ExtracellularVesicleIsolationChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ExtracellularVesicleIsolationChecker для сценария Extracellular Vesicle Isolation Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• Extracellular Vesicle Isolation Checker — Контроль качества выделения внеклеточных везикул
• • Purity Ratio: Соотношение частиц к белку — ключевая метрика специфичности изоляции.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • Для протеомики требуется чистота ≥1×10⁸ частиц/мкг белка; для RNA-seq допустимо ниже.
• ExtracellularVesicleIsolationChecker.exe → демо-режим (вывод в консоль)
• ExtracellularVesicleIsolationChecker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
• SampleID,IsolationMethod,BiofluidSource,InputVolume_mL,ParticleYield_per_mL_input,MinExpectedYield,ProteinContamination_ug_per_mL_input,MaxProteinContamination,ParticlesPerUgProtein,MinParticlesPerUgProtein,AlbuminRemoval_Percent,MinAlbuminRemoval,LipoproteinContamination_Score,MaxLipoproteinScore,NucleicAcidContamination_ng_mL,MaxNucleicAcidContamination,ReplicateCV_Percent,MaxReplicateCV,MethodValidatedForSource
• Качество изоляции определяет все последующие результаты.
• Данная утилита формализует критерии MISEV2023 в автоматизированную проверку.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Purity Ratio ≥1×10⁸: Базовый порог для proteomics/RNA-seq.
• • Albumin Removal ≥95%: Ниже этого уровня препарат загрязнен плазменными белками.
• • Lipoprotein Score ≤3: Высокий балл указывает на необходимость дополнительной очистки.
• • Replicate CV ≤25%: Высокая вариабельность требует оптимизации протокола.
• Критические параметры:
• • Particle Yield: ≥ Min Expected
• • Purity Ratio: ≥ 1×10⁸ particles/µg protein
• • Albumin Removal: ≥ 95%

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,IsolationMethod,BiofluidSource,InputVolume_mL,ParticleYield_per_mL_input,MinExpectedYield,ProteinContamination_ug_per_mL_input,MaxProteinContamination,ParticlesPerUgProtein,MinParticlesPerUgProtein,AlbuminRemoval_Percent,MinAlbuminRemoval,LipoproteinContamination_Score,MaxLipoproteinScore,NucleicAcidContamination_ng_mL,MaxNucleicAcidContamination,ReplicateCV_Percent,MaxReplicateCV,MethodValidatedForSource
EV-ISO-2026-001,SEC,Plasma,1.0,3.2E10,1E8,85,500,3.8E8,1E8,98.5,95.0,1.5,3.0,12,50,12.0,25.0,true
EV-ISO-2026-002,Precipitation,Serum,0.5,8.5E10,1E8,1200,500,7.1E7,1E8,72.0,95.0,7.5,3.0,180,50,35.0,25.0,false
EV-ISO-2026-003,Immunoaffinity,Urine,5.0,1.5E9,1E8,25,500,6.0E7,1E8,99.2,95.0,0.5,3.0,8,50,18.0,25.0,true

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "extracellularvesicleisolationchecker",
  "utilityFolder": "ExtracellularVesicleIsolationChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "EV-ISO-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "IsolationMethod",
      "value": "SEC",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "BiofluidSource",
      "value": "Plasma",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "InputVolume_mL",
      "value": "1.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "ParticleYield_per_mL_input",
      "value": "3.2E10",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MinExpectedYield",
      "value": "1E8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "ProteinContamination_ug_per_mL_input",
      "value": "85",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MaxProteinContamination",
      "value": "500",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ParticlesPerUgProtein",
      "value": "3.8E8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MinParticlesPerUgProtein",
      "value": "1E8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "AlbuminRemoval_Percent",
      "value": "98.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "MinAlbuminRemoval",
      "value": "95.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ExtracellularVesicleIsolationChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.