NetworkLabSampleRoutingChecker

Network Lab Sample Routing

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR
Открыть подборку

Описание утилиты: Network Lab Sample Routing

Network Lab Sample Routing Checker — Верификация маршрутизации образцов в распределенной лабораторной сети

ℹ️  Утилита выполняет комплексную проверку корректности маршрутов согласно CAP/CLIA, ISO 15189, GDP и GLP/GCP:

     ВОЗМОЖНОСТИ САЙТА НАЗНАЧЕНИЯ:
     • Test Available: Тест присутствует в меню лаборатории назначения.
     • Sample Type Accepted: Тип образца поддерживается сайтом.
     • Accredited For Test: Сайт имеет аккредитацию (CAP/CLIA/ISO) для данного теста.
     • Capacity Available: Сайт не перегружен и может принять образец.

     ЛОГИСТИЧЕСКИЕ ОГРАНИЧЕНИЯ:
     • Transit Time ≤ Max Allowable: Время транспортировки не превышает стабильность образца.
     • Temperature Condition Met: Температурный режим соблюдается выбранным методом перевозки.
     • Transport Method Compatibility: Курьер/почта/внутренний трансфер соответствуют требованиям.

     ДОКУМЕНТАЦИЯ И КОМПЛАЕНС:
     • MTA Executed (if required): Material Transfer Agreement подписан.
     • Export License Valid (if required): Экспортная лицензия действительна.
     • Customs Documentation Complete: Таможенные документы оформлены для трансграничных отправок.
     • Informed Consent Covers Transfer: Согласие пациента включает межсайтовый трансфер.
     • Chain of Custody Complete: Цепь ответственности документирована.

     SLA И ПРИОРИТЕТЫ:
     • SLA Active: Действующее соглашение об уровне сервиса между сайтами.
     • Priority Compatible: STAT-приоритет совместим с условиями SLA.

⚠️  ВАЖНО:
     • Отсутствие аккредитации сайта для теста = КЛИНИЧЕСКИЙ РЕЗУЛЬТАТ НЕДЕЙСТВИТЕЛЕН.
     • Превышение времени транзита = деградация образца = ложные результаты.
     • MTA обязателен для трансфера между юридическими лицами; отсутствие = юридический риск.
     • Трансграничная отправка без таможенных документов = задержка на границе + нарушение TAT.
     • STAT-образец без экспедированного SLA = гарантированная просрочка.

Использование:
  NetworkLabSampleRoutingChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  NetworkLabSampleRoutingChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

📍 Область применения:
     • Сетевые лаборатории: Автоматическая верификация маршрутов перед отправкой.
     • Референс-лаборатории: Входной контроль соответствия направлений.
     • Мультицентровые исследования: Обеспечение комплаенса протоколу трансфера.
     • Логистические платформы: Интеграция с LIMS/TMS для автоматического роутинга.

💡 Советы:
1. Test Menu Database: Ведите централизованный реестр возможностей каждого сайта, обновляемый ежемесячно.
2. Stability Matrix: Создайте матрицу «тип образца × максимальное время транзита» для автоматической проверки.
3. Auto-Reroute: Настройте автоматическое предложение альтернативного сайта при BLOCKED/REROUTE.
4. Document Expiry Tracking: Отслеживайте сроки действия MTA и экспортных лицензий проактивно.
5. SLA Monitoring: Интегрируйте с TAT-мониторингом для выявления системных нарушений SLA.

⚠️ Примечание: Утилита проверяет КОРРЕКТНОСТЬ МАРШРУТА, а не качество самого образца. Преаналитический QC образца выполняется отдельно (MolecularDxSampleAcceptanceChecker, LiquidBiopsySampleIntakeChecker). Роутинг и QC образца — взаимодополняющие, но независимые процессы.

input.csv

SampleID,PatientID,OrderedTest,Priority,SampleType,OriginSite,DestinationSite,AlternateSite,DestinationSite_TestAvailable,DestinationSite_SampleTypeAccepted,DestinationSite_CapacityAvailable,DestinationSite_AccreditedForTest,EstimatedTransit_Hours,MaxAllowableTransit_Hours,TemperatureControl_Available,RequiredTempCondition_Met,TransportMethod,MTA_Required,MTA_Executed,ExportLicense_Required,ExportLicense_Valid,ChainOfCustody_Complete,InformedConsent_TransferOK,SLA_Active,SLA_TAT_Hours,PriorityCompatible_WithSLA,IsCrossBorder,OriginCountry,DestinationCountry,CustomsDocumentation_Complete
ROUTE-2026-001,PAT-042,NSCLC_CGP_Panel,STAT,FFPE,Hospital_A,RefLab_Central,RefLab_East,true,true,true,true,4,24,true,true,Courier,false,false,false,false,true,true,true,120,true,false,US,US,false
ROUTE-2026-002,PAT-055,WES_Germline,Routine,Whole_Blood,Clinic_B,RegionalLab_West,RefLab_Central,false,true,true,false,36,24,true,true,Mail,true,false,false,false,true,true,true,168,true,false,US,US,false
ROUTE-2026-003,PAT-061,MRD_Personalized,Routine,Plasma,Hospital_DE,RefLab_US,RefLab_UK,true,true,true,true,18,48,true,true,Courier,true,true,true,true,true,true,true,168,true,true,DE,US,true

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты NetworkLabSampleRoutingChecker для сценария Network Lab Sample Routing Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Network Lab Sample Routing Checker — Верификация маршрутизации образцов в распределенной лабораторной сети
  • ℹ️ Утилита выполняет комплексную проверку корректности маршрутов согласно CAP/CLIA, ISO 15189, GDP и GLP/GCP:
  • • Accredited For Test: Сайт имеет аккредитацию (CAP/CLIA/ISO) для данного теста.
  • • Transit Time ≤ Max Allowable: Время транспортировки не превышает стабильность образца.
  • ⚠️ ВАЖНО:

