Fluorat_Porphyrin_Checker

Fluorat Porphyrin Checker

Lumex QC URS & FS input.csv output.json rule-based LIMS-ready fluorimetry
Открыть подборку

Описание утилиты: Fluorat Porphyrin Checker

Fluorat Porphyrin Checker — Контроль порфиринов и предшественников

ℹ️  Утилита проверяет уровни порфиринов и их предшественников в биологических жидкостях:
    • Уропорфирин (Uroporphyrin)
    • Копропорфирин (Coproporphyrin)
    • Протопорфирин (Protoporphyrin)
    • Дельта-аминолевулиновая кислота (ALA)
    • Порфобилиноген (PBG)

⚠️  ВАЖНО: Повышение уровня порфиринов — диагностический маркер порфирий или отравления тяжёлыми металлами (особенно свинцом, который ингибирует ферменты синтеза гема).
    Метод анализа: ВЭЖХ с флуориметрическим детектором (HPLC-FLD) является золотым стандартом специфичности.

Использование:
  Fluorat_Porphyrin_Checker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  Fluorat_Porphyrin_Checker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,Uroporphyrin_nmol_L,Coproporphyrin_nmol_L,Protoporphyrin_nmol_L,ALA_umol_L,PBG_umol_L,SampleMatrix,pH

Пример (Urine):
  POR-URINE-2026-001,15.0,80.0,0.5,20.0,5.0,Urine,6.5

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Порфирины — пигменты, участвующие в синтезе гема. Нарушения метаболизма приводят к накоплению токсичных промежуточных продуктов.
• Диагностика острых и кожных порфирий.
• Мониторинг пациентов с заболеваниями печени.
• Токсикологический скрининг (отравление свинцом, ртутью).

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• PBG и ALA резко повышены при острых печеночных порфириях (например, острая интермиттирующая порфирия).
• Уропорфирин и Копропорфирин повышены при порфирии поздней кожи (PCT) и отравлении свинцом.
• Протопорфирин повышается при протопорфирии и дефиците железа.
• Образцы должны быть защищены от света (порфирины фоторазлагаются).

Ключевые особенности утилиты:
• Комплексная оценка пути биосинтеза гема.
• Разделение лимитов для мочи и плазмы (демо-режим).
• Контроль pH样本 (важен для стабильности ALA/PBG).
• Совместимость с LIMS LabWare.

Критические параметры (Референсные значения для мочи, примерные):
• Uroporphyrin: ≤ 30.0 nmol/L
• Coproporphyrin: ≤ 150.0 nmol/L
• Protoporphyrin: ≤ 2.0 nmol/L
• ALA: ≤ 35.0 umol/L
• PBG: ≤ 10.0 umol/L

💡 Советы по использованию:
1. Сбор мочи должен проводиться в темную посуду с консервантом (например, карбонат натрия) для стабилизации PBG.
2. Избегайте воздействия прямого солнечного света на образцы.
3. Для подтверждения диагноза используйте количественный анализ ферментов эритроцитов.
4. Отравление свинцом характеризуется повышением ALA и Копропорфирина III, но нормальным PBG.

⚠️ Особенность: Флуоресценция порфиринов сильно зависит от pH и растворителя. Метод ВЭЖХ позволяет разделить изомеры (I и III), что критично для дифференциальной диагностики.

input.csv

BatchNumber,Uroporphyrin_nmol_L,Coproporphyrin_nmol_L,Protoporphyrin_nmol_L,ALA_umol_L,PBG_umol_L,SampleMatrix,pH
POR-URINE-2026-001,15.0,80.0,0.5,20.0,5.0,Urine,6.5
POR-PLASMA-2026-002,5.0,10.0,0.5,8.0,2.0,Plasma,7.4

URS & FS — спецификация пользовательских требований и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс, валидационное поведение и ожидаемые результаты утилиты Fluorat_Porphyrin_Checker. Документ предназначен для включения в папку утилиты рядом с input.csv и файлом описания. Предполагаемый исполняемый файл: Fluorat_Porphyrin_Checker.exe.

Назначение: утилита выполняет детерминированную проверку входных QC-данных по утверждённым пределам, формирует машинно-читаемый output.json и поддерживает review в QC/QA, интеграцию с LIMS/ELN/MES и подготовку CSV/CSA-пакета.

