LoBLoDLoQVerificationChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты LoBLoDLoQVerificationChecker для сценария LoB/LoD/LoQ Verification Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• LoB/LoD/LoQ Verification Checker — Верификация аналитических пределов по CLSI EP17-A3
• ℹ️ Утилита выполняет статистическую верификацию пределов чувствительности согласно CLSI EP17-A3, FDA Bioanalytical Method Validation Guidance и ICH Q2(R2):
• ПРЕДЕЛ ПУСТОГО ОБРАЗЦА (LoB):
• • Определение: Верхний предел измерений для образцов, не содержащих аналит.
• ПРЕДЕЛ ОБНАРУЖЕНИЯ (LoD):
• • Определение: Минимальная концентрация, отличимая от нуля с заданной вероятностью (1-β).
• • Верификация: LoD > LoB (логическая проверка), расхождение с эмпирическим значением.
• ПРЕДЕЛ КОЛИЧЕСТВЕННОГО ОПРЕДЕЛЕНИЯ (LoQ):
• • Определение: Минимальная концентрация, измеряемая с приемлемой точностью и правильностью.
• • Критерии: CV ≤ целевого % И |Bias| ≤ целевого %.
• • Blanks: ≥60 измерений (минимум 4 образца × 15 реплик или эквивалент).
• • Low-level: ≥60 измерений для оценки SD при низкой концентрации.
• • LoQ: ≥20 реплик для надежной оценки CV и bias.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • LoD ≤ LoB = логически невозможно. Ошибка в расчетах или данных.
• • Недостаточное число измерений делает пределы статистически необоснованными.
• • При трансфере метода пределы должны быть ВЕРИФИЦИРОВАНЫ, а не просто скопированы.
• • Трансфер методов: Верификация пределов при переносе на новую платформу/сайт.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

AssayName,Analyte,VerificationType,Method,NumBlankSamples,NumBlankReplicates,BlankMean,BlankSD,DeclaredLoB,NumLowSamples,NumLowReplicates,LowSampleMean,LowSampleSD,DeclaredLoD,TargetAlpha,TargetBeta,DeclaredLoQ,LoQ_CV_Observed,MaxLoQ_CV_Percent,LoQ_Bias_Observed_Percent,MaxLoQ_Bias_Percent,NumLoQReplicates,MinLoQReplicates,EmpiricalLoB,EmpiricalLoD,EmpiricalLoQ,MaxLoB_Diff_Percent,MaxLoD_Diff_Percent,MaxLoQ_Diff_Percent
OncoLiquid_cfDNA,EGFR_L858R_VAF,Verification,Parametric,10,6,0.0001,0.00008,0.0003,6,10,0.0012,0.00035,0.0008,0.05,0.05,0.002,15.5,20.0,8.2,20.0,25,20,0.00028,0.00075,0.0019,20,25,25
MRD_Panel_v2,TP53_ctDNA,Transfer,NonParametric,4,5,0.0005,0.0003,0.0012,3,5,0.003,0.0015,0.005,0.05,0.05,0.008,28.0,20.0,22.0,20.0,15,20,0.0011,0.0032,0.012,20,25,25

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "loblodloqverificationchecker",
  "utilityFolder": "LoBLoDLoQVerificationChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "AssayName",
      "value": "OncoLiquid_cfDNA",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "Analyte",
      "value": "EGFR_L858R_VAF",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "VerificationType",
      "value": "Verification",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Method",
      "value": "Parametric",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "NumBlankSamples",
      "value": "10",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "NumBlankReplicates",
      "value": "6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "BlankMean",
      "value": "0.0001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "BlankSD",
      "value": "0.00008",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "DeclaredLoB",
      "value": "0.0003",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "NumLowSamples",
      "value": "6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "NumLowReplicates",
      "value": "10",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "LowSampleMean",
      "value": "0.0012",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "LoBLoDLoQVerificationChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.