MrdLongitudinalTrendChecker

MRD Longitudinal Trend

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR

Описание утилиты: MRD Longitudinal Trend

MRD Longitudinal Trend Checker — Специализированный анализ динамики минимальной остаточной болезни

ℹ️ Утилита выполняет MRD-специфичный лонгитюдный анализ согласно ESMO/ASCO MRD guidelines, TRACERx и FDA surrogate endpoint standards:

КЛАССИФИКАЦИЯ MRD-ТРЕНДА:
• SUSTAINED MRD NEGATIVE: Все точки ниже LOD. Благоприятный прогноз.
• CLEARANCE ACHIEVED: ≥N последовательных негативных после начальной позитивности. Молекулярная ремиссия.
• MOLECULAR RELAPSE: Восходящий тренд или конверсия neg→pos с ростом. Опережает визуализацию.
• PERSISTENT MRD POSITIVE: Стабильная детекция без клиренса. Остаточная болезнь.
• INDETERMINATE: Недостаточно данных или единичная детекция. Требуется повтор.

СПЕЦИФИКА MRD-АНАЛИЗА:
• Цензурированные данные: «Не обнаружено» ≠ 0. Это значение ниже LOD, а не отсутствие сигнала.
• Молекулярный lead time: MRD+ при NED на КТ = окно возможности для превентивного вмешательства.
• Конфирмация клиренса: Требует ≥2 последовательных негативных результатов (не единичного).
• Early relapse detection: Переход neg→pos с последующим ростом = высокий риск рецидива.

ИНТЕГРАЦИЯ С ВИЗУАЛИЗАЦИЕЙ:
• CONCORDANT: MRD и imaging согласованы.
• DISCORDANT (MRD+/Imaging−): Молекулярный lead time. Рекомендовать внеплановую визуализацию.
• DISCORDANT (MRD−/Imaging+): Проблема чувствительности или sampling. Пересмотреть assay.

⚠️ ВАЖНО:
• MRD-мониторинг работает на ПРЕДЕЛЕ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ ассая.
• Единичная детекция после негативных НЕ является рецидивом — требуется подтверждение.
• Молекулярный рецидив опережает радиологический на 2-6 месяцев (TRACERx, IMvigor010).
• Клиренс MRD коррелирует с улучшением DFS/OS в多个 солидных опухолях.
• Персистентный MRD+ после куративного лечения = кандидат на адъювантную терапию.
• Решения на основе MRD должны приниматься МУЛЬТИДИСЦИПЛИНАРНОЙ КОМАНДОЙ.

Использование:
MrdLongitudinalTrendChecker.exe → демо-режим (вывод в консоль)
MrdLongitudinalTrendChecker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных

📍 Область применения:
• Пост-терапевтический мониторинг: Ранняя детекция рецидива.
• Адъювантные trials: Стратификация по MRD-статусу.
• Ответ на терапию: Оценка глубины молекулярного ответа.
• Мультидисциплинарные консилиумы: Объективная основа для обсуждения.

💡 Советы:
1. Частота мониторинга: Каждые 3-4 месяца в первые 2 года, затем каждые 6 месяцев.
2. Подтверждение: Любое изменение MRD-статуса подтверждайте повторным тестом через 4-6 недель.
3. Imaging correlation: Всегда сопоставляйте MRD с последней визуализацией.
4. Assay consistency: Используйте ОДИН И ТОТ ЖЕ assay на протяжении всего мониторинга.
5. Clinical action protocol: Заранее определите алгоритмы действий для каждого MRD-статуса.

⚠️ Примечание: Утилита предоставляет АНАЛИТИЧЕСКУЮ КЛАССИФИКАЦИЮ MRD-тренда. Клинические решения (смена терапии, дополнительная визуализация, прекращение мониторинга) принимаются лечащей командой с учетом всей совокупности данных. MRD — прогностический биомаркер, а не диагностический тест.

input.csv

PatientID,AssayName,ClinicalContext,TimepointData,AssayLOD_Percent,AssayLOQ_Percent,TreatmentEndDate,LastImagingDate,LastImagingResult,MinTimepointsForTrend,RisingTrend_FoldChange_Threshold,ConsecutiveNegative_ForClearance
MRD-PAT-001,Signatera_NSCLC,Post_Curative_Treatment,"2026-01-15:0.008:true;2026-02-20:0.002:true;2026-03-25:0:false;2026-05-01:0:false;2026-06-10:0:false",0.001,0.005,2026-01-10,2026-06-05,NED,3,2.0,2
MRD-PAT-002,Signatera_CRC,Adjuvant_Monitoring,"2026-01-10:0:false;2026-02-15:0:false;2026-03-20:0.003:true;2026-04-25:0.012:true;2026-06-01:0.045:true",0.001,0.005,2025-12-20,2026-05-28,NED,3,2.0,2
MRD-PAT-003,RaDaR_Breast,Post_Curative_Treatment,"2026-02-01:0.015:true;2026-03-10:0.010:true;2026-04-15:0.008:true;2026-05-20:0.012:true",0.001,0.005,2026-01-25,2026-05-15,NED,3,2.0,2
MRD-PAT-004,Signatera_NSCLC,Adjuvant_Monitoring,"2026-05-01:0:false;2026-06-10:0:false",0.001,0.005,2026-04-15,2026-06-05,NED,3,2.0,2

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты MrdLongitudinalTrendChecker для сценария MRD Longitudinal Trend Checker.

Предметные ограничения URS input.csv FS IQ/OQ/PQ

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.

• CLEARANCE ACHIEVED: ≥N последовательных негативных после начальной позитивности. Молекулярная ремиссия.
• Конфирмация клиренса: Требует ≥2 последовательных негативных результатов (не единичного).
⚠️ ВАЖНО:
• MRD-мониторинг работает на ПРЕДЕЛЕ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ ассая.
5. Clinical action protocol: Заранее определите алгоритмы действий для каждого MRD-статуса.

