SterilityMycoplasmaReviewUtility
Sterility & Mycoplasma Review
Описание утилиты: Sterility & Mycoplasma Review
Sterility & Mycoplasma Review Utility — Ревью тестов на стерильность и микоплазму
ℹ️ Утилита выполняет комплексную проверку результатов микробиологических испытаний биотехнологических препаратов согласно Ph. Eur. 2.6.1 (Стерильность) и Ph. Eur. 2.6.7 (Микоплазма):
• Стерильность: Проверка отсутствия роста микроорганизмов в средах TSB (аэробы) и FTG (анаэробы).
• Микоплазма: Проверка отсутствия микоплазм методом культивирования (включая индикаторные клетки) и ПЦР.
• Валидность тестов: Подтверждение корректности работы контролей и достаточности времени инкубации.
⚠️ КРИТИЧНО:
• Обнаружение роста в любом из тестов на стерильность или положительный результат на микоплазму является основанием для немедленного отклонения серии.
• Микоплазма является частым контаминантом клеточных культур и может не вызывать помутнения сред, поэтому требуются специфические методы детекции.
• Невалидные контроли (например, отсутствие роста в положительном контроле стерильности) делают весь тест непригодным для оценки.
Использование:
SterilityMycoplasmaReviewUtility.exe → демо-режим (вывод в консоль)
SterilityMycoplasmaReviewUtility.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
Формат input.csv:
BatchNumber,ProductName,Sterility_TSB_Growth,Sterility_FTG_Growth,Sterility_Incubation_Days,Mycoplasma_Culture_Result,Mycoplasma_Indicator_Cell_Result,Mycoplasma_PCR_Result,Mycoplasma_Incubation_Days,Sterility_PosControl_Valid,Sterility_NegControl_Valid,Mycoplasma_Control_Valid
Пример (0=No Growth, 1=Growth):
SM-001,mAb Bulk,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Для биопрепаратов, производимых на клеточных линиях, риск контаминации микопламой и бактериями является одним из самых высоких.
Эти тесты являются обязательными для выпуска каждой серии (Batch Release) и требуют длительного времени инкубации (до 28 дней для микоплазмы).
Автоматизация ревью снижает риск человеческой ошибки при интерпретации сложных данных.
⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Время инкубации: Стерильность требует минимум 14 дней, микоплазма — 28 дней. Тесты, остановленные раньше, невалидны.
• Метод ПЦР: Является более быстрым альтернативным методом, но часто используется в комбинации с культивированием для максимальной надежности.
• Индикаторные клетки: Используются для выявления микоплазм, которые плохо растут на искусственных средах.
• Расследование: Любой положительный результат требует проведения лабораторного расследования для исключения ложноположительного результата (ошибка оператора, контаминация лаборатории).
Ключевые особенности утилиты:
• Объединенная проверка стерильности и микоплазмы
• Строгий контроль валидности системы (контроли и время)
• Автоматическое принятие решения Pass/Fail
• Генерация отчетов для отделов микробиологии и QA, а также LIMS LabWare
• Соответствие требованиям Ph. Eur., USP и GMP
Критические параметры:
• Рост в TSB/FTG: 0 (Отсутствует)
• Микоплазма (Культура/ПЦР): Negative
• Валидность контролей: 1 (Valid)
• Дни инкубации: ≥ 14 (Стерильность), ≥ 28 (Микоплазма)
💡 Советы по использованию:
1. Интеграция с LIMS: Настройте автоматическую передачу статусов "Negative/Positive" из микробиологической LIMS.
2. Альтернативные методы: Если используются методы Rapid Microbiology, убедитесь, что они валидированы как эквивалентные фармакопейным.
3. Карантин: Серия должна находиться в карантине до получения окончательных результатов всех тестов.
4. Документирование: Сохраняйте отчеты как часть пакета документов на серию (Batch Record).
5. Тренды: Отслеживайте частоту положительных контролей для оценки общей гигиены лаборатории.
⚠️ Особенность: В отличие от химических тестов, микробиологические тесты имеют вероятностную природу. Строгое соблюдение протокола отбора проб и асептики критичнее, чем точность прибора.input.csv
BatchNumber,ProductName,Sterility_TSB_Growth,Sterility_FTG_Growth,Sterility_Incubation_Days,Mycoplasma_Culture_Result,Mycoplasma_Indicator_Cell_Result,Mycoplasma_PCR_Result,Mycoplasma_Incubation_Days,Sterility_PosControl_Valid,Sterility_NegControl_Valid,Mycoplasma_Control_Valid SM-REV-2026-001,Monoclonal Antibody Bulk,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1 SM-REV-2026-002,Vaccine Harvest,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1 SM-FAIL-2026-003,Cell Culture Supernatant,0,1,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация
Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты SterilityMycoplasmaReviewUtility для сценария Sterility & Mycoplasma Review Utility.
