ImagingReviewConsistencyChecker

Imaging Review Consistency

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR
Открыть подборку

Описание утилиты: Imaging Review Consistency

Imaging Review Consistency Checker — Контроль согласованности чтения медицинских изображений

ℹ️  Утилита выполняет систематическую проверку качества экспертной оценки изображений согласно FDA Medical Imaging Guidance, EORTC и CDISC ADaM:
     • BICR Agreement: Проверка согласия между двумя независимыми читателями (Blinded Independent Central Review).
     • Adjudication Completeness: Гарантия выполнения арбитража для всех дискордантных случаев.
     • Measurement Completeness: Контроль наличия измерений всех целевых поражений у обоих читателей.
     • Lesion Assessment: Проверка оценки нецелевых и новых поражений согласно применяемым критериям.
     • Measurement Discrepancy: Расчет процентного расхождения суммарных диаметров между читателями.

⚠️  ВАЖНО: 
     • Дискордантность без арбитража = данные визита НЕ ПРИГОДНЫ для первичного анализа.
     • Пропущенные измерения целевых поражений делают оценку ответа невозможной.
     • Расхождение суммарных диаметров >20% требует пересмотра даже при совпадении категориального ответа.
     • Нецелевые и новые поражения должны быть оценены ОБЯЗАТЕЛЬНО — они влияют на общий ответ.

Использование:
  ImagingReviewConsistencyChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  ImagingReviewConsistencyChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
StudyID,PatientID,VisitTimepoint,Modality,AssessmentCriteria,Reader1_Response,Reader2_Response,ReadersAgree,AdjudicationPerformed,AdjudicatedResponse,TargetLesions_Count_R1,TargetLesions_Count_R2,ExpectedMinTargetLesions,AllMeasurementsPresent_R1,AllMeasurementsPresent_R2,NonTargetLesions_Assessed_R1,NonTargetLesions_Assessed_R2,NewLesions_Assessed_R1,NewLesions_Assessed_R2,SumDiameters_R1_mm,SumDiameters_R2_mm,MaxAllowableMeasurementDiff_Percent

Пример:
  ONCO-01,SUBJ-001,Week8,CT,RECIST1.1,PR,PR,true,false,,3,3,1,true,true,true,true,true,true,45.2,47.8,20

📍 Область применения (Usage Where):
     • Онкологические клинические исследования: QC данных BICR перед базой данных lock.
     • Регуляторные подачи: Подтверждение качества данных визуализации для FDA/EMA.
     • Центры чтения изображений: Операционный контроль качества работы радиологов.
     • Мониторинг исследований: Выявление сайтов с высокой частотой неполных чтений.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Визуальная оценка — субъективный процесс с межчитательской вариабельностью 10-30%.
Без формализованного QC дискордантные данные попадают в анализ, искажая оценку эффективности терапии.
Автоматизированная проверка гарантирует, что только согласованные и полные данные используются для принятия регуляторных решений.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Agreement OR Adjudication: Одно из двух ОБЯЗАТЕЛЬНО. Ни того ни другого = FAIL.
• All Measurements Present: Отсутствие хотя бы одного измерения = INCOMPLETE.
• Non-Target + New Lesions: Должны быть оценены обоими читателями. Пропуск = INCOMPLETE.
• Measurement Diff ≤20%: Превышение требует пересмотра, даже если категорический ответ совпадает.
• Criteria Compliance: Ответ должен соответствовать заявленным критериям (RECIST/RANO/Lugano).

Ключевые особенности утилиты:
• Шестипараметрическая проверка согласованности чтения
• Автоматическая детекция неразрешенной дискордантности
• Расчет расхождения измерений между читателями
• Классификация CONSISTENT / DISCORDANT / INCOMPLETE
• Соответствие FDA Imaging Guidance и CDISC

Критические параметры:
• Reader Agreement: True OR Adjudication Performed
• Target Lesion Measurements: Complete for both readers
• Non-Target Assessment: Both readers
• New Lesion Assessment: Both readers
• Sum Diameter Difference: ≤ Max Allowable %
• Target Lesion Count: ≥ Protocol Minimum

💡 Советы по использованию:
1. Charter: Убедитесь, что Imaging Charter утвержден до начала чтения.
2. Training: Все читатели должны пройти калибровку на тренировочных кейсах.
3. Арбитраж: Назначьте третьего независимого читателя для всех дискордантных случаев.
4. Query Management: Направляйте queries сайтам для недостающих измерений до database lock.
5. Тренды: Мониторьте % дискордантности по читателям и сайтам для выявления системных проблем.

⚠️ Примечание: Данная утилита проверяет КОНСИСТЕНТНОСТЬ и ПОЛНОТУ чтения, а не клиническую корректность оценки. Клиническая валидность определяется квалификацией читателя и соблюдением Imaging Charter.

input.csv

StudyID,PatientID,VisitTimepoint,Modality,AssessmentCriteria,Reader1_Response,Reader2_Response,ReadersAgree,AdjudicationPerformed,AdjudicatedResponse,TargetLesions_Count_R1,TargetLesions_Count_R2,ExpectedMinTargetLesions,AllMeasurementsPresent_R1,AllMeasurementsPresent_R2,NonTargetLesions_Assessed_R1,NonTargetLesions_Assessed_R2,NewLesions_Assessed_R1,NewLesions_Assessed_R2,SumDiameters_R1_mm,SumDiameters_R2_mm,MaxAllowableMeasurementDiff_Percent
ONCO-2026-01,SUBJ-001,Week 8,CT,RECIST 1.1,PR,PR,true,false,,3,3,1,true,true,true,true,true,true,45.2,47.8,20.0
ONCO-2026-01,SUBJ-002,Week 16,CT,RECIST 1.1,SD,PD,false,false,,2,3,1,true,false,true,true,true,true,62.0,78.5,20.0
ONCO-2026-01,SUBJ-003,Week 24,MRI,RANO,PR,SD,false,true,PR,2,2,1,true,true,true,true,true,true,28.0,31.5,20.0

