SterilityMycoplasmaReviewUtility

Sterility & Mycoplasma Review

Vet veterinary veterinary vaccines animal health adjuvants aquaculture batch release CSV→JSON
Открыть подборку

Описание утилиты: Sterility & Mycoplasma Review

Sterility & Mycoplasma Review Utility — Ревью тестов на стерильность и микоплазму

ℹ️  Утилита выполняет комплексную проверку результатов микробиологических испытаний биотехнологических препаратов согласно Ph. Eur. 2.6.1 (Стерильность) и Ph. Eur. 2.6.7 (Микоплазма):
     • Стерильность: Проверка отсутствия роста микроорганизмов в средах TSB (аэробы) и FTG (анаэробы).
     • Микоплазма: Проверка отсутствия микоплазм методом культивирования (включая индикаторные клетки) и ПЦР.
     • Валидность тестов: Подтверждение корректности работы контролей и достаточности времени инкубации.

⚠️  КРИТИЧНО: 
     • Обнаружение роста в любом из тестов на стерильность или положительный результат на микоплазму является основанием для немедленного отклонения серии.
     • Микоплазма является частым контаминантом клеточных культур и может не вызывать помутнения сред, поэтому требуются специфические методы детекции.
     • Невалидные контроли (например, отсутствие роста в положительном контроле стерильности) делают весь тест непригодным для оценки.

Использование:
  SterilityMycoplasmaReviewUtility.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  SterilityMycoplasmaReviewUtility.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ProductName,Sterility_TSB_Growth,Sterility_FTG_Growth,Sterility_Incubation_Days,Mycoplasma_Culture_Result,Mycoplasma_Indicator_Cell_Result,Mycoplasma_PCR_Result,Mycoplasma_Incubation_Days,Sterility_PosControl_Valid,Sterility_NegControl_Valid,Mycoplasma_Control_Valid

Пример (0=No Growth, 1=Growth):
  SM-001,mAb Bulk,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Для биопрепаратов, производимых на клеточных линиях, риск контаминации микопламой и бактериями является одним из самых высоких.
Эти тесты являются обязательными для выпуска каждой серии (Batch Release) и требуют длительного времени инкубации (до 28 дней для микоплазмы).
Автоматизация ревью снижает риск человеческой ошибки при интерпретации сложных данных.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Время инкубации: Стерильность требует минимум 14 дней, микоплазма — 28 дней. Тесты, остановленные раньше, невалидны.
• Метод ПЦР: Является более быстрым альтернативным методом, но часто используется в комбинации с культивированием для максимальной надежности.
• Индикаторные клетки: Используются для выявления микоплазм, которые плохо растут на искусственных средах.
• Расследование: Любой положительный результат требует проведения лабораторного расследования для исключения ложноположительного результата (ошибка оператора, контаминация лаборатории).

Ключевые особенности утилиты:
• Объединенная проверка стерильности и микоплазмы
• Строгий контроль валидности системы (контроли и время)
• Автоматическое принятие решения Pass/Fail
• Генерация отчетов для отделов микробиологии и QA, а также LIMS LabWare
• Соответствие требованиям Ph. Eur., USP и GMP

Критические параметры:
• Рост в TSB/FTG: 0 (Отсутствует)
• Микоплазма (Культура/ПЦР): Negative
• Валидность контролей: 1 (Valid)
• Дни инкубации: ≥ 14 (Стерильность), ≥ 28 (Микоплазма)

💡 Советы по использованию:
1. Интеграция с LIMS: Настройте автоматическую передачу статусов "Negative/Positive" из микробиологической LIMS.
2. Альтернативные методы: Если используются методы Rapid Microbiology, убедитесь, что они валидированы как эквивалентные фармакопейным.
3. Карантин: Серия должна находиться в карантине до получения окончательных результатов всех тестов.
4. Документирование: Сохраняйте отчеты как часть пакета документов на серию (Batch Record).
5. Тренды: Отслеживайте частоту положительных контролей для оценки общей гигиены лаборатории.

⚠️ Особенность: В отличие от химических тестов, микробиологические тесты имеют вероятностную природу. Строгое соблюдение протокола отбора проб и асептики критичнее, чем точность прибора.

input.csv

BatchNumber,ProductName,Sterility_TSB_Growth,Sterility_FTG_Growth,Sterility_Incubation_Days,Mycoplasma_Culture_Result,Mycoplasma_Indicator_Cell_Result,Mycoplasma_PCR_Result,Mycoplasma_Incubation_Days,Sterility_PosControl_Valid,Sterility_NegControl_Valid,Mycoplasma_Control_Valid
SM-REV-2026-001,Monoclonal Antibody Bulk,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
SM-REV-2026-002,Vaccine Harvest,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
SM-FAIL-2026-003,Cell Culture Supernatant,0,1,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты SterilityMycoplasmaReviewUtility для сценария Sterility & Mycoplasma Review Utility.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Sterility & Mycoplasma Review Utility — Ревью тестов на стерильность и микоплазму
  • ℹ️ Утилита выполняет комплексную проверку результатов микробиологических испытаний биотехнологических препаратов согласно Ph. Eur. 2.6.1 (Стерильность) и Ph. Eur. 2.6.7 (Микоплазма):
  • • Стерильность: Проверка отсутствия роста микроорганизмов в средах TSB (аэробы) и FTG (анаэробы).
  • ⚠️ КРИТИЧНО:
  • • Обнаружение роста в любом из тестов на стерильность или положительный результат на микоплазму является основанием для немедленного отклонения серии.
  • • Невалидные контроли (например, отсутствие роста в положительном контроле стерильности) делают весь тест непригодным для оценки.
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • Время инкубации: Стерильность требует минимум 14 дней, микоплазма — 28 дней. Тесты, остановленные раньше, невалидны.
  • • Объединенная проверка стерильности и микоплазмы
  • • Соответствие требованиям Ph. Eur., USP и GMP
  • Критические параметры:
  • • Дни инкубации: ≥ 14 (Стерильность), ≥ 28 (Микоплазма)
  • 2. Альтернативные методы: Если используются методы Rapid Microbiology, убедитесь, что они валидированы как эквивалентные фармакопейным.
  • ⚠️ Особенность: В отличие от химических тестов, микробиологические тесты имеют вероятностную природу. Строгое соблюдение протокола отбора проб и асептики критичнее, чем точность прибора.

