VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker

Vaccine Potency TCID50/EID50

Vet veterinary veterinary vaccines animal health adjuvants aquaculture batch release CSV→JSON
Открыть подборку

Описание утилиты: Vaccine Potency TCID50/EID50

Vaccine Potency TCID50/EID50 Quality Checker — Контроль титра вакцины (TCID50 / EID50)

ℹ️  Утилита оценивает potency (активность) живых ветеринарных вакцин методами определения тканевой инфекционной дозы (TCID50) или яйцевой инфекционной дозы (EID50):
     • Сравнение расчетного титра (log10) с минимально требуемым уровнем активности
     • Проверка валидности клеточного контроля (Cell Control): выживаемость клеток должна быть высокой (>80%), чтобы исключить токсичность среды
     • Контроль обратной титрации (Back Titration): подтверждение того, что в лунки была внесена корректная доза вируса
     • Поддержка методов Спирмена-Кербера и Рида-Мюнха (через входные данные расчета)

⚠️  КРИТИЧНО: 
     • Если выживаемость клеточного контроля низкая (<80%), тест считается НЕДЕЙСТВИТЕЛЬНЫМ (Invalid), так как ЦПД может быть вызвано токсичностью, а не вирусом.
     • Титр ниже минимально требуемого уровня означает, что вакцина не обеспечит защитный иммунитет у животных.

Использование:
  VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ProductName,MethodType,CalculatedTiter_Log10,MinRequiredTiter_Log10,CellControlSurvival_Percent,VirusBackTitration_Log10,NumberOfReplicates,CPE_Observation_Days

Пример:
  VAC-TCID-2026-001,IBR Vaccine,TCID50,7.5,6.5,95.0,4.0,8,"3,5,7"

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Для живых вакцин титр является главным показателем качества и эффективности.
В отличие от инактивированных вакцин, где важна масса антигена, здесь важно количество жизнеспособных инфекционных единиц.
Методы TCID50 (на клетках) и EID50 (на куриных эмбрионах) являются стандартами де-факто в ветеринарной вирусологии.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Cell Control: Должен показывать отсутствие ЦПД (цитопатического действия). Если клетки погибают в контроле, реагенты или условия культивирования непригодны.
• Back Titration: Проводится параллельно с основным тестом для подтверждения точности разведений. Отклонение более чем на 0.5-1.0 log от ожидаемого значения требует расследования.
• CPE Observation: Наблюдение за ЦПД должно проводиться в течение нескольких дней (например, 3, 5, 7 дни) для учета медленно растущих вирусов.
• Статистика: Расчет титра должен проводиться по валидированным статистическим методам (Spearman-Kärber или Reed-Muench).

Ключевые особенности утилиты:
• Проверка соответствия титра спецификации
• Валидация системного контроля (клетки и вирус)
• Поддержка различных методов титрования (TCID50, EID50)
• Генерация отчетов для отделов биоконтроля и LIMS LabWare
• Соответствие требованиям Ph. Eur. 5.2.14 и VICH GL53

Критические параметры:
• Титр: ≥ Минимально требуемого (указывается в досье)
• Выживаемость клеточного контроля: ≥ 80%
• Обратная титрация: в пределах допустимого диапазона от целевого значения

💡 Советы по использованию:
1. Чистота культуры: Используйте только свободные от микоплазмы клеточные линии. Микоплазма может искажать результаты титрования.
2. Считывание результатов: Оценка ЦПД должна проводиться слепым методом (blind reading) для исключения субъективности оператора.
3. Разведения: Используйте строгую технику серийных разведений (обычно 10-кратных) для обеспечения точности расчета.
4. Интерпретация: Если титр пограничный, рекомендуется повторить тест на новой алликвоте образца.
5. Документирование: Все сырые данные (количество положительных лунок на каждом разведении) должны сохраняться для аудита.

⚠️ Особенность: В ветеринарии часто используются сложные поливалентные вакцины. Для них титрование каждого компонента проводится отдельно, так как вирусы могут интерферировать друг с другом при совместном культивировании.

input.csv

BatchNumber,ProductName,MethodType,CalculatedTiter_Log10,MinRequiredTiter_Log10,CellControlSurvival_Percent,VirusBackTitration_Log10,NumberOfReplicates,CPE_Observation_Days
VAC-TCID-2026-001,IBR Live Vaccine,TCID50,7.5,6.5,95.0,4.0,8,"3,5,7"
VAC-EID-2026-002,Newcastle Disease Vaccine,EID50,9.2,8.5,100.0,5.5,5,"3,4"
VAC-FAIL-2026-003,BVDV Vaccine,TCID50,6.0,6.5,50.0,3.8,8,"3,5,7"

