DdpcrDropletAcceptanceChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты DdpcrDropletAcceptanceChecker для сценария Ddpcr Droplet Acceptance Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• • Droplet Size CV: Однородность размера капель — нарушение однородности искажает объёмную нормализацию и закон Пуассона.
• • Amplitude Separation: Расстояние между положительным и отрицательным кластерами — определяет надёжность гейтинга.
• ⚠️ ВАЖНО:
• • <10 000 валидных капель существенно расширяет доверительный интервал концентрации.
• • Высокий doublet rate (>2%) систематически завышает результат, особенно при высоких концентрациях.
• • Жидкая биопсия: Гарантия чувствительности assays для редких мутаций (VAF <0.1%).
• В ddPCR каждая капля является независимой реакцией. Качество капель определяет точность всего эксперимента.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Valid Droplets ≥ 10 000: Абсолютный минимум для клинических приложений.
• • Size CV ≤ 5%: Превышение указывает на проблемы с генератором или вязкостью смеси.
• • Doublet Rate ≤ 2%: Высокий уровень требует пересмотра концентрации матрицы или условий эмульгирования.
• • Amplitude Separation ≥ 1000: Ниже этого порога гейтинг ненадёжен.
• Критические параметры:
• • Valid Droplets: ≥ 10,000
• • Droplet Size CV: ≤ 5%
• • Doublet Rate: ≤ 2%
• • Amplitude Separation: ≥ 1,000 fluorescence units
• 2. Концентрация матрицы: Избегайте перегрузки ДНК (>20 копий/капля), увеличивающей doublet rate.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

PlateID,WellPosition,SampleName,TotalDropletsGenerated,ValidDroplets,MinValidDroplets,DropletSizeCV_Percent,MaxDropletSizeCV_Percent,DoubletRate_Percent,MaxDoubletRate_Percent,PositiveAmplitude_Mean,NegativeAmplitude_Mean,MinAmplitudeSeparation,ChatterDetected
PLT-2026-045,A01,Patient_001,22500,21800,10000,2.8,5.0,0.9,2.0,5800,180,1000,false
PLT-2026-045,B03,Patient_003,8500,7200,10000,6.5,5.0,4.2,2.0,4200,350,1000,true
PLT-2026-045,C05,NTC_Control,15000,14200,10000,4.8,5.0,1.8,2.0,5100,220,1000,false

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "ddpcrdropletacceptancechecker",
  "utilityFolder": "DdpcrDropletAcceptanceChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "PlateID",
      "value": "PLT-2026-045",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "WellPosition",
      "value": "A01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "SampleName",
      "value": "Patient_001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "TotalDropletsGenerated",
      "value": "22500",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "ValidDroplets",
      "value": "21800",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "MinValidDroplets",
      "value": "10000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "DropletSizeCV_Percent",
      "value": "2.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "MaxDropletSizeCV_Percent",
      "value": "5.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "DoubletRate_Percent",
      "value": "0.9",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MaxDoubletRate_Percent",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "PositiveAmplitude_Mean",
      "value": "5800",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "NegativeAmplitude_Mean",
      "value": "180",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "DdpcrDropletAcceptanceChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.