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для Sterility & Mycoplasma Review Utility с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1BatchNumberstring / controlled vocabularySM-REV-2026-001Идентификатор серии/партии для трассируемости.
2ProductNamestring / controlled vocabularyMonoclonal Antibody BulkНаименование продукта или проверяемой лекарственной формы.
3Sterility_TSB_Growthflag / boolean0Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста.
4Sterility_FTG_Growthflag / boolean0Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста.
5Sterility_Incubation_Daysinteger / decimal14Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста.
6Mycoplasma_Culture_Resultstring / controlled vocabularyNegativeРезультат или статус, применяемый в итоговой классификации.
7Mycoplasma_Indicator_Cell_Resultstring / controlled vocabularyNegativeРезультат или статус, применяемый в итоговой классификации.
8Mycoplasma_PCR_Resultstring / controlled vocabularyNegativeРезультат или статус, применяемый в итоговой классификации.
9Mycoplasma_Incubation_Daysinteger / decimal28Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
10Sterility_PosControl_Validstring / controlled vocabulary1Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста.
11Sterility_NegControl_Validstring / controlled vocabulary1Стерильность или связанный контроль отсутствия микробного роста.
12Mycoplasma_Control_Validstring / controlled vocabulary1Контрольная точка/контрольный образец для валидности серии анализа.
BatchNumber,ProductName,Sterility_TSB_Growth,Sterility_FTG_Growth,Sterility_Incubation_Days,Mycoplasma_Culture_Result,Mycoplasma_Indicator_Cell_Result,Mycoplasma_PCR_Result,Mycoplasma_Incubation_Days,Sterility_PosControl_Valid,Sterility_NegControl_Valid,Mycoplasma_Control_Valid
SM-REV-2026-001,Monoclonal Antibody Bulk,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
SM-REV-2026-002,Vaccine Harvest,0,0,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1
SM-FAIL-2026-003,Cell Culture Supernatant,0,1,14,Negative,Negative,Negative,28,1,1,1

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001BatchNumberПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002ProductNameПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003Sterility_TSB_GrowthПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004Sterility_FTG_GrowthПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005Sterility_Incubation_DaysПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006Mycoplasma_Culture_ResultПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007Mycoplasma_Indicator_Cell_ResultПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-008Mycoplasma_PCR_ResultПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-009Mycoplasma_Incubation_DaysПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-010Sterility_PosControl_ValidПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-011Sterility_NegControl_ValidПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-012Mycoplasma_Control_ValidПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для Sterility & Mycoplasma Review Utility, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "sterilitymycoplasmareviewutility",
  "utilityFolder": "SterilityMycoplasmaReviewUtility",
  "package": "Vet",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "BatchNumber",
      "value": "SM-REV-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "ProductName",
      "value": "Monoclonal Antibody Bulk",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Sterility_TSB_Growth",
      "value": "0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Sterility_FTG_Growth",
      "value": "0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "Sterility_Incubation_Days",
      "value": "14",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "Mycoplasma_Culture_Result",
      "value": "Negative",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "Mycoplasma_Indicator_Cell_Result",
      "value": "Negative",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "Mycoplasma_PCR_Result",
      "value": "Negative",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "Mycoplasma_Incubation_Days",
      "value": "28",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "Sterility_PosControl_Valid",
      "value": "1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "Sterility_NegControl_Valid",
      "value": "1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "Mycoplasma_Control_Valid",
      "value": "1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "SterilityMycoplasmaReviewUtility.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Биофармацевтика

Основной пакет QC-утилит для биопрепаратов: HCP, mAb, биоаналоги, белки/пептиды, стерильность, эндотоксины и ключевые release-checks.

Открыть

Биофармацевтика расширенная

Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.

Открыть

Иммунология

Пакет QC-утилит для иммунологии: моноклональные антитела, биоаналоги, иммуномодуляторы, иммуносупрессанты, ELISA/SPR, HCP, белковая характеристика, стерильность и pyrogen/release checks.

Открыть

Инфекционистика

Пакет QC-утилит для инфекционистики: антибактериальные, противовирусные, противогрибковые и противопаразитарные продукты, микробиология, стерильность, эндотоксины, вирусная безопасность, вакцинные release-checks.

Открыть

Vet — ветеринарные QC утилиты

Пакет Vet предназначен для ветеринарной фармацевтики и вакцин: адъюванты, антигены, аутогенные вакцины, аквакультура, корма/премиксы, антибактериальные и паразитарные препараты, стерильность и выпуск серии.

Открыть