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ImagingReviewConsistencyChecker для сценария Imaging Review Consistency Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • • Lesion Assessment: Проверка оценки нецелевых и новых поражений согласно применяемым критериям.
  • ⚠️ ВАЖНО:
  • • Расхождение суммарных диаметров >20% требует пересмотра даже при совпадении категориального ответа.
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • Measurement Diff ≤20%: Превышение требует пересмотра, даже если категорический ответ совпадает.
  • • Criteria Compliance: Ответ должен соответствовать заявленным критериям (RECIST/RANO/Lugano).
  • Критические параметры:
  • • Sum Diameter Difference: ≤ Max Allowable %
  • • Target Lesion Count: ≥ Protocol Minimum
  • ⚠️ Примечание: Данная утилита проверяет КОНСИСТЕНТНОСТЬ и ПОЛНОТУ чтения, а не клиническую корректность оценки. Клиническая валидность определяется квалификацией читателя и соблюдением Imaging Charter.

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для Imaging Review Consistency Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1StudyIDstring / controlled vocabularyONCO-2026-01Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
2PatientIDstring / controlled vocabularySUBJ-001Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3VisitTimepointstring / controlled vocabularyWeek 8Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
4Modalitystring / controlled vocabularyCTКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5AssessmentCriteriastring / controlled vocabularyRECIST 1.1Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6Reader1_Responsestring / controlled vocabularyPRКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7Reader2_Responsestring / controlled vocabularyPRКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8ReadersAgreestring / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
9AdjudicationPerformedstring / controlled vocabularyfalseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
10AdjudicatedResponsestring / controlled vocabularyКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
11TargetLesions_Count_R1integer / decimal3Счётный показатель; используется для микробиологического, частичного или клеточного контроля.
12TargetLesions_Count_R2integer / decimal3Счётный показатель; используется для микробиологического, частичного или клеточного контроля.
13ExpectedMinTargetLesionsdecimal1Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
14AllMeasurementsPresent_R1string / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
15AllMeasurementsPresent_R2string / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
16NonTargetLesions_Assessed_R1string / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
17NonTargetLesions_Assessed_R2string / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
18NewLesions_Assessed_R1string / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
19NewLesions_Assessed_R2string / controlled vocabularytrueКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
20SumDiameters_R1_mmdecimal45.2Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
21SumDiameters_R2_mmdecimal47.8Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
22MaxAllowableMeasurementDiff_Percentdecimal20.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
StudyID,PatientID,VisitTimepoint,Modality,AssessmentCriteria,Reader1_Response,Reader2_Response,ReadersAgree,AdjudicationPerformed,AdjudicatedResponse,TargetLesions_Count_R1,TargetLesions_Count_R2,ExpectedMinTargetLesions,AllMeasurementsPresent_R1,AllMeasurementsPresent_R2,NonTargetLesions_Assessed_R1,NonTargetLesions_Assessed_R2,NewLesions_Assessed_R1,NewLesions_Assessed_R2,SumDiameters_R1_mm,SumDiameters_R2_mm,MaxAllowableMeasurementDiff_Percent
ONCO-2026-01,SUBJ-001,Week 8,CT,RECIST 1.1,PR,PR,true,false,,3,3,1,true,true,true,true,true,true,45.2,47.8,20.0
ONCO-2026-01,SUBJ-002,Week 16,CT,RECIST 1.1,SD,PD,false,false,,2,3,1,true,false,true,true,true,true,62.0,78.5,20.0
ONCO-2026-01,SUBJ-003,Week 24,MRI,RANO,PR,SD,false,true,PR,2,2,1,true,true,true,true,true,true,28.0,31.5,20.0

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001StudyIDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002PatientIDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003VisitTimepointПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004ModalityПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005AssessmentCriteriaПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006Reader1_ResponseПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007Reader2_ResponseПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-008ReadersAgreeПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-009AdjudicationPerformedПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-010AdjudicatedResponseПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-011TargetLesions_Count_R1Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-012TargetLesions_Count_R2Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-013ExpectedMinTargetLesionsПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-014AllMeasurementsPresent_R1Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-015AllMeasurementsPresent_R2Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-016NonTargetLesions_Assessed_R1Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-017NonTargetLesions_Assessed_R2Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-018NewLesions_Assessed_R1Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-019NewLesions_Assessed_R2Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-020SumDiameters_R1_mmПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-021SumDiameters_R2_mmПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-022MaxAllowableMeasurementDiff_PercentПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для Imaging Review Consistency Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "imagingreviewconsistencychecker",
  "utilityFolder": "ImagingReviewConsistencyChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "StudyID",
      "value": "ONCO-2026-01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "SUBJ-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "VisitTimepoint",
      "value": "Week 8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "Modality",
      "value": "CT",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "AssessmentCriteria",
      "value": "RECIST 1.1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "Reader1_Response",
      "value": "PR",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "Reader2_Response",
      "value": "PR",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "ReadersAgree",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "AdjudicationPerformed",
      "value": "false",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "AdjudicatedResponse",
      "value": "",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "TargetLesions_Count_R1",
      "value": "3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "TargetLesions_Count_R2",
      "value": "3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ImagingReviewConsistencyChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть