LongitudinalCtDnaTrendChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты LongitudinalCtDnaTrendChecker для сценария Longitudinal ctDNA Trend Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Значимое снижение VAF от baseline (fold change ≤ 0.5, т.е. ≥50% снижение).
• • Статистически значимый отрицательный slope (p ≤ 0.05).
• • Значимый рост от nadir (fold change ≥ 2.0) — признак приобретенной резистентности.
• • Slope не статистически значим (p > 0.05).
• • Колебания в пределах биологической/технической вариабельности.
• НЕОПРЕДЕЛЁННО (INDETERMINATE):
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Изменения VAF в пределах LOQ НЕ являются значимыми — это технический шум.
• Это критически важно для персонализированного управления лечением в реальном времени.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Min Timepoints ≥ 3: Меньше = INDETERMINATE.
• • Significant Fold Change ≥ 2.0: Изменения <50% обычно находятся в пределах вариабельности.
• • Slope P-Value ≤ 0.05: Без статистической значимости тренд ненадежен.
• • Rise From Nadir ≥ 2.0×: Более чувствительный маркер прогрессии, чем рост от baseline.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

PatientID,VariantID,TherapyContext,NumTimepoints,BaselineVAF_Percent,CurrentVAF_Percent,NadirVAF_Percent,AssayLOD_Percent,AssayLOQ_Percent,Slope_VAF_per_Week,SlopePValue,FoldChange_FromBaseline,FoldChange_FromNadir,DoublingOrHalvingTime_Days,MinSignificantFoldChange,MaxSlopePValue,AllPointsAboveLOQ,CurrentBelowLOD,AnyNewVariantDetected,DaysSinceLastSample
PAT-2026-001,EGFR_L858R,Active_Treatment,5,12.5,0.8,0.6,0.01,0.05,-1.8,0.001,0.064,1.33,-14.5,2.0,0.05,false,false,false,21
PAT-2026-002,KRAS_G12D,Active_Treatment,4,5.0,8.2,0.3,0.01,0.05,1.2,0.008,1.64,27.3,18.0,2.0,0.05,true,false,true,28
PAT-2026-003,TP53_R175H,Post_Treatment_Surveillance,3,0.0,0.08,0.0,0.01,0.05,0.02,0.12,0,0,0,2.0,0.05,false,false,false,42

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "longitudinalctdnatrendchecker",
  "utilityFolder": "LongitudinalCtDnaTrendChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "VariantID",
      "value": "EGFR_L858R",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "TherapyContext",
      "value": "Active_Treatment",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "NumTimepoints",
      "value": "5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "BaselineVAF_Percent",
      "value": "12.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "CurrentVAF_Percent",
      "value": "0.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "NadirVAF_Percent",
      "value": "0.6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "AssayLOD_Percent",
      "value": "0.01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "AssayLOQ_Percent",
      "value": "0.05",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "Slope_VAF_per_Week",
      "value": "-1.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "SlopePValue",
      "value": "0.001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "FoldChange_FromBaseline",
      "value": "0.064",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "LongitudinalCtDnaTrendChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.