ControlMaterialTrendChecker

Control Material Trend

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR
Открыть подборку

Описание утилиты: Control Material Trend

Control Material Trend Checker — Статистический мониторинг контрольных материалов

ℹ️  Утилита выполняет автоматическое применение правил Вестгарда и анализ трендов QC-данных согласно CLIA, ISO 15189 и CAP:
     • Правила отказа: 1-3s, 2-2s, R-4s — требуют немедленной остановки анализа и устранения причин.
     • Правила предупреждения: 4-1s, 10x — указывают на систематический сдвиг или дрейф.
     • Статистика: Расчет Z-score, коэффициента вариации (CV) и скользящего среднего.
     • Классификация: Автоматическое определение статуса IN_CONTROL / WARNING / OUT_OF_CONTROL.

⚠️  ВАЖНО: 
     • Нарушение правила 1-3s или 2-2s означает, что система НЕ ПРИГОДНА для выдачи результатов пациентов.
     • Тренды (4-1s, 10x) часто предшествуют полному выходу из контроля и требуют превентивных действий.

Использование:
  ControlMaterialTrendChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  ControlMaterialTrendChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
ControlLot,Analyte,InstrumentID,MeasurementDate,MeasuredValue,TargetMean,TargetSD

Пример:
  QC-LOT-A,Glucose,CHEM-01,2026-06-01,101.5,100.0,2.0

📍 Область применения (Usage Where):
     • Клинические лаборатории: Ежедневный мониторинг QC перед выдачей результатов.
     • Производство IVD: Контроль стабильности реагентов и калибраторов.
     • Аккредитация CAP/ISO: Демонстрация системы статистического управления процессом.
     • Расследование отклонений: Ретроспективный анализ трендов для выявления root cause.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Ручная проверка контрольных карт подвержена человеческому фактору и усталости.
Автоматизированное применение правил Вестгарда исключает пропуск нарушений.
Проактивное выявление трендов позволяет предотвратить брак ДО того, как он затронет пациентов.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Reject Rules: 1-3s, 2-2s, R-4s = НЕМЕДЛЕННАЯ ОСТАНОВКА.
• Warning Rules: 4-1s, 10x = ПРОВЕРКА КАЛИБРОВКИ И РЕАГЕНТОВ.
• Target Parameters: Используйте только валидированные Mean и SD для каждого лота.
• Data Integrity: Не удаляйте точки QC из истории без документированного обоснования.

Ключевые особенности утилиты:
• Автоматическое применение 5 правил Вестгарда
• Расчет Z-score и CV для каждой серии
• Группировка по лоту/аналиту/прибору
• Генерация структурированного отчета
• Соответствие CLIA и ISO 15189

Критические параметры:
• Z-Score: < ±2.0 (warning), < ±3.0 (reject)
• CV: < Допустимого предела для аналита
• Westgard Rules: Нет нарушений reject-правил
• N Points: ≥ 20 для надежной статистики

💡 Советы по использованию:
1. Установление пределов: Используйте минимум 20 точек для расчета целевых Mean/SD нового лота.
2. Многоуровневый контроль: Применяйте правила отдельно для каждого уровня контроля.
3. Документирование: Записывайте все действия по устранению нарушений в журнал QC.
4. Пересмотр пределов: Обновляйте Mean/SD при смене реагентов, калибраторов или после обслуживания.
5. Обучение: Персонал должен понимать разницу между случайной и систематической ошибкой.

⚠️ Примечание: Данная утилита является инструментом статистического контроля качества. Она не заменяет профессиональное суждение лаборанта, но обеспечивает объективную основу для принятия решений о пригодности аналитической системы.

input.csv

ControlLot,Analyte,InstrumentID,MeasurementDate,MeasuredValue,TargetMean,TargetSD
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-01,100.8,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-02,99.5,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-03,101.2,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-04,98.9,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-05,100.3,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-06,107.0,100.0,2.0

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ControlMaterialTrendChecker для сценария Control Material Trend Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • ℹ️ Утилита выполняет автоматическое применение правил Вестгарда и анализ трендов QC-данных согласно CLIA, ISO 15189 и CAP:
  • • Классификация: Автоматическое определение статуса IN_CONTROL / WARNING / OUT_OF_CONTROL.
  • ⚠️ ВАЖНО:
  • • Аккредитация CAP/ISO: Демонстрация системы статистического управления процессом.
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • Соответствие CLIA и ISO 15189
  • Критические параметры:
  • • Z-Score: < ±2.0 (warning), < ±3.0 (reject)
  • • CV: < Допустимого предела для аналита
  • • N Points: ≥ 20 для надежной статистики
  • 1. Установление пределов: Используйте минимум 20 точек для расчета целевых Mean/SD нового лота.
  • 4. Пересмотр пределов: Обновляйте Mean/SD при смене реагентов, калибраторов или после обслуживания.

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для Control Material Trend Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1ControlLotstring / controlled vocabularyQC-LOT-2026-AИдентификатор серии/партии для трассируемости.
2Analytestring / controlled vocabularyGlucoseКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3InstrumentIDstring / controlled vocabularyCHEM-ANALYZER-01Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
4MeasurementDatestring / controlled vocabulary2026-06-01Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5MeasuredValuedecimal100.8Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6TargetMeanstring / controlled vocabulary100.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7TargetSDstring / controlled vocabulary2.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
ControlLot,Analyte,InstrumentID,MeasurementDate,MeasuredValue,TargetMean,TargetSD
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-01,100.8,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-02,99.5,100.0,2.0
QC-LOT-2026-A,Glucose,CHEM-ANALYZER-01,2026-06-03,101.2,100.0,2.0

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001ControlLotПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002AnalyteПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003InstrumentIDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004MeasurementDateПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005MeasuredValueПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006TargetMeanПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007TargetSDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для Control Material Trend Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "controlmaterialtrendchecker",
  "utilityFolder": "ControlMaterialTrendChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "ControlLot",
      "value": "QC-LOT-2026-A",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "Analyte",
      "value": "Glucose",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "InstrumentID",
      "value": "CHEM-ANALYZER-01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "MeasurementDate",
      "value": "2026-06-01",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "MeasuredValue",
      "value": "100.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "TargetMean",
      "value": "100.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "TargetSD",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ControlMaterialTrendChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть