LargePanelLiquidCgpRunChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты LargePanelLiquidCgpRunChecker для сценария Large Panel Liquid CGP Run Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• ℹ️ Утилита выполняет сквозную проверку качества запусков секвенирования крупных панелей (>300 генов) для жидкой биопсии согласно CAP/CLIA, FDA NGS guidance и стандартам SEQC2:
• • On-Target Rate: Эффективность захвата целевых регионов (≥60% для больших панелей).
• • Uniformity: Равномерность покрытия — критична для избежания слепых зон.
• • Mean/Median Target Depth: Общая глубина секвенирования (≥10 000× для cfDNA).
• • Unique Molecular Depth: Глубина после дедупликации — определяет реальную чувствительность.
• • Background Noise VAF: Медианный шум в NTC — определяет достижимый LOD.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Фон >0.1% VAF делает невозможным надежное обнаружение вариантов при VAF <0.5%.
• Крупнопанельная жидкая биопсия работает на пределе чувствительности (VAF 0.1–0.5%).
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Mean Target Depth ≥ 10 000×: Базовый порог для панелей >300 генов.
• • Unique Molecular Depth ≥ 1 000×: Определяет реальную чувствительность после error suppression.
• • Uniformity ≥ 80%: Ниже = неприемлемые слепые зоны в крупных панелях.
• • Background Noise ≤ 0.1% VAF: Превышение = LOD недостижим.
• • Positive Control Recovery ≥ 70%: Ниже = деградация чувствительности.
• • Index Hopping ≤ 0.5%: Превышение = cross-contamination = unreliable results.
• 1. UMI Design: Используйте UMI ≥8 nt для панелей >1 Мб во избежание коллизий.
• 2. NTC Strategy: Минимум 3-4 NTC на запуск, распределённых по пластине.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

RunID,PanelName,Platform,TargetRegionSize_Mb,PercentQ30,MinQ30,ClusterDensity_K_mm2,MinClusterDensity,MaxClusterDensity,OnTargetRate_Percent,MinOnTargetRate,Uniformity_Percent,MinUniformity,MeanTargetDepth_X,MinMeanTargetDepth,MedianTargetDepth_X,UMIDeduplication_Rate,MaxUMIDeduplication,UniqueMolecularDepth_X,MinUniqueMolecularDepth,UMICollisionRate_Percent,MaxUMICollisionRate,BackgroundNoise_VAF,MaxBackgroundNoise_VAF,NTCSamples_Count,NTCPassCount,PositiveControl_Detected,PositiveControl_VAF_Observed,PositiveControl_VAF_Expected,PositiveControl_Recovery_Percent,MinPositiveControl_Recovery,InterReplicate_CV_Percent,MaxInterReplicate_CV,IndexHoppingRate_Percent,MaxIndexHoppingRate,UDI_Used
LB-CGP-2026-R001,OncoLiquid_500,NovaSeq 6000,1.8,88.5,75,950,800,1200,78.5,60,91.2,80,18500,10000,17200,0.72,0.85,5200,1000,1.8,5.0,0.0003,0.001,4,4,true,0.48,0.50,96.0,70,12.5,25,0.08,0.5,true
LB-CGP-2026-R002,OncoLiquid_500,NovaSeq 6000,1.8,72.0,75,1350,800,1200,52.0,60,68.5,80,8200,10000,5100,0.91,0.85,750,1000,8.5,5.0,0.0025,0.001,4,2,true,0.32,0.50,64.0,70,35.0,25,1.2,0.5,false

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "largepanelliquidcgprunchecker",
  "utilityFolder": "LargePanelLiquidCgpRunChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "RunID",
      "value": "LB-CGP-2026-R001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PanelName",
      "value": "OncoLiquid_500",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "Platform",
      "value": "NovaSeq 6000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "TargetRegionSize_Mb",
      "value": "1.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "PercentQ30",
      "value": "88.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MinQ30",
      "value": "75",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "ClusterDensity_K_mm2",
      "value": "950",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MinClusterDensity",
      "value": "800",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "MaxClusterDensity",
      "value": "1200",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "OnTargetRate_Percent",
      "value": "78.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "MinOnTargetRate",
      "value": "60",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "Uniformity_Percent",
      "value": "91.2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "LargePanelLiquidCgpRunChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.