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker для сценария Vaccine Potency TCID50/EID50 Quality Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Vaccine Potency TCID50/EID50 Quality Checker — Контроль титра вакцины (TCID50 / EID50)
  • ℹ️ Утилита оценивает potency (активность) живых ветеринарных вакцин методами определения тканевой инфекционной дозы (TCID50) или яйцевой инфекционной дозы (EID50):
  • • Проверка валидности клеточного контроля (Cell Control): выживаемость клеток должна быть высокой (>80%), чтобы исключить токсичность среды
  • ⚠️ КРИТИЧНО:
  • • Если выживаемость клеточного контроля низкая (<80%), тест считается НЕДЕЙСТВИТЕЛЬНЫМ (Invalid), так как ЦПД может быть вызвано токсичностью, а не вирусом.
  • VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker.exe → демо-режим (вывод в консоль)
  • VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
  • В отличие от инактивированных вакцин, где важна масса антигена, здесь важно количество жизнеспособных инфекционных единиц.
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • Соответствие требованиям Ph. Eur. 5.2.14 и VICH GL53
  • Критические параметры:
  • • Титр: ≥ Минимально требуемого (указывается в досье)
  • • Выживаемость клеточного контроля: ≥ 80%
  • • Обратная титрация: в пределах допустимого диапазона от целевого значения

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для Vaccine Potency TCID50/EID50 Quality Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1BatchNumberstring / controlled vocabularyVAC-TCID-2026-001Идентификатор серии/партии для трассируемости.
2ProductNamestring / controlled vocabularyIBR Live VaccineНаименование продукта или проверяемой лекарственной формы.
3MethodTypestring / controlled vocabularyTCID50Метод или технологический подход; контролируемое справочное значение.
4CalculatedTiter_Log10decimal7.5Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5MinRequiredTiter_Log10decimal6.5Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6CellControlSurvival_Percentdecimal95.0Контрольная точка/контрольный образец для валидности серии анализа.
7VirusBackTitration_Log10decimal4.0Отношение компонентов; структурный или рецептурный CQA.
8NumberOfReplicatesinteger / decimal8Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
9CPE_Observation_Daysstring / controlled vocabulary3,5,7Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
BatchNumber,ProductName,MethodType,CalculatedTiter_Log10,MinRequiredTiter_Log10,CellControlSurvival_Percent,VirusBackTitration_Log10,NumberOfReplicates,CPE_Observation_Days
VAC-TCID-2026-001,IBR Live Vaccine,TCID50,7.5,6.5,95.0,4.0,8,3,5,7
VAC-EID-2026-002,Newcastle Disease Vaccine,EID50,9.2,8.5,100.0,5.5,5,3,4
VAC-FAIL-2026-003,BVDV Vaccine,TCID50,6.0,6.5,50.0,3.8,8,3,5,7

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001BatchNumberПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002ProductNameПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003MethodTypeПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004CalculatedTiter_Log10Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005MinRequiredTiter_Log10Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006CellControlSurvival_PercentПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007VirusBackTitration_Log10Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-008NumberOfReplicatesПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-009CPE_Observation_DaysПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для Vaccine Potency TCID50/EID50 Quality Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "vaccinepotencytcid50-eid50-qualitychecker",
  "utilityFolder": "VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker",
  "package": "Vet",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "BatchNumber",
      "value": "VAC-TCID-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "ProductName",
      "value": "IBR Live Vaccine",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "MethodType",
      "value": "TCID50",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "CalculatedTiter_Log10",
      "value": "7.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "MinRequiredTiter_Log10",
      "value": "6.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "CellControlSurvival_Percent",
      "value": "95.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "VirusBackTitration_Log10",
      "value": "4.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "NumberOfReplicates",
      "value": "8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "CPE_Observation_Days",
      "value": "3,5,7",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "VaccinePotencyTCID50_EID50_QualityChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Инфекционистика

Пакет QC-утилит для инфекционистики: антибактериальные, противовирусные, противогрибковые и противопаразитарные продукты, микробиология, стерильность, эндотоксины, вирусная безопасность, вакцинные release-checks.

Открыть

Vet — ветеринарные QC утилиты

Пакет Vet предназначен для ветеринарной фармацевтики и вакцин: адъюванты, антигены, аутогенные вакцины, аквакультура, корма/премиксы, антибактериальные и паразитарные препараты, стерильность и выпуск серии.

Открыть