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для Network Lab Sample Routing Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1SampleIDstring / controlled vocabularyROUTE-2026-001Идентификатор образца или лабораторной пробы.
2PatientIDstring / controlled vocabularyPAT-042Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3OrderedTeststring / controlled vocabularyNSCLC_CGP_PanelКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
4Prioritystring / controlled vocabularySTATКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5SampleTypestring / controlled vocabularyFFPEИдентификатор образца или лабораторной пробы.
6OriginSitestring / controlled vocabularyHospital_AКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7DestinationSitestring / controlled vocabularyRefLab_CentralКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8AlternateSitestring / controlled vocabularyRefLab_EastБиологический/молекулярный компонент, контролируемый как CQA.
9DestinationSite_TestAvailablestring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
10DestinationSite_SampleTypeAcceptedstring / controlled vocabularytrueИдентификатор образца или лабораторной пробы.
11DestinationSite_CapacityAvailablestring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
12DestinationSite_AccreditedForTeststring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
13EstimatedTransit_Hoursinteger / decimal4Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
14MaxAllowableTransit_Hoursinteger / decimal24Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
15TemperatureControl_Availablestring / controlled vocabularytrueТемпературный профиль/MKT; параметр хранения, перевозки и стабильности.
16RequiredTempCondition_Metstring / controlled vocabularytrueТемпературный профиль/MKT; параметр хранения, перевозки и стабильности.
17TransportMethodstring / controlled vocabularyCourierМетод или технологический подход; контролируемое справочное значение.
18MTA_Requiredstring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
19MTA_Executedstring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
20ExportLicense_Requiredstring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
21ExportLicense_Validstring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
22ChainOfCustody_Completestring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
23InformedConsent_TransferOKstring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
24SLA_Activestring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
25SLA_TAT_Hoursinteger / decimal120Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
26PriorityCompatible_WithSLAstring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
27IsCrossBorderstring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
28OriginCountrystring / controlled vocabularyUSСчётный показатель; используется для микробиологического, частичного или клеточного контроля.
29DestinationCountrystring / controlled vocabularyUSСчётный показатель; используется для микробиологического, частичного или клеточного контроля.
30CustomsDocumentation_Completestring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
SampleID,PatientID,OrderedTest,Priority,SampleType,OriginSite,DestinationSite,AlternateSite,DestinationSite_TestAvailable,DestinationSite_SampleTypeAccepted,DestinationSite_CapacityAvailable,DestinationSite_AccreditedForTest,EstimatedTransit_Hours,MaxAllowableTransit_Hours,TemperatureControl_Available,RequiredTempCondition_Met,TransportMethod,MTA_Required,MTA_Executed,ExportLicense_Required,ExportLicense_Valid,ChainOfCustody_Complete,InformedConsent_TransferOK,SLA_Active,SLA_TAT_Hours,PriorityCompatible_WithSLA,IsCrossBorder,OriginCountry,DestinationCountry,CustomsDocumentation_Complete
ROUTE-2026-001,PAT-042,NSCLC_CGP_Panel,STAT,FFPE,Hospital_A,RefLab_Central,RefLab_East,true,true,true,true,4,24,true,true,Courier,false,false,false,false,true,true,true,120,true,false,US,US,false
ROUTE-2026-002,PAT-055,WES_Germline,Routine,Whole_Blood,Clinic_B,RegionalLab_West,RefLab_Central,false,true,true,false,36,24,true,true,Mail,true,false,false,false,true,true,true,168,true,false,US,US,false
ROUTE-2026-003,PAT-061,MRD_Personalized,Routine,Plasma,Hospital_DE,RefLab_US,RefLab_UK,true,true,true,true,18,48,true,true,Courier,true,true,true,true,true,true,true,168,true,true,DE,US,true

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001SampleIDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002PatientIDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003OrderedTestПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004PriorityПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005SampleTypeПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006OriginSiteПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007DestinationSiteПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-008AlternateSiteПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-009DestinationSite_TestAvailableПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-010DestinationSite_SampleTypeAcceptedПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-011DestinationSite_CapacityAvailableПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-012DestinationSite_AccreditedForTestПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-013EstimatedTransit_HoursПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-014MaxAllowableTransit_HoursПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-015TemperatureControl_AvailableПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-016RequiredTempCondition_MetПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-017TransportMethodПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-018MTA_RequiredПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-019MTA_ExecutedПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-020ExportLicense_RequiredПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-021ExportLicense_ValidПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-022ChainOfCustody_CompleteПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-023InformedConsent_TransferOKПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-024SLA_ActiveПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-025SLA_TAT_HoursПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-026PriorityCompatible_WithSLAПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-027IsCrossBorderПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-028OriginCountryПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-029DestinationCountryПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-030CustomsDocumentation_CompleteПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для Network Lab Sample Routing Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "networklabsampleroutingchecker",
  "utilityFolder": "NetworkLabSampleRoutingChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "ROUTE-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-042",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "OrderedTest",
      "value": "NSCLC_CGP_Panel",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Priority",
      "value": "STAT",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "SampleType",
      "value": "FFPE",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "OriginSite",
      "value": "Hospital_A",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "DestinationSite",
      "value": "RefLab_Central",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "AlternateSite",
      "value": "RefLab_East",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "DestinationSite_TestAvailable",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "DestinationSite_SampleTypeAccepted",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "DestinationSite_CapacityAvailable",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "DestinationSite_AccreditedForTest",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "NetworkLabSampleRoutingChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть