GermlineSomaticResultGateChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты GermlineSomaticResultGateChecker для сценария Germline/Somatic Result Gate Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Paired Normal Verification: Подтверждение наличия и использования парного нормального образца для соматических вызовов.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Вариант с gnomAD AF >1% практически никогда не является соматическим драйвером.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • VAF Diff ≥5%: Меньшая разница требует ручной проверки на LOH/subclonality.
• • gnomAD AF <0.01: Для соматических вызовов. Превышение = вероятный герминальный вариант.
• Критические параметры:
• • VAF Differential: ≥ Min Threshold
• • gnomAD AF: < Max Threshold (for somatic)
• 1. Парные образцы: Всегда собирайте нормальную ткань/кровь одновременно с опухолью.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

PatientID,TumorSampleID,NormalSampleID,PairedNormalAvailable,VariantClassification,TumorVAF_Percent,NormalVAF_Percent,MinSomaticVAF_Diff,GnomAD_AF,MaxGermline_GnomAD_AF,HasLOH_Flag,HasClonalHematopoiesis_Flag,SomaticSignificance_Annotated,GermlinePathogenicity_Annotated,DiscordantClassification,ReviewerNotes
PAT-2026-001,T-001,N-001,true,Somatic,32.5,0.0,5.0,0.00001,0.01,false,false,true,false,false,
PAT-2026-001,T-001,N-001,true,Germline,48.0,50.2,5.0,0.0003,0.01,false,false,false,true,false,
PAT-2026-002,T-002,,false,Somatic,12.0,0.0,5.0,0.005,0.01,false,false,false,false,true,No normal available

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "germlinesomaticresultgatechecker",
  "utilityFolder": "GermlineSomaticResultGateChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "TumorSampleID",
      "value": "T-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "NormalSampleID",
      "value": "N-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "PairedNormalAvailable",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "VariantClassification",
      "value": "Somatic",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "TumorVAF_Percent",
      "value": "32.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "NormalVAF_Percent",
      "value": "0.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MinSomaticVAF_Diff",
      "value": "5.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "GnomAD_AF",
      "value": "0.00001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MaxGermline_GnomAD_AF",
      "value": "0.01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "HasLOH_Flag",
      "value": "false",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "HasClonalHematopoiesis_Flag",
      "value": "false",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "GermlineSomaticResultGateChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.