Назначение

Определить пользовательские требования к автономной FUZKK-утилите, которая принимает CSV-файл лабораторных данных, выполняет проверку по зашитым в код правилам и формирует LabWare-compatible JSON.

Область применения

Утилита предназначена для предварительной QC/QA-оценки, интеграционного тестирования, LIMS/LabWare flow и подготовки evidence trail. Окончательное решение остаётся за валидированной процедурой лаборатории и ответственным персоналом.

Пользователи

QC analyst, QA reviewer, CSV/validation engineer, LIMS/LabWare integration engineer, responsible laboratory specialist.

Пользовательские требования

1. Утилита должна запускаться без параметров и выводить самоописание, пример input.csv из GetDemoData() и demo evaluation для встроенного набора данных.
2. Утилита должна запускаться с двумя параметрами: input.csv output.json.
3. Утилита не должна читать input.csv и не должна писать output.json при запуске без параметров.
4. CSV должен читаться с CultureInfo.InvariantCulture для числовых значений.
5. Результат должен формироваться в LabWare-compatible JSON с Header, Samples, Results, Status, StatusCode, ErrorMessage, Description и DescriptionEN.
6. При PASS поле ErrorMessage должно быть пустой строкой.
7. Зашитые лимиты должны следовать приоритету: Ph. Eur. → British Pharmacopoeia / UK implementation → ЕАЭС / региональные требования → EMA/ICH/EU guidance → USP fallback.
8. Если точная монография неизвестна, применяются строгие стандартные API-лимиты: Assay 98–102%, total impurities ≤1.0%, individual impurity ≤0.5%, если это применимо к типу утилиты.
9. Для биопрепаратов и mAb-like продуктов должны учитываться агрегаты, стерильность и эндотоксины, если такие параметры релевантны назначению утилиты.
10. Если параметр может приходить в разных единицах, единица должна быть отдельным входным полем или явно отражаться в имени поля input.csv.

Входной CSV

BatchNumber,ProductName,Aflatoxin_B1_ppb,Aflatoxin_B2_ppb,Aflatoxin_G1_ppb,Aflatoxin_G2_ppb,Ochratoxin_A_ppb,Zearalenone_ppb,Limit_Aflatoxins_Total_ppb,Limit_Ochratoxin_A_ppb
TCM-MYCO-2026-001,Panax Notoginseng Root,1.5,0.5,1.0,0.2,2.0,10.0,10.0,5.0
TCM-MYCO-2026-002,Licorice Root,0.2,0.1,0.1,0.0,1.5,5.0,10.0,5.0
TCM-MYCO-2026-003,Ginseng Powder,6.0,2.0,3.0,1.0,8.0,20.0,10.0,5.0

Поля input.csv

Описание утилиты

Herbal Mycotoxin Quantifier — Количественный анализ микотоксинов в лекарственных травах

Herbal Mycotoxin Quantifier — Количественный анализ микотоксинов в лекарственных травах

ℹ️ Утилита контролирует уровень опасных микотоксинов:
• Сумма афлатоксинов (B1, B2, G1, G2)
• Охратоксин А
• Зеараленон

⚠️ КРИТИЧНО: Микотоксины являются канцерогенами и нефротоксинами!
Поражение плесенью часто незаметно визуально.

Использование:
HerbalMycotoxinQuantifier.exe → демо-режим (вывод в консоль)
HerbalMycotoxinQuantifier.exe input.csv output.json → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ProductName,Aflatoxin_B1_ppb,Aflatoxin_B2_ppb,Aflatoxin_G1_ppb,Aflatoxin_G2_ppb,Ochratoxin_A_ppb,Zearalenone_ppb,Limit_Aflatoxins_Total_ppb,Limit_Ochratoxin_A_ppb

Пример:
TCM-MYCO-2026-001,Panax Notoginseng Root,1.5,0.5,1.0,0.2,2.0,10.0,10.0,5.0

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Контроль микотоксинов критичен для безопасности растительного сырья (Yunnan Baiyao, Tong Ren Tang):
• Травы подвержены поражению плесневыми грибами при неправильном хранении или сушке
• Афлатоксины (продуценты Aspergillus) являются сильными канцерогенами печени
• Охратоксин А вызывает поражение почек
• Зеараленон обладает эстрогенным действием
• Фармакопеи (ChP, USP, EP) устанавливают жесткие лимиты для каждой группы токсинов

⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Сумма афлатоксинов (B1+B2+G1+G2) ≤10 ppb (или ≤20 ppb в зависимости от сырья)
• Афлатоксин B1 отдельно ≤5 ppb (наиболее токсичный компонент)
• Охратоксин А ≤5-10 ppb
• Зеараленон ≤100 ppb
• Использование чувствительных методов (LC-MS/MS, HPLC-FLD) обязательно

