qPCR_ViralSafetyChecker
q PCR Viral Safety
qPCR Viral Safety Checker — Проверка qPCR-анализа на вирусы/микоплазмы (Ph. Eur. 2.6.7) ℹ️ Утилита проверяет валидность qPCR-запуска и интерпретирует результаты. ℹ️ Не использует машинное обучение — только правила. ⚠️ Применимо к тестам на микоплазму, вирусы, остаточную ДНК клетки-хозяина. Использование: qPCR_ViralSafetyChecker.exe → демо-режим (вывод в консоль) qPCR_ViralSafetyChecker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных Формат input.csv: CalibrationR2,CalibrationSlope,NegativeControlCt,SampleCt,AssayName Пример: 0.9995,-3.28,40.0,35.0,Mycoplasma DNA Detection 0.9980,-3.50,35.0,30.0,Viral Contamination Test 0.9850,-3.00,40.0,25.0,Host Cell DNA — ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО? qPCR — ключевой метод контроля биобезопасности биопрепаратов: • Микоплазма и вирусы — критические контаминанты, • Валидная калибровка и чистый отрицательный контроль — обязательны, • Ct <35 — положительный результат (требуется расследование). Соответствие Ph. Eur. 2.6.7 и ICH Q5A обязательно для регистрации.
input.csv
CalibrationR2,CalibrationSlope,NegativeControlCt,SampleCt,AssayName 0.9995,-3.28,40.0,35.0,Mycoplasma DNA Detection 0.9980,-3.50,35.0,30.0,Viral Contamination Test 0.9850,-3.00,40.0,25.0,Host Cell DNA
URS & FS — пользовательские требования и функциональная спецификация
Этот документ описывает требования пользователя и функциональную спецификацию для утилиты контроля качества. Он предназначен для обсуждения внедрения, подготовки IQ/OQ и интеграции в контур ОКК/QC.
1. Область применения
Утилита q PCR Viral Safety Checker применяется для объекта q PCR Viral Safety. Источником истины для структуры входных данных является фактический input.csv; критерии контроля задаются исполняемым модулем и предметным описанием.
Утилита не использует машинное обучение; решение формируется детерминированными правилами.
Категории: EAEU pharmacopoeia
Теги: biologics, dissolution, EAEU, impurities, microbiology, pharmacopoeia, specification
2. Режимы запуска
qPCR_ViralSafetyChecker.exe → демо-режим (вывод в консоль) qPCR_ViralSafetyChecker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
3. Ключевые контролируемые области
- количественное содержание / assay
- растворение / распад
- pH и физико-химические параметры
4. Предметные ограничения и критические параметры
- ⚠️ Применимо к тестам на микоплазму, вирусы, остаточную ДНК клетки-хозяина.
- Ct <35 — положительный результат (требуется расследование).
5. URS — пользовательские требования
| ID | Требование | Критичность | Критерий приемки |
|---|---|---|---|
| URS-001 | Система должна принимать файл input.csv для q PCR Viral Safety с точным набором колонок, перечисленным в разделе «Контракт входных данных». | High | Файл с корректным заголовком читается без ручного редактирования; отсутствие обязательной колонки приводит к FAIL/ошибке импорта. |
| URS-002 | Система должна обрабатывать запуск без аргументов в демонстрационном режиме и запуск с аргументами input.csv output.json для пользовательских данных. | Medium | Оба сценария запуска дают предсказуемый результат или понятное сообщение об ошибке. |
| URS-003 | Система должна выполнять rule-based контроль по областям: количественное содержание / assay, растворение / распад, pH и физико-химические параметры. | High | Каждый контролируемый параметр получает статус и сообщение; результат не зависит от скрытых Excel-формул или ML. |
| URS-004 | Система должна сохранять трассируемость между серией/партией, исходными значениями, применёнными правилами и итоговым вердиктом. | High | В выходе присутствуют идентификатор серии, исходные значения, статусы параметров и критические находки. |
| URS-005 | Система должна формировать машинно-читаемый output.json для LIMS/ELN/MES, batch record и QA/QC review. | High | JSON содержит общий статус, массив проверок, предупреждения, отказы и ссылку на исходный файл. |
| URS-006 | Система должна поддерживать применение в валидационном пакете клиента: URS/FS, IQ/OQ-подготовка, проверка установки и операционных сценариев. | High | Документ, тестовые сценарии и воспроизводимый CSV/JSON-поток пригодны для аудита и внутреннего согласования. |
| URS-007 | Система должна явно отделять технические ошибки данных от предметных несоответствий спецификации. | Medium | Ошибки схемы/типов не смешиваются с фармакопейными отклонениями и отображаются отдельно. |
6. Контракт входных данных input.csv
Источник истины для схемы входа — фактический заголовок input.csv. Имена колонок технические и не переводятся.
