qPCR_ViralSafetyChecker

q PCR Viral Safety

biologics dissolution EAEU impurities microbiology pharmacopoeia specification
Открыть подборку
qPCR Viral Safety Checker — Проверка qPCR-анализа на вирусы/микоплазмы (Ph. Eur. 2.6.7)

ℹ️  Утилита проверяет валидность qPCR-запуска и интерпретирует результаты.
ℹ️  Не использует машинное обучение — только правила.
⚠️  Применимо к тестам на микоплазму, вирусы, остаточную ДНК клетки-хозяина.

Использование:
  qPCR_ViralSafetyChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  qPCR_ViralSafetyChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
CalibrationR2,CalibrationSlope,NegativeControlCt,SampleCt,AssayName

Пример:
0.9995,-3.28,40.0,35.0,Mycoplasma DNA Detection
0.9980,-3.50,35.0,30.0,Viral Contamination Test
0.9850,-3.00,40.0,25.0,Host Cell DNA

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
qPCR — ключевой метод контроля биобезопасности биопрепаратов:
• Микоплазма и вирусы — критические контаминанты,
• Валидная калибровка и чистый отрицательный контроль — обязательны,
• Ct <35 — положительный результат (требуется расследование).
Соответствие Ph. Eur. 2.6.7 и ICH Q5A обязательно для регистрации.

input.csv

CalibrationR2,CalibrationSlope,NegativeControlCt,SampleCt,AssayName
0.9995,-3.28,40.0,35.0,Mycoplasma DNA Detection
0.9980,-3.50,35.0,30.0,Viral Contamination Test
0.9850,-3.00,40.0,25.0,Host Cell DNA

URS & FS — пользовательские требования и функциональная спецификация

Этот документ описывает требования пользователя и функциональную спецификацию для утилиты контроля качества. Он предназначен для обсуждения внедрения, подготовки IQ/OQ и интеграции в контур ОКК/QC.

Утилита: qPCR_ViralSafetyCheckerAPI / объект: q PCR Viral SafetyКатегория: EAEU pharmacopoeia

1. Область применения

Утилита q PCR Viral Safety Checker применяется для объекта q PCR Viral Safety. Источником истины для структуры входных данных является фактический input.csv; критерии контроля задаются исполняемым модулем и предметным описанием.

Утилита не использует машинное обучение; решение формируется детерминированными правилами.

Категории: EAEU pharmacopoeia

Теги: biologics, dissolution, EAEU, impurities, microbiology, pharmacopoeia, specification

2. Режимы запуска

qPCR_ViralSafetyChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
qPCR_ViralSafetyChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

3. Ключевые контролируемые области

  • количественное содержание / assay
  • растворение / распад
  • pH и физико-химические параметры

4. Предметные ограничения и критические параметры

  • ⚠️ Применимо к тестам на микоплазму, вирусы, остаточную ДНК клетки-хозяина.
  • Ct <35 — положительный результат (требуется расследование).
Пределы, указанные в описании, должны быть сверены с актуальной утверждённой спецификацией, фармакопейной монографией и регистрационным досье перед продуктивным применением.

5. URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Система должна принимать файл input.csv для q PCR Viral Safety с точным набором колонок, перечисленным в разделе «Контракт входных данных».HighФайл с корректным заголовком читается без ручного редактирования; отсутствие обязательной колонки приводит к FAIL/ошибке импорта.
URS-002Система должна обрабатывать запуск без аргументов в демонстрационном режиме и запуск с аргументами input.csv output.json для пользовательских данных.MediumОба сценария запуска дают предсказуемый результат или понятное сообщение об ошибке.
URS-003Система должна выполнять rule-based контроль по областям: количественное содержание / assay, растворение / распад, pH и физико-химические параметры.HighКаждый контролируемый параметр получает статус и сообщение; результат не зависит от скрытых Excel-формул или ML.
URS-004Система должна сохранять трассируемость между серией/партией, исходными значениями, применёнными правилами и итоговым вердиктом.HighВ выходе присутствуют идентификатор серии, исходные значения, статусы параметров и критические находки.
URS-005Система должна формировать машинно-читаемый output.json для LIMS/ELN/MES, batch record и QA/QC review.HighJSON содержит общий статус, массив проверок, предупреждения, отказы и ссылку на исходный файл.
URS-006Система должна поддерживать применение в валидационном пакете клиента: URS/FS, IQ/OQ-подготовка, проверка установки и операционных сценариев.HighДокумент, тестовые сценарии и воспроизводимый CSV/JSON-поток пригодны для аудита и внутреннего согласования.
URS-007Система должна явно отделять технические ошибки данных от предметных несоответствий спецификации.MediumОшибки схемы/типов не смешиваются с фармакопейными отклонениями и отображаются отдельно.

6. Контракт входных данных input.csv

Источник истины для схемы входа — фактический заголовок input.csv. Имена колонок технические и не переводятся.

