ProteomicSignalAcceptanceChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ProteomicSignalAcceptanceChecker для сценария Proteomic Signal Acceptance Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Signal-to-LOD Ratio: Маргинальная детекция при ratio < 3.
• • Replicate CV ≤ 20%: Воспроизводимость технических репликатов.
• • IPCC Deviation ≤ 15% (Olink): Внутрипланшетный контроль нормализации.
• • INC Counts ≥ threshold (Olink): Эффективность инкубации.
• • Extension Control ≥ threshold (Olink): Эффективность удлинения.
• НОРМАЛИЗАЦИЯ:
• • NPX Scale Factor 0.5–2.0: Допустимый диапазон нормализационного фактора.
• • Вне диапазона = аномальная нормализация образца.
• ⚠️ ВАЖНО:
• 3. Control Hierarchy: Sample controls > protein-specific flags > statistical outliers.
• 4. Orthogonal Verification: Для критических биомаркеров со specificity flag failure планируйте WB/targeted MS.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,ProteinTarget,UniProtID,Platform,AssayPanel,RawSignal_NPX_or_RFU,NormalizedValue,Units,LOD_Value,LOQ_Value,AboveLOD,AboveLOQ,SignalToLOD_Ratio,NumTechnicalReplicates,ReplicateCV_Percent,MaxReplicateCV_Percent,ReplicateMean,ReplicateSD,IPCC_Deviation_Percent,MaxIPCC_Deviation_Percent,INC_CountsPerSec,MinINC_CountsPerSec,ExtensionControl_Counts,MinExtensionControl_Counts,SampleControls_Pass,SpecificityFlag_Pass,OutlierFlag_Raised,NPX_ScaleFactor,MinNPX_ScaleFactor,MaxNPX_ScaleFactor,ExpectedRange_Low,ExpectedRange_High,WithinBiologicalRange,TissueContext,PlateID,WellPosition,IsPlateEdge,ReagentLot
PL-042,IL6,P05231,Olink_Explore,Inflammation_92,8.45,8.45,NPX,0.12,0.45,true,true,70.4,2,4.2,20,8.45,0.35,3.5,15,850,100,2500,500,true,true,false,1.02,0.5,2.0,0.5,15.0,true,Plasma,PLT-2026-089,D6,false,OLK-2026-089
PL-055,TNFRSF1A,P19438,Olink_Explore,Inflammation_92,0.38,0.38,NPX,0.15,0.52,true,false,2.5,2,28.5,20,0.38,0.108,18.2,15,95,100,420,500,false,true,true,0.42,0.5,2.0,1.0,12.0,false,Plasma,PLT-2026-090,A1,true,OLK-2026-090
PL-061,MMP9,P14780,SomaLogic,Cardiovascular_200,1250,1180,RFU,50,180,true,true,25.0,3,8.5,20,1250,106,5.0,15,0,0,0,0,true,false,false,1.05,0.5,2.0,200,5000,true,Serum,SL-2026-045,F8,false,SL-2026-112

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "proteomicsignalacceptancechecker",
  "utilityFolder": "ProteomicSignalAcceptanceChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "PL-042",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "ProteinTarget",
      "value": "IL6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "UniProtID",
      "value": "P05231",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Platform",
      "value": "Olink_Explore",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "AssayPanel",
      "value": "Inflammation_92",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "RawSignal_NPX_or_RFU",
      "value": "8.45",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "NormalizedValue",
      "value": "8.45",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "Units",
      "value": "NPX",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "LOD_Value",
      "value": "0.12",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "LOQ_Value",
      "value": "0.45",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "AboveLOD",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "AboveLOQ",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ProteomicSignalAcceptanceChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.