| # | Колонка | Тип | Ед. | Описание | Пример | Правило контроля |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | CalibrationR2 | десятичное число | as specified | Calibration R2 | 0.9995 | обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита |
| 2 | CalibrationSlope | десятичное число | as specified | Calibration Slope | -3.28 | обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита |
| 3 | NegativeControlCt | логический флаг | as specified | Negative Control Ct | 40.0 | обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита |
| 4 | SampleCt | десятичное число | as specified | Sample Ct | 35.0 | обязательное числовое значение; сравнение с правилом выполняет утилита |
| 5 | AssayName | десятичное число | as specified | Assay Name | Mycoplasma DNA Detection | число; сравнивается с пределом содержания/чистоты из спецификации или метода |
Пример CSV
CalibrationR2,CalibrationSlope,NegativeControlCt,SampleCt,AssayName 0.9995,-3.28,40.0,35.0,Mycoplasma DNA Detection
7. FS — функциональная спецификация
| ID | Функция | Описание реализации |
|---|---|---|
| FS-001 | CLI entry point | Исполняемый файл qPCR_ViralSafetyChecker.exe принимает режим демонстрации и режим обработки input.csv output.json. |
| FS-002 | CSV parser | Модуль импорта читает CSV, проверяет заголовок, порядок/наличие колонок, количество значений и кодировку. Для десятичных значений ожидается точка. |
| FS-003 | Field conversion | Для каждой колонки выполняется преобразование к ожидаемому типу: идентификатор, текст, десятичное число, дата/время или логический флаг. |
| FS-004 | Domain rule engine | Для объекта q PCR Viral Safety применяются явные правила: диапазон, минимум, максимум, отсутствие запрещённого признака, полнота данных или расчётная проверка. |
| FS-005 | Criticality handling | Критичные нарушения формируют FAIL; некритичные отклонения и неполные данные формируют WARNING; соответствие всем правилам формирует PASS. |
| FS-006 | JSON writer | output.json сохраняет общий статус, результаты по каждому параметру, исходные значения, предупреждения, отказы и диагностические сообщения. |
| FS-007 | Integration contract | Формат CSV → JSON стабилен для вызова из LIMS/ELN/MES, планировщика задач или wrapper-сервиса. |
| FS-008 | Error handling | При ошибке схемы, отсутствующем файле, нечисловом значении или невозможности записи JSON возвращается диагностируемая ошибка без тихого PASS. |
8. Выходной контракт output.json
Выходной файл должен быть пригоден для автоматической обработки, аудита и сопоставления с исходной строкой input.csv.
{
"utility": "qPCR_ViralSafetyChecker",
"api": "q PCR Viral Safety",
"batchNumber": "",
"overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
"checkedAtUtc": "2026-05-18T00:00:00Z",
"checks": [
{
"parameter": "CalibrationR2",
"value": "0.9995",
"unit": "as specified",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Результат проверки по правилу"
},
{
"parameter": "CalibrationSlope",
"value": "-3.28",
"unit": "as specified",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Результат проверки по правилу"
},
{
"parameter": "NegativeControlCt",
"value": "40.0",
"unit": "as specified",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Результат проверки по правилу"
},
{
"parameter": "SampleCt",
"value": "35.0",
"unit": "as specified",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Результат проверки по правилу"
},
{
"parameter": "AssayName",
"value": "Mycoplasma DNA Detection",
"unit": "as specified",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Результат проверки по правилу"
}
],
"criticalFindings": [],
"sourceFile": "input.csv"
}9. Тестовые сценарии OQ/PQ
| ID | Сценарий | Ожидаемый результат |
|---|---|---|
| TC-001 | Валидный CSV с заголовком и строкой из примера | Все строки обработаны; результат содержит PASS/WARNING/FAIL и детализацию по параметрам. |
| TC-002 | Отсутствует обязательная колонка из input.csv | Импорт отклоняется или строка получает FAIL со ссылкой на схему. |
| TC-003 | Числовое поле содержит текст или пустое значение | Фиксируется ошибка преобразования типа; результат не маскируется как PASS. |
| TC-004 | Параметр выходит за предел спецификации / критического лимита | Для критического параметра формируется FAIL; для некритического — WARNING согласно правилу. |
10. QA/QC, CSV и управление изменениями
- Перед применением на производстве клиент фиксирует версию исполняемого файла, контрольную сумму, версию спецификации/монографии, тестовый CSV, ожидаемый JSON и результаты IQ/OQ.
- Нельзя менять имена колонок без обновления валидатора и тестовых сценариев.
- Исходный CSV, output.json и версия утилиты должны храниться вместе как пакет доказательств.
- Любое изменение правил контроля должно проходить change control и повторную проверку OQ-сценариев.
Входит в пакеты
Биофармацевтика
Основной пакет QC-утилит для биопрепаратов: HCP, mAb, биоаналоги, белки/пептиды, стерильность, эндотоксины и ключевые release-checks.
ОткрытьБиофармацевтика расширенная
Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.
ОткрытьEAEU Pharmacopoeia QC Suite
Пакет утилит по фармакопейным методам ЕАЭС: спецификации, растворение, микробиология, примеси и общие испытания.
ОткрытьИммунология
Пакет QC-утилит для иммунологии: моноклональные антитела, биоаналоги, иммуномодуляторы, иммуносупрессанты, ELISA/SPR, HCP, белковая характеристика, стерильность и pyrogen/release checks.
ОткрытьИнфекционистика
Пакет QC-утилит для инфекционистики: антибактериальные, противовирусные, противогрибковые и противопаразитарные продукты, микробиология, стерильность, эндотоксины, вирусная безопасность, вакцинные release-checks.
Открыть