Ключевые особенности утилиты:
• Автоматический расчет суммы афлатоксинов
• Проверка индивидуальных лимитов для каждого токсина
• Поддержка различных стандартов (ChP, USP, EP)
• Оценка риска для здоровья пациента

Критические параметры:
• Total Aflatoxins: ≤10 ppb
• Aflatoxin B1: ≤5 ppb
• Ochratoxin A: ≤5-10 ppb
• Zearalenone: ≤100 ppb

💡 Советы по использованию:
1. Отбирайте репрезентативные пробы, так как загрязнение может быть неравномерным ("горячие точки")
2. Используйте иммуноаффинную очистку перед анализом для снижения матричного эффекта
3. Контролируйте условия хранения сырья (влажность <60%, температура <20°C)
4. При положительных результатах проводите подтверждение на другом методе детекции
5. Ведите мониторинг поставщиков сырья с высоким риском плесневения (корни, плоды)

⚠️ Особенность: В отличие от пестицидов, которые попадают извне, микотоксины образуются внутри самого сырья в результате биологических процессов. Их удаление после образования практически невозможно, поэтому контроль на входе является единственной эффективной мерой защиты.

Трассируемость и ограничения

• URS используется как исходный документ для functional specification, CSV review и последующей CSV/validation работы.
• Документ не является заменой утверждённой фармакопейной монографии, валидированного метода или внутренней спецификации продукта.
• Для product-specific лимитов приоритет имеет утверждённая спецификация заказчика.

Функциональная спецификация описывает поведение автономной консольной утилиты FUZKK, формат входных данных, алгоритм оценки и структуру выходного JSON.

Функциональный поток

1. Main() проверяет количество аргументов.
2. Если аргументов нет: PrintHello() выводит описание и встроенный пример input.csv, затем RunDemoEvaluation() выполняет Evaluate() по GetDemoData() и печатает demo JSON.
3. Если передано два аргумента: RunWithFiles(input.csv, output.json) читает CSV, выполняет Evaluate() по каждой строке и записывает LabWare-compatible JSON.
4. LoadData() использует CultureInfo.InvariantCulture и не должен вызываться в no-args режиме.
5. Evaluate() возвращает именованный кортеж с BatchNumber, ProductName, Parameters, CriticalFailCount, WarningCount, Recommendation и RecommendationEN.
6. GetIssues() формирует сообщения для ErrorMessage при WARNING/FAIL.

Правила оценки

• PASS: CriticalFailCount = 0 и WarningCount = 0.
• WARNING: CriticalFailCount = 0 и WarningCount > 0.
• FAIL: CriticalFailCount > 0.
• ERROR: исключение при чтении или обработке данных.
• ErrorMessage остаётся пустым при PASS.
• Лимиты зашиты в Program.cs; внешняя конфигурация лимитов не требуется.

Ввод и поля

BatchNumber,ProductName,Aflatoxin_B1_ppb,Aflatoxin_B2_ppb,Aflatoxin_G1_ppb,Aflatoxin_G2_ppb,Ochratoxin_A_ppb,Zearalenone_ppb,Limit_Aflatoxins_Total_ppb,Limit_Ochratoxin_A_ppb
TCM-MYCO-2026-001,Panax Notoginseng Root,1.5,0.5,1.0,0.2,2.0,10.0,10.0,5.0
TCM-MYCO-2026-002,Licorice Root,0.2,0.1,0.1,0.0,1.5,5.0,10.0,5.0
TCM-MYCO-2026-003,Ginseng Powder,6.0,2.0,3.0,1.0,8.0,20.0,10.0,5.0

Выходной JSON

{
  "Header": {
    "UtilityName": "Herbal_Mycotoxin_Quantifier",
    "Version": "1.0.0",
    "Timestamp": "UTC",
    "InstrumentID": "FUZKK-QC-WORKSTATION",
    "OperatorID": "Admin"
  },
  "Samples": [
    {
      "SampleID": "from BatchNumber",
      "BatchNumber": "from CSV",
      "ProductName": "from CSV",
      "TestName": "utility-specific test",
      "AnalysisCode": "utility-specific code",
      "Status": "PASS | WARNING | FAIL | ERROR",
      "StatusCode": "1 | 2 | 0 | -1",
      "ErrorMessage": "",
      "Description": "Russian recommendation",
      "DescriptionEN": "English recommendation",
      "Results": [
        {
          "ParameterName": "parameter",
          "ResultValue": 0.0,
          "UnitOfMeasure": "unit",
          "SpecificationLimit": "limit",
          "IsWithinSpec": true
        }
      ]
    }
  ]
}