Детекция невалидных комбинаций ACMG/AMP критериев
• Критические параметры:
• • Criteria Count: ≥ Minimum required
• 2. VCEP Specifications: Для генов с ClinGen VCEP используйте специфичные критерии вместо общих ACMG.
• 4. Conflict Resolution Protocol: Заранее определите процедуру разрешения конфликтов (третий эксперт, функциональные данные).
• 5. Audit Trail: Сохраняйте полный набор критериев и версии баз для каждого классифицированного варианта.
• ⚠️ Примечание: Данная утилита проверяет ДОКАЗАТЕЛЬНУЮ БАЗУ классификации, а не её клиническую истинность. Истинность определяется совокупностью научных данных и экспертным суждением. Утилита гарантирует, что классификация обоснована, воспроизводима и соответствует утвержденным стандартам.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,VariantID,Gene,Context,AssignedClassification,ClassificationFramework,AppliedCriteria,MinRequiredCriteria_Count,ActualCriteria_Count,CriteriaCombination_Valid,ClinVar_CurrentStatus,ClinVar_Conflict,ClinVar_SubmissionCount,DatabaseVersion_ClinVar,ValidatedDatabaseVersion_ClinVar,DatabaseVersion_GNomAD,ValidatedDatabaseVersion_GNomAD,ManualReview_Completed,ReviewerID,AutoManual_Concordant,DiseaseContext_Matched,IsActionable,ActionabilityVerified
NGS-2026-001,BRCA1:c.5266dupC,BRCA1,Germline,Pathogenic,ACMG_AMP_2015,PVS1+PS1+PM2,2,3,true,Pathogenic,false,45,2026-05,2026-05,v4.1,v4.1,true,DR-SMITH,true,true,true,true
NGS-2026-001,CHEK2:c.1100delC,CHEK2,Germline,Likely Pathogenic,ACMG_AMP_2015,PVS1+PM2,2,2,true,Conflicting interpretations,true,18,2026-05,2026-05,v4.1,v4.1,true,DR-JONES,false,true,false,true
NGS-2026-002,TP53:c.743G>A,TP53,Somatic,Tier I,AMP_ASCO_CAP_2017,Level_A,1,1,true,Pathogenic,false,12,2025-11,2026-05,v4.0,v4.1,false,,true,true,true,true

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "variantclassificationgatechecker",
  "utilityFolder": "VariantClassificationGateChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "NGS-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "VariantID",
      "value": "BRCA1:c.5266dupC",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Gene",
      "value": "BRCA1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Context",
      "value": "Germline",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "AssignedClassification",
      "value": "Pathogenic",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "ClassificationFramework",
      "value": "ACMG_AMP_2015",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "AppliedCriteria",
      "value": "PVS1+PS1+PM2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MinRequiredCriteria_Count",
      "value": "2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ActualCriteria_Count",
      "value": "3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "CriteriaCombination_Valid",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "ClinVar_CurrentStatus",
      "value": "Pathogenic",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "ClinVar_Conflict",
      "value": "false",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "VariantClassificationGateChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.