QiaSeqLibraryQcChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты QiaSeqLibraryQcChecker для сценария QIAseq Library QC Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Concentration ≥ 2 nM: Достаточность для кластеризации/секвенирования.
• • Adapter Dimer ≤ 5%: Эффективность SPRI-очистки.
• • Primer Dimer ≤ 10% (ампликонные панели): Баланс праймеров.
• UMI МЕТРИКИ (КРИТИЧЕСКИЕ ДЛЯ QIASEQ):
• • UMI Incorporation Rate ≥ 80%: Доля прочтений с валидными UMI. Ниже = error correction ненадежен.
• • Unique UMIs ≥ 10,000: Молекулярное разнообразие библиотеки.
• • UMI Diversity Index ≥ 0.01: Отношение уникальных UMI к общему числу прочтений.
• • Mean Family Size ≥ 3.0: Средний размер консенсусного семейства. Ниже = недостоверный консенсус.
• • UMI Collision Rate ≤ 5%: Частота коллизий UMI-тегов.
• • Post-Dedup Duplication ≤ 20%: Остаточные дупликаты после UMI-консенсуса.
• • On-Target Rate ≥ 60%: Эффективность захвата/амплификации.
• • Uniformity ≥ 75%: Равномерность покрытия целевых регионов.
• • Mean Target Depth ≥ 500×: Достаточная глубина для low-VAF детекции.
• • Fold-80 Penalty ≤ 2.5×: Мера неравномерности.
• • Critical Regions = 0 below threshold: Полное покрытие клинически значимых регионов.
• • Amplicon Balance CV ≤ 30%: Равномерность амплификации всех ампликонов.
• • Final Molarity ≥ 2 nM: Достаточность для загрузки flow cell.
• ⚠️ ВАЖНО:

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,PanelType,PanelName,KitVersion,SequencingPlatform,LibraryConcentration_nM,MinLibraryConcentration_nM,LibrarySize_Peak_bp,ExpectedSize_Peak_bp,SizeTolerance_bp,AdapterDimer_Percent,MaxAdapterDimer_Percent,PrimerDimer_Percent,MaxPrimerDimer_Percent,UMI_IncorporationRate_Percent,MinUMI_IncorporationRate_Percent,UniqueUMIs_Count,MinUniqueUMIs,UMIDiversity_Index,MinUMIDiversity_Index,PreDedup_DuplicationRate_Percent,PostDedup_DuplicationRate_Percent,MeanFamilySize,MinMeanFamilySize,UMICollisionRate_Percent,MaxUMICollisionRate_Percent,OnTargetRate_Percent,MinOnTargetRate_Percent,Uniformity_Percent,MinUniformity_Percent,MeanTargetDepth_X,MinMeanTargetDepth_X,Fold80_BasePenalty,MaxFold80,CriticalRegions_BelowThreshold,TotalCriticalRegions,AmpliconBalance_CV_Percent,MaxAmpliconBalance_CV_Percent,AmpliconsBelowMinCoverage,TotalAmplicons,PositiveControl_Pass,NegativeControl_Pass,NoTemplateControl_Pass,SpikeIn_Control_Pass,Molarity_nM_Final,MinMolarity_ForSequencing_nM,IndexSequence_Verified,PhiX_SpikeIn_Planned
QS-TDNA-2026-001,Targeted_DNA,QIAseq_HPV_Panel,v2.1,MiSeq,15.2,2.0,345,350,50,1.2,5.0,0,10.0,94.5,80,85000,10000,0.085,0.01,45.0,2.1,4.8,3.0,1.2,5.0,88.0,60,91.0,75,2500,500,1.4,2.5,0,45,0,30,0,0,true,true,true,true,12.5,2.0,true,true
QS-TDNA-2026-002,Targeted_DNA,QIAseq_BRCA_Panel,v2.1,NextSeq,3.8,2.0,180,350,50,12.5,5.0,0,10.0,62.0,80,5200,10000,0.003,0.01,78.0,35.0,1.8,3.0,8.5,5.0,52.0,60,65.0,75,180,500,3.8,2.5,8,32,0,30,0,0,true,false,true,false,2.8,2.0,true,true

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "qiaseqlibraryqcchecker",
  "utilityFolder": "QiaSeqLibraryQcChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "QS-TDNA-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PanelType",
      "value": "Targeted_DNA",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "PanelName",
      "value": "QIAseq_HPV_Panel",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "KitVersion",
      "value": "v2.1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "SequencingPlatform",
      "value": "MiSeq",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "LibraryConcentration_nM",
      "value": "15.2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "MinLibraryConcentration_nM",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "LibrarySize_Peak_bp",
      "value": "345",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ExpectedSize_Peak_bp",
      "value": "350",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "SizeTolerance_bp",
      "value": "50",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "AdapterDimer_Percent",
      "value": "1.2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "MaxAdapterDimer_Percent",
      "value": "5.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "QiaSeqLibraryQcChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.