Предметные ограничения и критические параметры
- Sterility & Mycoplasma Review Utility — Ревью тестов на стерильность и микоплазму
- ℹ️ Утилита выполняет комплексную проверку результатов микробиологических испытаний биотехнологических препаратов согласно Ph. Eur. 2.6.1 (Стерильность) и Ph. Eur. 2.6.7 (Микоплазма):
- • Стерильность: Проверка отсутствия роста микроорганизмов в средах TSB (аэробы) и FTG (анаэробы).
- ⚠️ КРИТИЧНО:
- • Обнаружение роста в любом из тестов на стерильность или положительный результат на микоплазму является основанием для немедленного отклонения серии.
- • Невалидные контроли (например, отсутствие роста в положительном контроле стерильности) делают весь тест непригодным для оценки.
- ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
- • Время инкубации: Стерильность требует минимум 14 дней, микоплазма — 28 дней. Тесты, остановленные раньше, невалидны.
- • Объединенная проверка стерильности и микоплазмы
- • Соответствие требованиям Ph. Eur., USP и GMP
- Критические параметры:
- • Дни инкубации: ≥ 14 (Стерильность), ≥ 28 (Микоплазма)
- 2. Альтернативные методы: Если используются методы Rapid Microbiology, убедитесь, что они валидированы как эквивалентные фармакопейным.
- ⚠️ Особенность: В отличие от химических тестов, микробиологические тесты имеют вероятностную природу. Строгое соблюдение протокола отбора проб и асептики критичнее, чем точность прибора.
URS — пользовательские требования
| ID | Требование | Критичность | Критерий приемки |
|---|---|---|---|
| URS-001 | Утилита должна принимать файл input.csv для Sterility & Mycoplasma Review Utility с заголовками, определёнными в контракте данных. | High | Файл обрабатывается без ручного изменения заголовков. |
| URS-002 | Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии. | High | При одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим. |
| URS-003 | Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений. | High | Ошибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате. |
| URS-004 | Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP. | High | Каждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение. |
| URS-005 | Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками. | High | JSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review. |
| URS-006 | Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом. | High | Выход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata. |
| URS-007 | Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA. | Medium | URS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой. |
| URS-008 | Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA. | Medium | В документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов. |
Контракт input.csv
| # | Поле | Тип | Пример | Назначение |
|---|---|---|---|---|
| 1 | BatchNumber | string / controlled vocabulary | SM-REV-2026-001 | Идентификатор серии/партии для трассируемости. |
| 2 | ProductName | string / controlled vocabulary | Monoclonal Antibody Bulk | Наименование продукта или проверяемой лекарственной формы. |
| 3 | Sterility_TSB_Growth | flag / boolean | 0 | Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста. |
| 4 | Sterility_FTG_Growth | flag / boolean | 0 | Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста. |
| 5 | Sterility_Incubation_Days | integer / decimal | 14 | Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста. |
| 6 | Mycoplasma_Culture_Result | string / controlled vocabulary | Negative | Результат или статус, применяемый в итоговой классификации. |
| 7 | Mycoplasma_Indicator_Cell_Result | string / controlled vocabulary | Negative | Результат или статус, применяемый в итоговой классификации. |
| 8 | Mycoplasma_PCR_Result | string / controlled vocabulary | Negative | Результат или статус, применяемый в итоговой классификации. |
| 9 | Mycoplasma_Incubation_Days | integer / decimal | 28 | Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа. |
| 10 | Sterility_PosControl_Valid | string / controlled vocabulary | 1 | Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста. |
| 11 | Sterility_NegControl_Valid | string / controlled vocabulary | 1 | Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста. |
| 12 | Mycoplasma_Control_Valid | string / controlled vocabulary | 1 | Контрольная точка/контрольный образец для валидности серии анализа. |
BatchNumber,ProductName,Sterility_TSB_Growth,Sterility_FTG_Growth,Sterility_Incubation_Days,Mycoplasma_Culture_Result,Mycoplasma_Indicator_Cell_Result,Mycoplasma_PCR_Result,Mycoplasma_Incubation_Days,Sterility_PosControl_Valid,Sterility_NegControl_Valid,Mycoplasma_Control_Valid SM-REV-2026-001,Monoclonal Antibody Bulk,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1 SM-REV-2026-002,Vaccine Harvest,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1 SM-FAIL-2026-003,Cell Culture Supernatant,0,1,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
Правила валидации входных данных
| ID | Поле | Правило | Критичность |
|---|---|---|---|
| VR-001 | BatchNumber | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-002 | ProductName | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-003 | Sterility_TSB_Growth | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-004 | Sterility_FTG_Growth | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-005 | Sterility_Incubation_Days | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-006 | Mycoplasma_Culture_Result | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-007 | Mycoplasma_Indicator_Cell_Result | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-008 | Mycoplasma_PCR_Result | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-009 | Mycoplasma_Incubation_Days | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-010 | Sterility_PosControl_Valid | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-011 | Sterility_NegControl_Valid | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-012 | Mycoplasma_Control_Valid | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
FS — функциональная спецификация
| ID | Функция | Реализация |
|---|---|---|