Область применения

Класс утилитыФлуориметрия / Флюорат
Основной объект/методКонтроль порфиринов и предшественников
Входinput.csv с фиксированным заголовком и контролируемыми типами данных.
Выходoutput.json со статусами PASS, WARNING, FAIL, перечнем проверок и критическими находками.
ИсключенияУтилита не заменяет утверждённую спецификацию, методику анализа, расследование OOS/OOT и решение Qualified Person / QA о выпуске.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье, актуальной фармакопейной редакцией и локальными SOP.
  • • Уропорфирин (Uroporphyrin)
  • • Копропорфирин (Coproporphyrin)
  • • Протопорфирин (Protoporphyrin)
  • • Дельта-аминолевулиновая кислота (ALA)
  • • Порфобилиноген (PBG)
  • ⚠️ ВАЖНО: Повышение уровня порфиринов — диагностический маркер порфирий или отравления тяжёлыми металлами (особенно свинцом, который ингибирует ферменты синтеза гема).
  • Fluorat_Porphyrin_Checker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
  • Формат input.csv:
  • BatchNumber,Uroporphyrin_nmol_L,Coproporphyrin_nmol_L,Protoporphyrin_nmol_L,ALA_umol_L,PBG_umol_L,SampleMatrix,pH
  • • Диагностика острых и кожных порфирий.
  • • Мониторинг пациентов с заболеваниями печени.
  • • Токсикологический скрининг (отравление свинцом, ртутью).
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • PBG и ALA резко повышены при острых печеночных порфириях (например, острая интермиттирующая порфирия).
  • • Уропорфирин и Копропорфирин повышены при порфирии поздней кожи (PCT) и отравлении свинцом.
  • • Протопорфирин повышается при протопорфирии и дефиците железа.

Фармакопейные и нормативные ссылки, найденные в описании

#ИсточникПримечание
1eMaИспользуется как указание на источник/контекст метода; перед внедрением требуется сверка с актуальной редакцией.

Производственный поток данных

ШагОтветственный объектОписаниеКонтроль
1LIMS/ELN/MES или аналитик QCФормирует input.csv с результатами измерений и идентификатором серии.Проверка заголовков, обязательных полей и единиц измерения.
2Fluorat_Porphyrin_CheckerЗагружает CSV, выполняет приведение типов, применяет предметные правила и формирует результат.Детерминированные правила, отсутствие ML/эвристического решения о соответствии.
3QC reviewer / QAПроверяет output.json, предупреждения, критические отклонения и исходные значения.Review, расследование отклонений, сохранение следа данных.
4Архив / eQMSСохраняет вход, выход, версию утилиты, документацию и контрольную сумму.Data integrity: ALCOA+, воспроизводимость, change control.

