OncomineCfnaRunQcChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты OncomineCfnaRunQcChecker для сценария Oncomine cfNA Run QC Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Polyclonal Rate ≤ 30%: Доля лунок с несколькими ISPs. Превышение = перегрузка чипа, необратимо.
• • AQ20 Reads ≥ 70%: Качество баз, специфичное для Ion Torrent (не Q30!).
• • Total Reads ≥ Minimum: Достаточный выход для целевой глубины.
• AMPLISEQ ENRICHMENT:
• • On-Target Rate ≥ 70%: Эффективность ампликонной панели.
• • Uniformity ≥ 80%: Равномерность покрытия ампликонов.
• • Mean Amplicon Depth ≥ 20,000×: Высокая глубина, необходимая для low-VAF в cfNA.
• • Amplicon Dropout ≤ 5%: Доля ампликонов ниже порога покрытия.
• • UMI Deduplication ≤ 90%: Доля коллапсированных прочтений. Выше = критически низкая сложность.
• • Unique Molecular Depth ≥ 2,000×: Глубина после консенсуса — определяет реальную чувствительность.
• • Consensus Family Size ≥ 3.0: Минимальный размер семейства для надежного консенсуса.
• • UMI Collision Rate ≤ 5%: Частота коллизий тегов.
• • RT Efficiency Score ≥ 0.7: Эффективность обратной транскрипции.
• • Fusion Panel Coverage ≥ 80%: Покрытие регионов детекции фузий.
• • Homopolymer Error Rate ≤ 2%: Специфичная ошибка Ion Torrent в гомополимерах.
• • Background Noise ≤ 0.001% VAF: Фон не должен превышать целевой LOD.
• • Critical Hotspots ≥ 95% at Min Depth: Покрытие клинически значимых горячих точек.
• ⚠️ ВАЖНО:

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

RunID,PanelVersion,ChipType,NucleicAcidType,ISP_Density_K_mm2,MinISP_Density,MaxISP_Density,PolyclonalRate_Percent,MaxPolyclonalRate_Percent,PercentAQ20_Reads,MinAQ20_Percent,TotalReads_Million,MinTotalReads_Million,OnTargetRate_Percent,MinOnTargetRate_Percent,Uniformity_Percent,MinUniformity_Percent,MeanAmpliconDepth_X,MinMeanAmpliconDepth_X,AmpliconsWithLowCoverage_Count,TotalAmplicons_Count,MaxLowCoverageAmplicon_Fraction,UMIDeduplication_Rate,MaxUMIDeduplication_Rate,UniqueMolecularDepth_X,MinUniqueMolecularDepth_X,ConsensusFamilySize_Mean,MinConsensusFamilySize,UMICollisionRate_Percent,MaxUMICollisionRate_Percent,RNA_Component_Present,RT_Efficiency_Score,MinRT_Efficiency_Score,FusionPanel_Coverage_Percent,MinFusionCoverage_Percent,BackgroundNoise_VAF,MaxBackgroundNoise_VAF,HomopolymerError_Rate,MaxHomopolymerError_Rate,StrandBias_Artifacts_Detected,PositiveControl_Pass,NegativeControl_Pass,NoTemplateControl_Pass,InternalAmplification_Control_Pass,CriticalHotspots_Total,CriticalHotspots_AtMinDepth,MinHotspotCoverage_Fraction
OC-CFNA-2026-001,Comprehensive_v3,550,cfDNA,850,200,1200,18.0,30,85.0,70,120,50,92.0,70,88.0,80,35000,20000,3,280,0.05,0.78,0.90,7700,2000,4.5,3.0,1.5,5.0,false,0,0.7,0,80,0.0003,0.001,0.008,0.02,false,true,true,true,true,190,188,0.95
OC-CFNA-2026-002,Lung_cfDNA,540,cfDNA+cfRNA,1350,200,1200,42.0,30,68.0,70,85,50,65.0,70,72.0,80,12000,20000,25,190,0.05,0.93,0.90,840,2000,2.1,3.0,8.5,5.0,true,0.55,0.7,62.0,80,0.002,0.001,0.035,0.02,true,true,true,true,true,190,155,0.95

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "oncominecfnarunqcchecker",
  "utilityFolder": "OncomineCfnaRunQcChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "RunID",
      "value": "OC-CFNA-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PanelVersion",
      "value": "Comprehensive_v3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "ChipType",
      "value": "550",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "NucleicAcidType",
      "value": "cfDNA",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "ISP_Density_K_mm2",
      "value": "850",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MinISP_Density",
      "value": "200",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "MaxISP_Density",
      "value": "1200",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "PolyclonalRate_Percent",
      "value": "18.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "MaxPolyclonalRate_Percent",
      "value": "30",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "PercentAQ20_Reads",
      "value": "85.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "MinAQ20_Percent",
      "value": "70",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "TotalReads_Million",
      "value": "120",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "OncomineCfnaRunQcChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.