| FS-001 | CLI execution | Поддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json. |
| FS-002 | CSV import | Прочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок. |
| FS-003 | Schema validation | Проверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения. |
| FS-004 | Type conversion | Преобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки. |
| FS-005 | Domain rule engine | Применить правила для Sterility & Mycoplasma Review Utility, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации. |
| FS-006 | Status aggregation | Сформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии. |
| FS-007 | JSON export | Записать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings. |
| FS-008 | Audit support | Сохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта. |
| FS-009 | Integration contract | Поддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review. |
| FS-010 | Error handling | Возвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата. |
Пример output.json
{
"utilityId": "sterilitymycoplasmareviewutility",
"utilityFolder": "SterilityMycoplasmaReviewUtility",
"package": "Vet",
"overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
"sourceFile": "input.csv",
"processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
"checks": [
{
"parameter": "BatchNumber",
"value": "SM-REV-2026-001",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-001"
},
{
"parameter": "ProductName",
"value": "Monoclonal Antibody Bulk",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-002"
},
{
"parameter": "Sterility_TSB_Growth",
"value": "0",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-003"
},
{
"parameter": "Sterility_FTG_Growth",
"value": "0",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-004"
},
{
"parameter": "Sterility_Incubation_Days",
"value": "14",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-005"
},
{
"parameter": "Mycoplasma_Culture_Result",
"value": "Negative",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-006"
},
{
"parameter": "Mycoplasma_Indicator_Cell_Result",
"value": "Negative",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-007"
},
{
"parameter": "Mycoplasma_PCR_Result",
"value": "Negative",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-008"
},
{
"parameter": "Mycoplasma_Incubation_Days",
"value": "28",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-009"
},
{
"parameter": "Sterility_PosControl_Valid",
"value": "1",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-010"
},
{
"parameter": "Sterility_NegControl_Valid",
"value": "1",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-011"
},
{
"parameter": "Mycoplasma_Control_Valid",
"value": "1",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-012"
}
],
"criticalFindings": [],
"warnings": [],
"audit": {
"inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
"rulesVersion": "<utility executable version>",
"documentation": "SterilityMycoplasmaReviewUtility.documentation.html"
}
}
Матрица трассируемости
| URS | FS | Тест | Подтверждение |
|---|---|---|---|
| URS-001 | FS-001, FS-002 | OQ-001 | Проверить запуск и импорт валидного input.csv. |
| URS-002 | FS-005, FS-006 | OQ-004 | Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json. |
| URS-003 | FS-003, FS-004, FS-010 | OQ-002, OQ-003 | Проверить отсутствующие колонки и неверные типы. |
| URS-004 | FS-005, FS-006 | OQ-004, PQ-001 | Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным. |
| URS-005 | FS-007, FS-009 | OQ-005 | Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем. |
| URS-006 | FS-008 | OQ-006 | Проверить наличие идентификаторов и audit metadata. |
| URS-007 | FS-008, FS-010 | IQ-001, OQ-007 | Проверить комплектность документации и control evidence. |
| URS-008 | FS-005, FS-008 | PQ-002 | Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения. |
IQ/OQ/PQ тестовые сценарии
| ID | Сценарий | Ожидаемый результат |
|---|---|---|
| IQ-001 | Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы. | Комплект поставки полон; версия зафиксирована. |
| OQ-001 | Валидная строка из примера input.csv. | PASS или допустимый WARNING согласно правилам. |
| OQ-002 | Удалить обязательную колонку из CSV. | Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки. |
| OQ-003 | Внести нечисловое значение в числовое поле. | Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля. |
| OQ-004 | Значение критического параметра вывести за предел. | FAIL и critical finding. |
| OQ-005 | Проверить структуру output.json. | Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден. |
| OQ-006 | Проверить трассируемость серии/образца. | Идентификаторы входа и результатов совпадают. |
| PQ-001 | Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя. | Результат подтверждён QC/QA review. |
| PQ-002 | Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения. | Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение. |
QA/QC и change control
- Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
- Хранить
input.csv,output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму. - Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
- Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
- Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.
Входит в пакеты
Биофармацевтика
Основной пакет QC-утилит для биопрепаратов: HCP, mAb, биоаналоги, белки/пептиды, стерильность, эндотоксины и ключевые release-checks.
ОткрытьБиофармацевтика расширенная
Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.
ОткрытьИммунология
Пакет QC-утилит для иммунологии: моноклональные антитела, биоаналоги, иммуномодуляторы, иммуносупрессанты, ELISA/SPR, HCP, белковая характеристика, стерильность и pyrogen/release checks.
ОткрытьИнфекционистика
Пакет QC-утилит для инфекционистики: антибактериальные, противовирусные, противогрибковые и противопаразитарные продукты, микробиология, стерильность, эндотоксины, вирусная безопасность, вакцинные release-checks.
ОткрытьVet — ветеринарные QC утилиты
Пакет Vet предназначен для ветеринарной фармацевтики и вакцин: адъюванты, антигены, аутогенные вакцины, аквакультура, корма/премиксы, антибактериальные и паразитарные препараты, стерильность и выпуск серии.
Открыть