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна поставляться с документацией Fluorat_Porphyrin_Checker.documentation.html в той же папке, где находится описание и пример input.csv.MediumФайл документации присутствует в папке Fluorat_Porphyrin_Checker и открывается локально в браузере.
URS-002Утилита должна принимать input.csv с точными заголовками, определёнными в контракте данных.HighCSV с корректным заголовком обрабатывается без ручного редактирования.
URS-003Утилита должна проверять наличие обязательных полей, количество колонок, типы данных и базовую правдоподобность значений.HighОшибки схемы и преобразования явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна выполнять оценку по утверждённым пределам для каждого критического и некритического QC-параметра.HighКаждый проверяемый параметр получает статус и пояснение.
URS-005Утилита должна формировать итоговый статус серии/строки: PASS, WARNING или FAIL.HighКритическое отклонение приводит к FAIL; некритическое — к WARNING.
URS-006Утилита должна формировать output.json, пригодный для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.HighJSON содержит исходные значения, правила, статусы, предупреждения и критические находки.
URS-007Утилита должна сохранять трассируемость между идентификатором серии, входными значениями, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВ выходе есть идентификатор серии/строки и перечень проверенных параметров.
URS-008Утилита не должна использовать машинное обучение или вероятностную интерпретацию для решения о соответствии.MediumРезультат воспроизводим и основан на явных правилах, порогах и входных значениях.
URS-009Утилита должна быть пригодна для запуска в CLI-сценарии: Fluorat_Porphyrin_Checker.exe input.csv output.json.HighПри корректных аргументах создаётся output.json; при ошибке возвращается диагностическое сообщение.
URS-010Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ или эквивалентной CSV/CSA-проверки.MediumДокумент содержит URS, FS, CSV-контракт, правила, тестовые сценарии и traceability.
URS-011Утилита должна разделять ошибки данных, предупреждения метода и критические отказы спецификации.HighВ output.json доступны отдельные коллекции/поля для errors, warnings, critical findings.
URS-012Утилита должна поддерживать архивирование входа и выхода без изменения данных.Mediuminput.csv и output.json могут быть сохранены как часть записи серии или OQ/PQ-доказательства.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1BatchNumberstringPOR-URINE-2026-001Идентификатор серии/партии для трассируемости.
2Uroporphyrin_nmol_Ldecimal15.0pH раствора; параметр стабильности, совместимости и применения.
3Coproporphyrin_nmol_Ldecimal80.0pH раствора; параметр стабильности, совместимости и применения.
4Protoporphyrin_nmol_Ldecimal0.5pH раствора; параметр стабильности, совместимости и применения.
5ALA_umol_Ldecimal20.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6PBG_umol_Ldecimal5.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7SampleMatrixstringUrineКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8pHdecimal6.5pH раствора; параметр стабильности, совместимости и применения.
BatchNumber,Uroporphyrin_nmol_L,Coproporphyrin_nmol_L,Protoporphyrin_nmol_L,ALA_umol_L,PBG_umol_L,SampleMatrix,pH
POR-URINE-2026-001,15.0,80.0,0.5,20.0,5.0,Urine,6.5
POR-PLASMA-2026-002,5.0,10.0,0.5,8.0,2.0,Plasma,7.4

Правила валидации входных данных

IDПолеТипПроверкаКритичность
VR-001BatchNumberstringне пусто; уникально в пределах файла, если применимоMedium
VR-002Uroporphyrin_nmol_Ldecimalпреобразуется как invariant decimal; конечное значение; без NaN/Infinity; оценка относительно утверждённого числового пределаHigh
VR-003Coproporphyrin_nmol_Ldecimalпреобразуется как invariant decimal; конечное значение; без NaN/Infinity; оценка относительно утверждённого числового пределаHigh
VR-004Protoporphyrin_nmol_Ldecimalпреобразуется как invariant decimal; конечное значение; без NaN/Infinity; оценка относительно утверждённого числового пределаHigh
VR-005ALA_umol_Ldecimalпреобразуется как invariant decimal; конечное значение; без NaN/Infinity; оценка относительно утверждённого числового пределаMedium
VR-006PBG_umol_Ldecimalпреобразуется как invariant decimal; конечное значение; без NaN/Infinity; оценка относительно утверждённого числового пределаMedium
VR-007SampleMatrixstringне пусто для обязательного поляMedium
VR-008pHdecimalпреобразуется как invariant decimal; конечное значение; без NaN/Infinity; оценка относительно утверждённого интервала pHHigh

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализацияСвязь с URS
FS-001Локальная HTML-документацияПредоставить двуязычный файл Fluorat_Porphyrin_Checker.documentation.html с переключателем RU/EN, исходным описанием, URS, FS, контрактами и тестами.URS-001, URS-010
FS-002CSV importСчитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, определить строку заголовка и записи данных.URS-002, URS-009
FS-003Schema validationСравнить фактические колонки с ожидаемым контрактом; отсутствующие ключевые поля фиксировать как ошибку схемы.URS-002, URS-003
FS-004Type conversionПреобразовать decimal, flag/boolean и controlled string. Некорректные значения фиксировать на уровне строки и поля.URS-003
FS-005Domain rule engineПрименить правила для объекта/метода Fluorat Porphyrin Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.URS-004, URS-008
FS-006Status aggregationАгрегировать статусы параметров: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.URS-005, URS-011
FS-007JSON exportЗаписать output.json с идентификатором утилиты, исходными значениями, результатами проверок, warnings и critical findings.URS-006, URS-007
FS-008Error handlingРазделить ошибки запуска, ошибки схемы, ошибки преобразования и ошибки предметных пределов.URS-003, URS-011
FS-009Audit supportОбеспечить структуру результата, пригодную для review, расследования OOS/OOT, повторного расчёта и инспекционного обсуждения.URS-007, URS-012
FS-010Integration contractПоддерживать стандартный сценарий: LIMS/ELN/MES создаёт input.csv, утилита возвращает output.json, портал отображает описание и документацию.URS-006, URS-009
FS-011Configuration/change controlЛюбое изменение пределов, имён колонок или логики правил требует версии, review, регрессионных тестов и обновления документации.URS-010, URS-012
FS-012Data integrityНе изменять исходный input.csv; результаты сохранять отдельно в output.json с возможностью архивирования.URS-007, URS-012

