FMDVaccinePotencyAssayReviewer

FMD Vaccine Potency Assay

Vet veterinary veterinary vaccines animal health adjuvants aquaculture batch release CSV→JSON
Открыть подборку

Описание утилиты: FMD Vaccine Potency Assay

FMD Vaccine Potency Assay Reviewer — Ревью теста на потенцию вакцины против ящура

ℹ️  Утилита выполняет автоматическую проверку критериев приемлемости для тестов на потенцию вакцин против ящура (FMD) согласно Ph. Eur. 2.7.16 и стандартам WOAH:
     • Валидность анализа: Проверка коэффициента детерминации (R²) стандартной кривой и титра контрольной сыворотки.
     • Контроль заражения: Подтверждение того, что контрольные животные были восприимчивы к вирусу.
     • Расчет потенции: Определение дозы PD50 (доза, защищающая 50% животных) и сравнение с минимальным требованием (обычно ≥ 3.0 PD50).
     • Серотип-специфичность: Раздельный анализ для серотипов O, A, Asia1 и других.

⚠️  ВАЖНО: 
     • Тест на потенцию FMD является сложным биологическим assay, требующим строгого соблюдения условий вивария.
     • Невалидный контроль заражения делает весь тест непригодным для оценки, независимо от результатов вакцины.

Использование:
  FMDVaccinePotencyAssayReviewer.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  FMDVaccinePotencyAssayReviewer.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,Serotype,StdCurve_Slope,StdCurve_R2,ControlSerum_Titer_Log10,MinControlTiter_Limit,Vaccine_PD50_Dose,MinPD50_Requirement

Пример:
  FMD-001,O,-1.1,0.98,2.1,1.7,4.5,3.0

📍 Область применения (Usage Where):
     • Производство ветеринарных вакцин: Выпуск серий вакцин против ящура.
     • Государственный контроль качества: Инспекционные испытания в референс-лабораториях.
     • Разработка вакцин: Оптимизация состава антигена и адъюванта.
     • Регуляторное досье: Подготовка данных для регистрации препаратов.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Эффективность вакцины против ящура критически важна для предотвращения эпидемий.
Автоматизированный ревью исключает ошибки в расчетах статистических параметров (Probit analysis) и гарантирует, что только высокоиммуногенные серии поступают на рынок.
Это соответствует принципам GLP и требованиям международной торговли животными.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• R² Стандартной кривой: Должен быть ≥ 0.90 для обеспечения точности интерполяции.
• Control Serum: Титр должен находиться в исторически установленном диапазоне, подтверждая реактивы.
• PD50 Limit: Для КРС минимум обычно 3.0 PD50, для свиней требования могут отличаться.
• Challenge Control: 100% заболеваемость в контрольной группе обязательна для валидности теста.

Ключевые особенности утилиты:
• Автоматическая проверка системной пригодности (System Suitability)
• Расчет статуса валидности теста (Valid/Invalid)
• Сравнение полученной потенции с нормативными требованиями
• Поддержка множественных серотипов
• Генерация отчетов для интеграции с LIMS

Критические параметры:
• Std Curve R²: ≥ 0.90
• Control Serum Titer: В установленных пределах
• Vaccine PD50: ≥ 3.0 (или по спецификации)
• Challenge Validity: True

💡 Советы по использованию:
1. Статистика: Используйте специализированное ПО (например, CombiStats) для первичного расчета PD50, а эту утилиту для ревью.
2. Архивные данные: Сравнивайте текущие титры контролей с историческими данными лаборатории.
3. Биобезопасность: Все работы с живым вирусом проводятся в условиях BSL-3/4.
4. Альтернативные методы: Рассмотрите возможность использования in vitro тестов (146S ELISA) как скрининга.
5. Документирование: Сохраняйте отчеты как часть протокола испытания.

