LiquidCgpRunQcChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты LiquidCgpRunQcChecker для сценария Liquid CGP Run QC Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • On-Target Rate: Эффективность захвата целевых регионов (≥60%).
• • Uniformity: Равномерность покрытия (≥80%) — предотвращение слепых зон.
• • Mean Target Depth: Общая глубина (≥10 000× для cfDNA CGP).
• • Fold-80 Base Penalty: Мера неравномерности (≤2.0).
• • UMI Deduplication Rate: Доля коллапсированных прочтений (≤85%).
• • Unique Molecular Depth: Глубина после дедупликации (≥1 000×) — определяет реальную чувствительность.
• • Duplication Rate: Общий уровень дупликатов (≤40%).
• • Background Noise VAF: Медианный шум в NTC (≤0.1% VAF).
• • Positive Control Recovery: Восстановление контрольного варианта (≥70%).
• • Index Hopping Rate: Перекрестная контаминация (≤0.5%).
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Фон >0.1% VAF делает невозможным надежное обнаружение при VAF <0.5%.
• Жидкая биопсия работает на пределе чувствительности (VAF 0.1–0.5%).
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Mean Target Depth ≥ 10 000×: Базовый порог для cfDNA CGP.
• • Unique Molecular Depth ≥ 1 000×: Определяет реальную чувствительность.
• • Uniformity ≥ 80%: Ниже = неприемлемые слепые зоны.
• • Background Noise ≤ 0.1% VAF: Превышение = LOD недостижим.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

RunID,PanelName,Platform,PercentQ30,MinQ30,ClusterDensity_K_mm2,MinClusterDensity,MaxClusterDensity,OnTargetRate_Percent,MinOnTargetRate,Uniformity_Percent,MinUniformity,MeanTargetDepth_X,MinMeanTargetDepth,Fold80_BasePenalty,MaxFold80,UMIDeduplication_Rate,MaxUMIDeduplication,UniqueMolecularDepth_X,MinUniqueMolecularDepth,DuplicationRate_Percent,MaxDuplicationRate,BackgroundNoise_VAF,MaxBackgroundNoise_VAF,NTCSamples_Total,NTCSamples_Pass,PositiveControl_Detected,PositiveControl_Recovery_Percent,MinPositiveControl_Recovery,IndexHoppingRate_Percent,MaxIndexHoppingRate,UDI_Used
LB-RUN-2026-001,OncoLiquid_500,NovaSeq 6000,89.2,75,920,800,1200,82.5,60,93.0,80,22000,10000,1.2,2.0,0.68,0.85,7200,1000,18.0,40,0.0002,0.001,4,4,true,95.0,70,0.05,0.5,true
LB-RUN-2026-002,OncoLiquid_500,NovaSeq 6000,71.0,75,1400,800,1200,48.0,60,65.0,80,6500,10000,3.5,2.0,0.92,0.85,520,1000,62.0,40,0.003,0.001,4,2,true,55.0,70,1.8,0.5,false

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "liquidcgprunqcchecker",
  "utilityFolder": "LiquidCgpRunQcChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "RunID",
      "value": "LB-RUN-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PanelName",
      "value": "OncoLiquid_500",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Platform",
      "value": "NovaSeq 6000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "PercentQ30",
      "value": "89.2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "MinQ30",
      "value": "75",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "ClusterDensity_K_mm2",
      "value": "920",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "MinClusterDensity",
      "value": "800",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MaxClusterDensity",
      "value": "1200",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "OnTargetRate_Percent",
      "value": "82.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MinOnTargetRate",
      "value": "60",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "Uniformity_Percent",
      "value": "93.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "MinUniformity",
      "value": "80",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "LiquidCgpRunQcChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.