ExosomeSampleQcChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ExosomeSampleQcChecker для сценария Exosome Sample QC Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Молекулярная идентификация: Наличие ≥2 позитивных маркеров экзосом (CD63, CD81, TSG101).
• ⚠️ ВАЖНО:
• SampleID,IsolationMethod,BiofluidSource,ParticleConcentration_per_mL,MinParticleConcentration,MeanDiameter_nm,MinDiameter_nm,MaxDiameter_nm,PDI,MaxPDI,ProteinConcentration_ug_mL,ParticlesPerUgProtein,MinParticlesPerUgProtein,PositiveMarker_CD63,PositiveMarker_CD81,PositiveMarker_TSG101,NegativeMarker_Calnexin,NegativeMarker_GM130,MembraneIntegrity_Percent,MinMembraneIntegrity
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Positive Markers ≥2/3: Обязательное требование MISEV2023 для идентификации.
• • Purity Ratio ≥1×10⁸: Низкое соотношение указывает на преобладание белка над везикулами.
• • PDI ≤0.3: Высокий PDI означает гетерогенную смесь, требующую дополнительной очистки.
• • Интеграция физических и молекулярных критериев
• Критические параметры:
• • PDI: ≤ 0.3
• • Purity Ratio: ≥ 1×10⁸ particles/µg protein
• • Positive Markers: ≥ 2 of 3 (CD63, CD81, TSG101)
• • Membrane Integrity: ≥ 70%
• ⚠️ Примечание: Данная утилита реализует минимальные требования MISEV2023. Для терапевтических применений могут потребоваться дополнительные тесты (стерильность, эндотоксины, функциональная активность).

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,IsolationMethod,BiofluidSource,ParticleConcentration_per_mL,MinParticleConcentration,MeanDiameter_nm,MinDiameter_nm,MaxDiameter_nm,PDI,MaxPDI,ProteinConcentration_ug_mL,ParticlesPerUgProtein,MinParticlesPerUgProtein,PositiveMarker_CD63,PositiveMarker_CD81,PositiveMarker_TSG101,NegativeMarker_Calnexin,NegativeMarker_GM130,MembraneIntegrity_Percent,MinMembraneIntegrity
EXO-2026-001,SEC,Plasma,2.5E10,1E8,95,30,150,0.18,0.3,120,2.1E8,1E8,true,true,true,false,false,92,70
EXO-2026-002,Precipitation,Serum,5.0E9,1E8,185,30,150,0.45,0.3,850,5.9E6,1E8,true,false,true,true,false,65,70
EXO-2026-003,Immunoaffinity,Urine,1.2E9,1E8,110,30,150,0.22,0.3,45,2.7E7,1E8,true,true,false,false,false,88,70

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "exosomesampleqcchecker",
  "utilityFolder": "ExosomeSampleQcChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "EXO-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "IsolationMethod",
      "value": "SEC",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "BiofluidSource",
      "value": "Plasma",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "ParticleConcentration_per_mL",
      "value": "2.5E10",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "MinParticleConcentration",
      "value": "1E8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MeanDiameter_nm",
      "value": "95",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "MinDiameter_nm",
      "value": "30",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MaxDiameter_nm",
      "value": "150",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "PDI",
      "value": "0.18",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MaxPDI",
      "value": "0.3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "ProteinConcentration_ug_mL",
      "value": "120",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "ParticlesPerUgProtein",
      "value": "2.1E8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ExosomeSampleQcChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.