LoDLoQVerificationChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты LoDLoQVerificationChecker для сценария LoD/LoQ Verification Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• LoD/LoQ Verification Checker — Независимая верификация пределов обнаружения и количественного определения
• ℹ️ Утилита выполняет статистическую верификацию заявленных LoD и LoQ согласно CLSI EP17-A3, FDA Bioanalytical Method Validation Guidance и ICH Q2(R2):
• • Detection Rate: Наблюдаемая частота детекции на уровне заявленного LoD должна быть ≥ целевой (обычно ≥95%).
• • Minimum Measurements: ≥20 суммарных измерений для статистической мощности.
• • Precision (CV%): Наблюдаемый CV на уровне LoQ ≤ целевого порога (обычно ≤20%).
• • Accuracy (Bias%): Наблюдаемое смещение на уровне LoQ ≤ целевого порога (обычно ≤±20%).
• • Replicates: ≥20 репликатов для надежной оценки прецизионности.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Верификация ≠ первичное установление. Для верификации тестируется ОДНА концентрация (заявленный предел).
• • Если наблюдаемая частота детекции <95%, это НЕ означает, что истинный LoD выше — возможно, недостаточно измерений.
• • Биномиальный CI критически важен: 19/20 = 95%, но 95% CI = [75.1%-99.9%]. Нижняя граница <90%!
• • LoQ без подтверждения И CV, И bias = неверифицированный предел.
• • Тестовая концентрация должна совпадать с заявленным пределом (±10%). Иначе верификация невалидна.
• • Ежегодная реквалификация: Плановое подтверждение пределов.
• • Жидкая биопсия/MRD: Критически важно для ultrasensitive assays.
• Заявленные пределы могут деградировать со временем из-за дрейфа реагентов, износа оборудования или изменений в пробоподготовке.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • LoD Detection Rate ≥ Min Acceptable (обычно ≥90%): Ниже = NOT VERIFIED.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

AssayName,Analyte,VerificationContext,DeclaredLoD,DeclaredLoQ,Units,LoD_NumSamples,LoD_NumReplicates,LoD_TestConcentration,LoD_DetectedCount,LoD_TargetDetectionRate,LoD_MinAcceptableDetectionRate,LoQ_NumReplicates,LoQ_TestConcentration,LoQ_ObservedCV_Percent,LoQ_MaxCV_Percent,LoQ_ObservedBias_Percent,LoQ_MaxBias_Percent,LoQ_TrueValue,ConfidenceLevel
OncoLiquid_cfDNA,EGFR_L858R,Reagent_Change,0.005,0.01,% VAF,5,6,0.005,29,0.95,0.90,25,0.01,14.2,20.0,6.5,20.0,0.01,0.95
MRD_Panel_v3,TP53_ctDNA,Method_Transfer,0.001,0.003,% VAF,4,5,0.001,15,0.95,0.90,20,0.003,28.5,20.0,18.0,20.0,0.003,0.95

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "lodloqverificationchecker",
  "utilityFolder": "LoDLoQVerificationChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "AssayName",
      "value": "OncoLiquid_cfDNA",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "Analyte",
      "value": "EGFR_L858R",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "VerificationContext",
      "value": "Reagent_Change",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "DeclaredLoD",
      "value": "0.005",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "DeclaredLoQ",
      "value": "0.01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "Units",
      "value": "% VAF",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "LoD_NumSamples",
      "value": "5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "LoD_NumReplicates",
      "value": "6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "LoD_TestConcentration",
      "value": "0.005",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "LoD_DetectedCount",
      "value": "29",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "LoD_TargetDetectionRate",
      "value": "0.95",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "LoD_MinAcceptableDetectionRate",
      "value": "0.90",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "LoDLoQVerificationChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.