DdpcrMutationQuantificationChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты DdpcrMutationQuantificationChecker для сценария Ddpcr Mutation Quantification Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • NTC Purity: Контроль отсутствия ложноположительных сигналов в негативных контролях.
• • Poisson Compliance: Верификация применимости распределения Пуассона к данным.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • При <3 позитивных каплях результат находится в зоне стохастической неопределенности.
• ddPCR работает на пределе чувствительности, где каждый позитивный сигнал имеет значение.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • NTC Contamination: >Max positives = INVALID. Все результаты под вопросом.
• • Replicate CV: >25% при >10 позитивных каплях указывает на проблему пипетирования или гомогенизации.
• • CI Width: Ширина >50% от значения = низкая уверенность, требуется больше капель или концентрация пробы.
• • Zero Positives: «Not Detected» валиден только при достаточном общем числе капель (>10 000).
• Критические параметры:
• • Positive Droplets: ≥3 for reliable detection
• • NTC Positives: ≤ Max allowed
• • Replicate CV: ≤ 25%
• • 95% CI Width: ≤ 50% of measured value
• 1. LOQ Establishment: Устанавливайте LOQ на основе серии разведений с CV≤25% и ≥95% детекции.
• 4. Reporting: Для результатов ниже LOQ указывайте «Detected, <LOQ» вместо конкретного числа.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

SampleID,MutationTarget,PositiveDroplets,NegativeDroplets,TotalAcceptedDroplets,MeasuredConcentration_copies_uL,DilutionFactor,FinalConcentration_copies_mL,VAF_Percent,LOD_copies_mL,LOQ_copies_mL,NTC_PositiveDroplets,MaxNTC_Positives,ReplicateCV_Percent,MaxReplicateCV_Percent,LowerCI_95,UpperCI_95
LB-2026-PT-001,EGFR L858R,145,19855,20000,7.3,1.0,7300,2.8,50,200,0,2,8.5,25.0,6100,8600
LB-2026-PT-002,KRAS G12D,3,19997,20000,0.15,1.0,150,0.04,50,200,0,2,45.0,25.0,30,420
LB-2026-PT-003,BRAF V600E,28,19972,20000,1.4,1.0,1400,0.5,50,200,5,2,38.0,25.0,900,1950

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "ddpcrmutationquantificationchecker",
  "utilityFolder": "DdpcrMutationQuantificationChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "LB-2026-PT-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "MutationTarget",
      "value": "EGFR L858R",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "PositiveDroplets",
      "value": "145",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "NegativeDroplets",
      "value": "19855",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "TotalAcceptedDroplets",
      "value": "20000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MeasuredConcentration_copies_uL",
      "value": "7.3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "DilutionFactor",
      "value": "1.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "FinalConcentration_copies_mL",
      "value": "7300",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "VAF_Percent",
      "value": "2.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "LOD_copies_mL",
      "value": "50",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "LOQ_copies_mL",
      "value": "200",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "NTC_PositiveDroplets",
      "value": "0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "DdpcrMutationQuantificationChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.