Пример структуры output.json

{
  "utilityId": "fluorat-porphyrin-checker",
  "utilityName": "Fluorat_Porphyrin_Checker",
  "object": "Fluorat Porphyrin Checker",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "recordCount": 2,
  "checks": [
    {
      "parameter": "BatchNumber",
      "value": "POR-URINE-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-001"
    },
    {
      "parameter": "Uroporphyrin_nmol_L",
      "value": "15.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-002"
    },
    {
      "parameter": "Coproporphyrin_nmol_L",
      "value": "80.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-003"
    },
    {
      "parameter": "Protoporphyrin_nmol_L",
      "value": "0.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-004"
    },
    {
      "parameter": "ALA_umol_L",
      "value": "20.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-005"
    },
    {
      "parameter": "PBG_umol_L",
      "value": "5.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-006"
    },
    {
      "parameter": "SampleMatrix",
      "value": "Urine",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-007"
    },
    {
      "parameter": "pH",
      "value": "6.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Rule-based check result",
      "ruleReference": "VR-008"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "metadata": {
    "executionMode": "CLI",
    "interface": "CSV to JSON",
    "documentationFile": "Fluorat_Porphyrin_Checker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассировки URS → FS → OQ/PQ

URSFSПроверкаОжидаемый результат
URS-001FS-001Проверить наличие файла Fluorat_Porphyrin_Checker.documentation.html в папке утилиты.Файл присутствует, открывается, RU/EN переключатель работает.
URS-002/003FS-002/003/004Запустить утилиту с корректным CSV, CSV без обязательной колонки и CSV с неверным типом.Корректный CSV обработан; ошибки схемы и типа явно указаны.
URS-004/005FS-005/006Передать значения в пределах, на предупредительном уровне и за критическим пределом.Получены PASS, WARNING, FAIL согласно правилам.
URS-006/007FS-007/009/012Проверить структуру output.json и трассируемость серии.JSON содержит идентификатор серии, значения, правила, статусы и critical findings.
URS-008FS-005Повторить запуск с тем же input.csv.Результат идентичен; нет вероятностного поведения.
URS-009/010/012FS-010/011/012Выполнить CLI-сценарий и архивировать вход/выход/версию.Артефакты пригодны для OQ/PQ и change-control записи.

OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийВходные данныеОжидаемый результат
OQ-001Позитивный путьCSV из примера с валидными значениями.output.json создан; итоговый статус PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Отсутствует обязательная колонкаУдалить один ключевой столбец из заголовка.Ошибка схемы; строка не должна считаться прошедшей проверку.
OQ-003Некорректный типВ числовое поле внести текстовое значение.Ошибка преобразования типа с указанием поля и строки.
OQ-004Критический пределЗначение критического параметра вне утверждённого предела.FAIL и запись в criticalFindings.
OQ-005ПредупреждениеНекритическое отклонение или неизвестная контролируемая категория.WARNING без сокрытия исходного значения.
PQ-001Реальная серия пользователяРеальный input.csv из QC-процесса.Согласованный review с сохранением input.csv, output.json, версии и контрольной суммы.

QA/QC, CSV/CSA и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, тестового набора и документации.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла, контрольную сумму и копию документации.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную риск-ориентированную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть утверждены владельцем процесса и сверены с регистрационным досье, фармакопеей и локальными SOP.
  • Любое изменение правил, порогов или интерпретации статусов должно проходить через change control и регрессионные тесты.

Входит в пакеты

Lumex QC Suite

Единый пакет Lumex, объединяющий исходные Lumex и Lumex2: инструментальный и общий фармацевтический QC, AAS/ICP, CE, HPLC, NIR/PAT, стабильность, растворение, однородность дозирования, системная пригодность и статистический контроль.

Открыть