ProteinDnaPanelBatchChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ProteinDnaPanelBatchChecker для сценария Protein/DNA Panel Batch Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Detection Rate ≥ 80%: Доля целевых белков, детектированных выше LOD.
• • Intra-Batch CV ≤ 15%: Воспроизводимость количественных измерений внутри батча.
• • FDR ≤ 1%: Для MS-based методов — контроль ложных идентификаций.
• • Sample QC Fail Rate ≤ 10%: Доля образцов, не прошедших протеомный QC.
• • Mean Depth ≥ 500×: Достаточная глубина для таргетной панели.
• • Uniformity ≥ 80%: Равномерность покрытия.
• • On-Target Rate ≥ 60%: Эффективность обогащения.
• • Q30 ≥ 75%: Качество баз.
• CROSS-LAYER CONCORDANCE (КРИТИЧЕСКИЙ ПАРАМЕТР):
• • Mutation-Proteoform Concordance ≥ 85%: Согласованность мутаций в ДНК и соответствующих протеоформ.
• • Protein-mRNA Correlation ≥ 0.4: Корреляция экспрессии между слоями (Pearson r).
• • PCA Batch Variance ≤ 15%: Доля дисперсии, объясняемая батчем в PCA.
• • Normalization Completed: Оба слоя нормализованы.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Cross-layer concordance — уникальный и критический параметр. Без него мультиомикс бессмыслен.
• • Protein-mRNA корреляция ~0.4–0.7 является биологической нормой; r < 0.3 указывает на техническую проблему.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

BatchID,PanelName,Platform_Protein,Platform_DNA,RunDate,TotalSamples,ProteinTargets_Total,ProteinTargets_Detected_Mean,ProteinDetection_Rate_Percent,MinProteinDetection_Rate_Percent,ProteinCV_IntraBatch_Percent,MaxProteinCV_IntraBatch_Percent,Protein_FDR_Percent,MaxProtein_FDR_Percent,Protein_LOD_Normalized_Mean,NPX_ScaleFactor_Mean,Protein_PositiveControl_Pass,Protein_NegativeControl_Pass,Protein_SamplesFailedQC,DNA_MeanDepth_X,MinDNA_MeanDepth_X,DNA_Uniformity_Percent,MinDNA_Uniformity_Percent,DNA_OnTargetRate_Percent,MinDNA_OnTargetRate_Percent,DNA_Q30_Percent,MinDNA_Q30_Percent,DNA_PositiveControl_Pass,DNA_NegativeControl_Pass,DNA_SamplesFailedQC,ProteinMRNA_Correlation_Mean,MinProteinMRNA_Correlation,MutationProteoform_Concordant_Count,MutationProteoform_Total_Checked,CrossLayer_Concordance_Rate_Percent,MinCrossLayer_Concordance_Percent,SampleIdentity_Verified_CrossLayer,Protein_BatchEffect_PCA_VarPercent,DNA_BatchEffect_PCA_VarPercent,MaxBatchEffect_VarPercent,PlatePosition_Effect_Protein,PlatePosition_Effect_DNA,ReagentLot_Protein,ReagentLot_DNA,Normalization_Completed_BothLayers,BatchCorrection_Applied,IntegrationPipeline_Completed,PipelineVersion
PG-BATCH-2026-001,OncoProteogenomic_300,Olink_Explore,NovaSeq_6000,2026-06-08,48,2940,2750,93.5,80,8.2,15,0.5,1.0,0.85,1.02,true,true,1,850,500,91.0,80,85.0,60,89.0,75,true,true,0,0.62,0.4,18,20,92.0,85,true,5.2,3.8,15,false,false,OLK-2026-089,LOT-2026-0451,true,true,true,v4.2.1
PG-BATCH-2026-002,ImmunoProteogenomic_200,SomaLogic,NextSeq_2000,2026-06-09,48,1800,1520,84.4,80,18.5,15,0.8,1.0,1.15,0.88,true,true,5,620,500,82.0,80,72.0,60,82.0,75,true,false,3,0.28,0.4,8,15,62.0,85,true,22.5,8.0,15,true,false,SL-2026-112,LOT-2026-0467,true,false,true,v4.2.1

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "proteindnapanelbatchchecker",
  "utilityFolder": "ProteinDnaPanelBatchChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "BatchID",
      "value": "PG-BATCH-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PanelName",
      "value": "OncoProteogenomic_300",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Platform_Protein",
      "value": "Olink_Explore",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Platform_DNA",
      "value": "NovaSeq_6000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "RunDate",
      "value": "2026-06-08",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "TotalSamples",
      "value": "48",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "ProteinTargets_Total",
      "value": "2940",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "ProteinTargets_Detected_Mean",
      "value": "2750",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ProteinDetection_Rate_Percent",
      "value": "93.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MinProteinDetection_Rate_Percent",
      "value": "80",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "ProteinCV_IntraBatch_Percent",
      "value": "8.2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "MaxProteinCV_IntraBatch_Percent",
      "value": "15",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ProteinDnaPanelBatchChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.