MrdPersonalizedPanelQcChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты MrdPersonalizedPanelQcChecker для сценария MRD Personalized Panel QC Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Germline Variants = 0: КРИТИЧЕСКИЙ параметр. Любой герминальный вариант = ложноположительный MRD.
• • Clonal Fraction ≥ 50%: Панель должна быть обогащена клональными (доминантными) вариантами.
• • Panel LOD ≤ 0.01% VAF: Чувствительность для конкретной конфигурации панели.
• • Mean Amplicon Depth ≥ 5000×: Достаточная глубина для детекции редких аллелей.
• • Amplicon Uniformity ≥ 80%: Равномерность покрытия всех мишеней.
• • Background Noise ≤ 0.001% VAF: Фоновый шум не должен превышать целевой LOD.
• ⚠️ ВАЖНО:
• 1. Matched Normal: ВСЕГДА используйте парную нормаль для фильтрации герминальных вариантов.
• 2. Clonal Selection: Приоритизируйте варианты с VAF >10% в опухоли (клональные драйверы).
• 3. Panel Redesign: При >2 failed amplicons пересоздайте панель с альтернативными праймерами.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

PatientID,PanelID,TumorSequencingID,VariantsInPanel,MinVariantsInPanel,MaxVariantsInPanel,VariantsMatchedToTumor,GermlineVariantsInPanel,ClonalVariants_Count,SubclonalVariants_Count,MinClonalFraction_InPanel,PanelLOD_Percent,MaxAcceptableLOD_Percent,MeanAmpliconDepth_X,MinMeanAmpliconDepth_X,AmpliconUniformity_Percent,MinAmpliconUniformity_Percent,FailedAmplicons_Count,TotalAmplicons_Count,OffTargetAmplification_Detected,PrimerDimer_Detected,BackgroundNoise_VAF,MaxBackgroundNoise_VAF,PositiveControl_Pass,NegativeControl_Pass,NoTemplateControl_Pass,MatchedNormal_Available,SomaticOrigin_Confirmed,TumorVAF_Mean_InPanel
PAT-LUNG-042,MRD-PNL-042-v1,WES-LUNG-042,32,16,48,32,0,24,8,0.5,0.003,0.01,15000,5000,92.0,80,0,32,false,false,0.0002,0.001,true,true,true,true,true,18.5
PAT-CRC-018,MRD-PNL-018-v1,WES-CRC-018,20,16,48,18,3,5,15,0.5,0.015,0.01,3200,5000,65.0,80,4,20,true,true,0.002,0.001,true,true,true,false,false,6.2

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "mrdpersonalizedpanelqcchecker",
  "utilityFolder": "MrdPersonalizedPanelQcChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-LUNG-042",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PanelID",
      "value": "MRD-PNL-042-v1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "TumorSequencingID",
      "value": "WES-LUNG-042",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "VariantsInPanel",
      "value": "32",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "MinVariantsInPanel",
      "value": "16",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MaxVariantsInPanel",
      "value": "48",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "VariantsMatchedToTumor",
      "value": "32",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "GermlineVariantsInPanel",
      "value": "0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ClonalVariants_Count",
      "value": "24",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "SubclonalVariants_Count",
      "value": "8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "MinClonalFraction_InPanel",
      "value": "0.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "PanelLOD_Percent",
      "value": "0.003",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "MrdPersonalizedPanelQcChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.