⚠️ Примечание: Данная утилита проверяет корректность данных и соответствие спецификациям. Она не заменяет экспертную оценку патологоанатома и вирусолога при проведении испытаний на животных.

input.csv

BatchNumber,Serotype,StdCurve_Slope,StdCurve_R2,ControlSerum_Titer_Log10,MinControlTiter_Limit,Vaccine_PD50_Dose,MinPD50_Requirement
FMD-2026-O-001,O,-1.1,0.98,2.1,1.7,4.5,3.0
FMD-2026-A-002,A,-0.9,0.85,1.9,1.7,2.8,3.0
FMD-2026-Asia1-003,Asia1,-1.05,0.95,2.3,1.7,5.1,3.0

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты FMDVaccinePotencyAssayReviewer для сценария FMD Vaccine Potency Assay Reviewer.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • FMD Vaccine Potency Assay Reviewer — Ревью теста на потенцию вакцины против ящура
  • ℹ️ Утилита выполняет автоматическую проверку критериев приемлемости для тестов на потенцию вакцин против ящура (FMD) согласно Ph. Eur. 2.7.16 и стандартам WOAH:
  • • Расчет потенции: Определение дозы PD50 (доза, защищающая 50% животных) и сравнение с минимальным требованием (обычно ≥ 3.0 PD50).
  • ⚠️ ВАЖНО:
  • FMDVaccinePotencyAssayReviewer.exe → демо-режим (вывод в консоль)
  • FMDVaccinePotencyAssayReviewer.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
  • BatchNumber,Serotype,StdCurve_Slope,StdCurve_R2,ControlSerum_Titer_Log10,MinControlTiter_Limit,Vaccine_PD50_Dose,MinPD50_Requirement
  • Эффективность вакцины против ящура критически важна для предотвращения эпидемий.
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • R² Стандартной кривой: Должен быть ≥ 0.90 для обеспечения точности интерполяции.
  • • PD50 Limit: Для КРС минимум обычно 3.0 PD50, для свиней требования могут отличаться.
  • • Сравнение полученной потенции с нормативными требованиями
  • Критические параметры:
  • • Std Curve R²: ≥ 0.90
  • • Control Serum Titer: В установленных пределах
  • • Vaccine PD50: ≥ 3.0 (или по спецификации)

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для FMD Vaccine Potency Assay Reviewer с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1BatchNumberstring / controlled vocabularyFMD-2026-O-001Идентификатор серии/партии для трассируемости.
2Serotypestring / controlled vocabularyOКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3StdCurve_Slopedecimal-1.1Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
4StdCurve_R2decimal0.98Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5ControlSerum_Titer_Log10string / controlled vocabulary2.1Контрольная точка/контрольный образец для валидности серии анализа.
6MinControlTiter_Limitdecimal1.7Контрольная точка/контрольный образец для валидности серии анализа.
7Vaccine_PD50_Dosedecimal4.5Доза/дозировочная единица; параметр выпуска и безопасности.
8MinPD50_Requirementdecimal3.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
BatchNumber,Serotype,StdCurve_Slope,StdCurve_R2,ControlSerum_Titer_Log10,MinControlTiter_Limit,Vaccine_PD50_Dose,MinPD50_Requirement
FMD-2026-O-001,O,-1.1,0.98,2.1,1.7,4.5,3.0
FMD-2026-A-002,A,-0.9,0.85,1.9,1.7,2.8,3.0
FMD-2026-Asia1-003,Asia1,-1.05,0.95,2.3,1.7,5.1,3.0

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001BatchNumberПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002SerotypeПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003StdCurve_SlopeПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004StdCurve_R2Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005ControlSerum_Titer_Log10Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006MinControlTiter_LimitПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007Vaccine_PD50_DoseПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-008MinPD50_RequirementПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для FMD Vaccine Potency Assay Reviewer, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "fmdvaccinepotencyassayreviewer",
  "utilityFolder": "FMDVaccinePotencyAssayReviewer",
  "package": "Vet",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "BatchNumber",
      "value": "FMD-2026-O-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "Serotype",
      "value": "O",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "StdCurve_Slope",
      "value": "-1.1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "StdCurve_R2",
      "value": "0.98",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "ControlSerum_Titer_Log10",
      "value": "2.1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MinControlTiter_Limit",
      "value": "1.7",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "Vaccine_PD50_Dose",
      "value": "4.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MinPD50_Requirement",
      "value": "3.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "FMDVaccinePotencyAssayReviewer.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Vet — ветеринарные QC утилиты

Пакет Vet предназначен для ветеринарной фармацевтики и вакцин: адъюванты, антигены, аутогенные вакцины, аквакультура, корма/премиксы, антибактериальные и паразитарные препараты, стерильность и выпуск серии.

Открыть