VariantAlleleFractionGateChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты VariantAlleleFractionGateChecker для сценария Variant Allele Fraction Gate Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • LOD/LOQ Comparison: Сравнение наблюдаемой VAF с валидированными пределами обнаружения и количественного определения.
• • Purity-Adjusted Expectation: Корректировка ожидаемой минимальной VAF на чистоту опухоли и плоидность.
• • Germline Suspicion Flag: Выявление вариантов с VAF ~50%/~100% в соматических образцах.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Binomial p-value > 0.05 означает, что alt reads могут быть объяснены ошибкой секвенирования.
• SampleID,VariantID,Gene,VariantType,Context,ObservedVAF_Percent,TotalDepth,AltReads,TumorPurity_Percent,Ploidy,AssayLOD_Percent,AssayLOQ_Percent,ExpectedMinVAF_PurityAdjusted,BinomialPValue,MaxBinomialPValue,IsKnownHotspot,HasStrandBias,IsInHomopolymer,GnomAD_AF,IsGermlineByVAF
• TUMOR-001,KRAS:c.35G>A,KRAS,SNV,Somatic_Tissue,8.5,450,38,20,2.0,5.0,10.0,7.5,1.2E-12,0.05,true,false,false,0.00001,false
• • Жидкая биопсия: Валидация ultra-rare вариантов (VAF <1%) в cfDNA.
• • MRD-мониторинг: Разграничение истинного сигнала от шума на пределе чувствительности.
• Это критически важно для чувствительности жидкой биопсии и специфичности тканевого тестирования.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Purity Adjustment: ОБЯЗАТЕЛЬНА для тканевых соматических образцов. Без неё = систематическая потеря вариантов.
• • Binomial P ≤ 0.05: Без статистической значимости VAF бессмысленна независимо от абсолютного значения.
• • Alt Reads ≥ 3: Абсолютный минимум для любого вызова. 1-2 рида = артефакт.
• • Germline Suspicion: VAF ~50% в соматическом образце требует проверки с парной нормалью.
• Критические параметры:
• • Purity-Adjusted Expected VAF: Calculated per sample
• • Binomial P-Value: ≤ 0.05

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,VariantID,Gene,VariantType,Context,ObservedVAF_Percent,TotalDepth,AltReads,TumorPurity_Percent,Ploidy,AssayLOD_Percent,AssayLOQ_Percent,ExpectedMinVAF_PurityAdjusted,BinomialPValue,MaxBinomialPValue,IsKnownHotspot,HasStrandBias,IsInHomopolymer,GnomAD_AF,IsGermlineByVAF
TUMOR-001,KRAS:c.35G>A,KRAS,SNV,Somatic_Tissue,8.5,450,38,20,2.0,5.0,10.0,7.5,1.2E-12,0.05,true,false,false,0.00001,false
LB-001,EGFR:c.2573T>G,EGFR,SNV,Somatic_LiquidBiopsy,0.25,25000,62,100,2.0,0.5,1.0,0.5,3.5E-8,0.05,true,false,false,0.0,false
TUMOR-002,PTEN:c.388C>T,PTEN,Indel,Somatic_Tissue,6.2,180,11,45,2.0,5.0,10.0,18.0,0.08,0.05,false,true,true,0.0001,false

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "variantallelefractiongatechecker",
  "utilityFolder": "VariantAlleleFractionGateChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "TUMOR-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "VariantID",
      "value": "KRAS:c.35G>A",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Gene",
      "value": "KRAS",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "VariantType",
      "value": "SNV",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "Context",
      "value": "Somatic_Tissue",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "ObservedVAF_Percent",
      "value": "8.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "TotalDepth",
      "value": "450",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "AltReads",
      "value": "38",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "TumorPurity_Percent",
      "value": "20",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "Ploidy",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "AssayLOD_Percent",
      "value": "5.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "AssayLOQ_Percent",
      "value": "10.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "VariantAlleleFractionGateChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.