#КолонкаТипЕд.ОписаниеПримерПравило контроля
1CalibrationR2десятичное числоas specifiedCalibration R20.9995обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита
2CalibrationSlopeдесятичное числоas specifiedCalibration Slope-3.28обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита
3NegativeControlCtлогический флагas specifiedNegative Control Ct40.0обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита
4SampleCtдесятичное числоas specifiedSample Ct35.0обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита
5AssayNameдесятичное числоas specifiedAssay NameMycoplasma DNA Detectionчисло; сравнивается с пределом содержания/чистоты из спецификации или метода

Пример CSV

CalibrationR2,CalibrationSlope,NegativeControlCt,SampleCt,AssayName
0.9995,-3.28,40.0,35.0,Mycoplasma DNA Detection

7. FS — функциональная спецификация

IDФункцияОписание реализации
FS-001CLI entry pointИсполняемый файл qPCR_ViralSafetyChecker.exe принимает режим демонстрации и режим обработки input.csv output.json.
FS-002CSV parserМодуль импорта читает CSV, проверяет заголовок, порядок/наличие колонок, количество значений и кодировку. Для десятичных значений ожидается точка.
FS-003Field conversionДля каждой колонки выполняется преобразование к ожидаемому типу: идентификатор, текст, десятичное число, дата/время или логический флаг.
FS-004Domain rule engineДля объекта q PCR Viral Safety применяются явные правила: диапазон, минимум, максимум, отсутствие запрещённого признака, полнота данных или расчётная проверка.
FS-005Criticality handlingКритичные нарушения формируют FAIL; некритичные отклонения и неполные данные формируют WARNING; соответствие всем правилам формирует PASS.
FS-006JSON writeroutput.json сохраняет общий статус, результаты по каждому параметру, исходные значения, предупреждения, отказы и диагностические сообщения.
FS-007Integration contractФормат CSV → JSON стабилен для вызова из LIMS/ELN/MES, планировщика задач или wrapper-сервиса.
FS-008Error handlingПри ошибке схемы, отсутствующем файле, нечисловом значении или невозможности записи JSON возвращается диагностируемая ошибка без тихого PASS.

8. Выходной контракт output.json

Выходной файл должен быть пригоден для автоматической обработки, аудита и сопоставления с исходной строкой input.csv.

{
  "utility": "qPCR_ViralSafetyChecker",
  "api": "q PCR Viral Safety",
  "batchNumber": "",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "checkedAtUtc": "2026-05-18T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "CalibrationR2",
      "value": "0.9995",
      "unit": "as specified",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Результат проверки по правилу"
    },
    {
      "parameter": "CalibrationSlope",
      "value": "-3.28",
      "unit": "as specified",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Результат проверки по правилу"
    },
    {
      "parameter": "NegativeControlCt",
      "value": "40.0",
      "unit": "as specified",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Результат проверки по правилу"
    },
    {
      "parameter": "SampleCt",
      "value": "35.0",
      "unit": "as specified",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Результат проверки по правилу"
    },
    {
      "parameter": "AssayName",
      "value": "Mycoplasma DNA Detection",
      "unit": "as specified",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Результат проверки по правилу"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "sourceFile": "input.csv"
}

9. Тестовые сценарии OQ/PQ

IDСценарийОжидаемый результат
TC-001Валидный CSV с заголовком и строкой из примераВсе строки обработаны; результат содержит PASS/WARNING/FAIL и детализацию по параметрам.
TC-002Отсутствует обязательная колонка из input.csvИмпорт отклоняется или строка получает FAIL со ссылкой на схему.
TC-003Числовое поле содержит текст или пустое значениеФиксируется ошибка преобразования типа; результат не маскируется как PASS.
TC-004Параметр выходит за предел спецификации / критического лимитаДля критического параметра формируется FAIL; для некритического — WARNING согласно правилу.

10. QA/QC, CSV и управление изменениями

  • Перед применением на производстве клиент фиксирует версию исполняемого файла, контрольную сумму, версию спецификации/монографии, тестовый CSV, ожидаемый JSON и результаты IQ/OQ.
  • Нельзя менять имена колонок без обновления валидатора и тестовых сценариев.
  • Исходный CSV, output.json и версия утилиты должны храниться вместе как пакет доказательств.
  • Любое изменение правил контроля должно проходить change control и повторную проверку OQ-сценариев.

Входит в пакеты

Биофармацевтика

Основной пакет QC-утилит для биопрепаратов: HCP, mAb, биоаналоги, белки/пептиды, стерильность, эндотоксины и ключевые release-checks.

Открыть

Биофармацевтика расширенная

Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.

Открыть

EAEU Pharmacopoeia QC Suite

Пакет утилит по фармакопейным методам ЕАЭС: спецификации, растворение, микробиология, примеси и общие испытания.

Открыть

Иммунология

Пакет QC-утилит для иммунологии: моноклональные антитела, биоаналоги, иммуномодуляторы, иммуносупрессанты, ELISA/SPR, HCP, белковая характеристика, стерильность и pyrogen/release checks.

Открыть

Инфекционистика

Пакет QC-утилит для инфекционистики: антибактериальные, противовирусные, противогрибковые и противопаразитарные продукты, микробиология, стерильность, эндотоксины, вирусная безопасность, вакцинные release-checks.

Открыть