URS — пользовательские требования

ID	Требование	Критичность	Критерий приемки
URS-001	Утилита должна принимать файл input.csv для MRD Longitudinal Trend Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.	High	Файл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002	Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.	High	При одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003	Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.	High	Ошибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004	Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.	High	Каждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005	Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.	High	JSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006	Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.	High	Выход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007	Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.	Medium	URS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008	Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.	Medium	В документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#	Поле	Тип	Пример	Назначение
1	`PatientID`	string / controlled vocabulary	`MRD-PAT-001`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
2	`AssayName`	string / controlled vocabulary	`Signatera_NSCLC`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3	`ClinicalContext`	string / controlled vocabulary	`Post_Curative_Treatment`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
4	`TimepointData`	string / controlled vocabulary	`2026-01-15:0.008:true;2026-02-20:0.002:true;2026-03-25:0:false;2026-05-01:0:false;2026-06-10:0:false`	Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
5	`AssayLOD_Percent`	decimal	`0.001`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6	`AssayLOQ_Percent`	decimal	`0.005`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7	`TreatmentEndDate`	string / controlled vocabulary	`2026-01-10`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8	`LastImagingDate`	string / controlled vocabulary	`2026-06-05`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
9	`LastImagingResult`	string / controlled vocabulary	`NED`	Результат или статус, применяемый в итоговой классификации.
10	`MinTimepointsForTrend`	decimal	`3`	Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
11	`RisingTrend_FoldChange_Threshold`	decimal	`2.0`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
12	`ConsecutiveNegative_ForClearance`	decimal	`2`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.

PatientID,AssayName,ClinicalContext,TimepointData,AssayLOD_Percent,AssayLOQ_Percent,TreatmentEndDate,LastImagingDate,LastImagingResult,MinTimepointsForTrend,RisingTrend_FoldChange_Threshold,ConsecutiveNegative_ForClearance
MRD-PAT-001,Signatera_NSCLC,Post_Curative_Treatment,2026-01-15:0.008:true;2026-02-20:0.002:true;2026-03-25:0:false;2026-05-01:0:false;2026-06-10:0:false,0.001,0.005,2026-01-10,2026-06-05,NED,3,2.0,2
MRD-PAT-002,Signatera_CRC,Adjuvant_Monitoring,2026-01-10:0:false;2026-02-15:0:false;2026-03-20:0.003:true;2026-04-25:0.012:true;2026-06-01:0.045:true,0.001,0.005,2025-12-20,2026-05-28,NED,3,2.0,2
MRD-PAT-003,RaDaR_Breast,Post_Curative_Treatment,2026-02-01:0.015:true;2026-03-10:0.010:true;2026-04-15:0.008:true;2026-05-20:0.012:true,0.001,0.005,2026-01-25,2026-05-15,NED,3,2.0,2

Правила валидации входных данных

ID	Поле	Правило	Критичность
VR-001	`PatientID`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-002	`AssayName`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-003	`ClinicalContext`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-004	`TimepointData`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-005	`AssayLOD_Percent`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-006	`AssayLOQ_Percent`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-007	`TreatmentEndDate`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-008	`LastImagingDate`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-009	`LastImagingResult`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-010	`MinTimepointsForTrend`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-011	`RisingTrend_FoldChange_Threshold`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-012	`ConsecutiveNegative_ForClearance`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium

FS — функциональная спецификация

ID	Функция	Реализация
FS-001	CLI execution	Поддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002	CSV import	Прочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003	Schema validation	Проверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004	Type conversion	Преобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005	Domain rule engine	Применить правила для MRD Longitudinal Trend Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006	Status aggregation	Сформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007	JSON export	Записать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008	Audit support	Сохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009	Integration contract	Поддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010	Error handling	Возвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "mrdlongitudinaltrendchecker",
  "utilityFolder": "MrdLongitudinalTrendChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "MRD-PAT-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "AssayName",
      "value": "Signatera_NSCLC",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "ClinicalContext",
      "value": "Post_Curative_Treatment",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "TimepointData",
      "value": "2026-01-15:0.008:true;2026-02-20:0.002:true;2026-03-25:0:false;2026-05-01:0:false;2026-06-10:0:false",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "AssayLOD_Percent",
      "value": "0.001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "AssayLOQ_Percent",
      "value": "0.005",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "TreatmentEndDate",
      "value": "2026-01-10",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "LastImagingDate",
      "value": "2026-06-05",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "LastImagingResult",
      "value": "NED",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MinTimepointsForTrend",
      "value": "3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "RisingTrend_FoldChange_Threshold",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "ConsecutiveNegative_ForClearance",
      "value": "2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "MrdLongitudinalTrendChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URS	FS	Тест	Подтверждение
URS-001	FS-001, FS-002	OQ-001	Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002	FS-005, FS-006	OQ-004	Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003	FS-003, FS-004, FS-010	OQ-002, OQ-003	Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004	FS-005, FS-006	OQ-004, PQ-001	Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005	FS-007, FS-009	OQ-005	Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006	FS-008	OQ-006	Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007	FS-008, FS-010	IQ-001, OQ-007	Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008	FS-005, FS-008	PQ-002	Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

ID	Сценарий	Ожидаемый результат
IQ-001	Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.	Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001	Валидная строка из примера input.csv.	PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002	Удалить обязательную колонку из CSV.	Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003	Внести нечисловое значение в числовое поле.	Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004	Значение критического параметра вывести за предел.	FAIL и critical finding.
OQ-005	Проверить структуру output.json.	Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006	Проверить трассируемость серии/образца.	Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001	Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.	Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002	Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.	Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть