UrineBiofluidSampleGateChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты UrineBiofluidSampleGateChecker для сценария Urine Biofluid Sample Gate Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Time to Stabilization ≤ 2h: Нуклеазы мочи деградируют cfDNA за часы при RT.
• • Без стабилизатора + обработка >4ч = значительная деградация.
• • Volume ≥ Minimum: Достаточность для экстракции.
• • cfDNA Yield ≥ Minimum: Абсолютное количество для надёжного тестирования.
• • cfDNA Concentration ≥ 0.5 ng/mL: Концентрация с учётом разведения.
• • DIN Score ≥ 1.5: Целостность ДНК (ниже, чем для ткани/плазмы из-за природы матрицы).
• • Spike-in Recovery ≥ 70%: Тест на ингибирование обязателен для мочи.
• • Urea ≤ 500 mM: Высокая мочевина ингибирует ПЦР.
• • Proteinuria ≤ 30 mg/dL: Белок мешает экстракции и амплификации.
• • Hematuria Score ≤ 2+: Кровь вносит нерелевантную ДНК, маскируя опухолевой сигнал.
• • Creatinine ≥ 20 mg/dL: Низкий креатинин = чрезмерное разведение.
• • Freeze-Thaw Cycles ≤ 2: Каждый цикл увеличивает фрагментацию.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Разведённая моча (SG <1.005, креатинин <20) может дать ложноотрицательный результат.
• • Гематурия >2+ делает количественную интерпретацию опухолевой ДНК невозможной.
• • Аккредитация CAP/ISO: Документирование pre-analytical QC для нетрадиционных матриц.
• ⚠️ Примечание: Утилита оценивает ПРЕАНАЛИТИЧЕСКУЮ ПРИГОДНОСТЬ образца мочи. Она не заменяет пост-экстракционный QC или аналитическую валидацию ассая. При статусе ACCEPTABLE_WITH_LIMITATIONS результаты должны сопровождаться комментарием о выявленных ограничениях. При DILUTED_DEGRADED рекомендуется повторный забор до выдачи отрицательного результата.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,PatientID,TargetAnalyte,ClinicalIndication,CollectionType,CollectionDateTime,StabilizationDateTime,ProcessingDateTime,TimeToStabilization_Hours,MaxTimeToStabilization_Hours,TimeToProcessing_Hours,MaxTimeToProcessing_Hours,StabilizerUsed,Stabilizer_Validated_ForAnalyte,Volume_mL,MinVolume_mL,pH_Value,MinAcceptable_pH,MaxAcceptable_pH,SpecificGravity,MinSpecificGravity,MaxSpecificGravity,Dipstick_Performed,Hematuria_Score,MaxHematuria_Score,Proteinuria_mg_dL,MaxProteinuria_mg_dL,Pyuria_Detected,LeukocyteEsterase_Score,Nitrite_Positive,Bacteriuria_Detected,CfDNA_Yield_ng,MinCfDNA_Yield_ng,CfDNA_Concentration_ng_mL,MinCfDNA_Concentration_ng_mL,CfDNA_FragmentPeak_bp,ExpectedFragmentPeak_bp,FragmentTolerance_bp,DIN_Score,MinDIN_Score,InhibitionTest_Performed,InhibitionTest_Recovery_Percent,MinInhibitionRecovery_Percent,PCR_Inhibition_Detected,Urea_Concentration_mM,MaxUrea_Concentration_mM,Creatinine_mg_dL,MinCreatinine_mg_dL,CreatinineNormalized_Reporting,StorageCondition,RequiredStorageCondition,StorageCondition_Met,FreezeThawCycles,MaxFreezeThawCycles
UR-2026-001,PAT-BLADDER-042,Urine_cfDNA,Bladder_Monitoring,First_Catch,2026-06-08T07:00:00,2026-06-08T07:30:00,2026-06-08T14:00:00,0.5,2.0,7.0,24.0,EDTA,true,45.0,10.0,6.2,5.0,8.0,1.018,1.005,1.030,true,0.5,2.0,8.0,30.0,false,0,false,false,28.5,5.0,0.63,0.5,168,170,30,2.8,1.5,true,92.0,70,false,280,500,85.0,20,true,-80C,-80C,true,0,2
UR-2026-002,PAT-PROSTATE-055,Urine_cfDNA,Prostate_Cancer,Midstream,2026-06-07T14:00:00,,2026-06-08T10:00:00,0,2.0,20.0,24.0,None,false,120.0,10.0,8.5,5.0,8.0,1.002,1.005,1.030,true,3.0,2.0,45.0,30.0,true,2,true,true,2.1,5.0,0.018,0.5,220,170,30,1.2,1.5,true,35.0,70,true,620,500,8.0,20,true,4C,-80C,false,3,2

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "urinebiofluidsamplegatechecker",
  "utilityFolder": "UrineBiofluidSampleGateChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "UR-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-BLADDER-042",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "TargetAnalyte",
      "value": "Urine_cfDNA",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "ClinicalIndication",
      "value": "Bladder_Monitoring",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "CollectionType",
      "value": "First_Catch",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "CollectionDateTime",
      "value": "2026-06-08T07:00:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "StabilizationDateTime",
      "value": "2026-06-08T07:30:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "ProcessingDateTime",
      "value": "2026-06-08T14:00:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "TimeToStabilization_Hours",
      "value": "0.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MaxTimeToStabilization_Hours",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "TimeToProcessing_Hours",
      "value": "7.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "MaxTimeToProcessing_Hours",
      "value": "24.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "UrineBiofluidSampleGateChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.