SequencerRunQcChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты SequencerRunQcChecker для сценария Sequencer Run QC Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• ℹ️ Утилита выполняет проверку технических метрик запуска согласно CAP/CLIA §GEN.48800, ISO 15189 §7.3.4, FDA NGS guidance и спецификациям производителей:
• • Percent PF ≥ 75%: Доля кластеров, прошедших фильтр качества. Низкий PF = проблема библиотеки или генерации.
• • Phasing/Prephasing ≤ 1.0%: Синхронизация синтеза. Высокие значения = деградация химии или флюидики.
• • Occupancy ≥ 70%: Для паттернированных flow cells (NovaSeq, NextSeq). Эффективность загрузки нанолунок.
• • Q30 Read1/Read2 ≥ 75%: Базовый порог для reliable variant calling.
• • Q40 Read1: Для новых химий (Xp, v1.5+). Более строгий критерий.
• • Yield ≥ 80% Expected: Фактический выход vs спецификация flow cell.
• • Alignment Rate ≥ 70%: Доля выровненных прочтений. Низкий % = контаминация или проблема библиотеки.
• • PhiX Error Rate ≤ 2.0%: ⛔ Превышение = отказ химии или оптики. Наиболее чувствительный индикатор.
• • Lane Uniformity CV ≤ 15%: Однородность выхода между лейнами. Высокий CV = проблемы флюидики.
• • Index Hopping ≤ 0.5%: Перекрёстная контаминация через индексы. Требует UDI.
• • Temperature Stability CV ≤ 0.5: Стабильность термоциклирования.
• ⚠️ ВАЖНО:

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

RunID,Platform,InstrumentSerial,FlowCell_Type,Chemistry_Version,ReadConfiguration,RunStartDate,RunEndDate,RunDuration_Hours,ClusterDensity_K_mm2,MinClusterDensity_K_mm2,MaxClusterDensity_K_mm2,PercentPF,MinPercentPF,PhasingRate_Percent,MaxPhasingRate_Percent,PrephasingRate_Percent,MaxPrephasingRate_Percent,Occupancy_Percent,MinOccupancy_Percent,PercentQ30_Read1,PercentQ30_Read2,PercentQ30_Index1,PercentQ30_Index2,MinPercentQ30,PercentQ40_Read1,MedianQualityScore,QualityDrop_Cycle,TotalReads_Million,ExpectedReads_Million,Yield_Gb,ExpectedYield_Gb,PercentAligned,MinPercentAligned,PhiX_ErrorRate_Percent,MaxPhiX_ErrorRate_Percent,PhiX_AlignmentRate_Percent,SpikeIn_Control_Passed,NegativeControl_Clean,LaneUniformity_CV_Percent,MaxLaneUniformity_CV_Percent,TileHotspots_Detected,IndexHopping_Rate_Percent,MaxIndexHopping_Rate_Percent,Calibration_Current,Maintenance_UpToDate,ErrorCodes_DuringRun,FluidicsIssues_Detected,OpticsIssues_Detected,TemperatureStability_CV,MaxTemperatureStability_CV,ReagentKit_Lot,FlowCell_Lot,Consumables_Expired,ReagentKit_RemainingCycles
NS6000-2026-0142,NovaSeq_6000,A01234,S4,v1.5,2x150,2026-06-07T08:00:00,2026-06-08T04:00:00,20,950,600,1200,88.5,75,0.15,1.0,0.12,1.0,92.0,70,92.5,89.8,95.2,94.8,75,78.5,36,0,2800,3000,840,900,96.5,70,0.18,2.0,98.5,true,true,4.2,15,false,0.03,0.5,true,true,,false,false,0.08,0.5,RK-2026-0451,FC-2026-0892,false,0
NS6000-2026-0143,NovaSeq_6000,A01234,SP,v1.5,2x100,2026-06-08T10:00:00,2026-06-08T22:00:00,12,1350,600,1200,58.0,75,2.8,1.0,1.9,1.0,95.0,70,68.5,55.2,82.0,78.5,75,35.0,28,45,450,800,90,160,72.0,70,3.5,2.0,92.0,false,true,22.5,15,true,1.8,0.5,true,false,ERR_FLUIDICS_BUBBLE;ERR_TEMP_SPIKE,true,false,0.85,0.5,RK-2026-0467,FC-2026-0901,false,0

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "sequencerrunqcchecker",
  "utilityFolder": "SequencerRunQcChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "RunID",
      "value": "NS6000-2026-0142",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "Platform",
      "value": "NovaSeq_6000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "InstrumentSerial",
      "value": "A01234",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "FlowCell_Type",
      "value": "S4",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "Chemistry_Version",
      "value": "v1.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "ReadConfiguration",
      "value": "2x150",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "RunStartDate",
      "value": "2026-06-07T08:00:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "RunEndDate",
      "value": "2026-06-08T04:00:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "RunDuration_Hours",
      "value": "20",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "ClusterDensity_K_mm2",
      "value": "950",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "MinClusterDensity_K_mm2",
      "value": "600",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "MaxClusterDensity_K_mm2",
      "value": "1200",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "SequencerRunQcChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.