CompanionDiagnosticReportChecker

Companion Diagnostic Report

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR

Описание утилиты: Companion Diagnostic Report

Companion Diagnostic Report Checker — Валидация отчетов сопутствующей диагностики

ℹ️  Утилита выполняет строгую проверку соответствия отчетов CDx требованиям инструкции по применению (IFU) одобренного теста согласно FDA 21 CFR Part 809, EU IVDR Annex I и CAP:
     • Пара препарат-биомаркер: Верификация, что указанная комбинация является одобренной индикацией для данного CDx.
     • Формулировка результата: Проверка точного соответствия терминологии IFU («Positive» vs «Detected» и т.д.).
     • Версия теста: Сверка использованной версии с валидированной/одобренной регулятором.
     • Обязательные заявления: Наличие разделов Intended Use, Limitations of Use и ссылки на IFU.

⚠️  ВАЖНО: 
     • CDx-отчет является медицинским изделием класса III (EU) / Class III PMA (FDA).
     • Любое отклонение от IFU делает результат юридически недействительным и потенциально опасным.
     • Разные CDx-тесты для одного биомаркера могут иметь РАЗНЫЕ формулировки результатов.

Использование:
  CompanionDiagnosticReportChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  CompanionDiagnosticReportChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
ReportID,PatientID,CDx_TestName,CDx_TestVersion,Validated_TestVersion,AssociatedDrug,Biomarker,ReportedResult,ExpectedResultFormat,DrugBiomarkerPairValid,HasIFU_Reference,HasLimitationsStatement,HasIntendedUseStatement,ResultMatchesIFU_Wording

Пример:
  CDX-001,PAT-01,F1CDx,v4.0,v4.0,Osimertinib,EGFR_L858R,Positive,Positive,true,true,true,true,true

📍 Область применения (Usage Where):
     • Лаборатории CDx: Финальная проверка перед выдачей онкологу.
     • Фармацевтические компании: Аудит отчетов лабораторий-партнеров в клинических испытаниях.
     • Регуляторные инспекции: Демонстрация соответствия условиям одобрения PMA/CE-IVDR.
     • Разработка CDx: Валидация шаблонов отчетов при создании нового теста.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Врач принимает решение о назначении дорогостоящей и потенциально токсичной терапии ИСКЛЮЧИТЕЛЬНО на основе CDx-отчета.
Некорректная формулировка или неверная пара препарат-биомаркер может привести к off-label использованию без доказательной базы.
Автоматизированная проверка исключает человеческий фактор в критически важном документе.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Exact Wording: «Detected» ≠ «Positive» в контексте некоторых CDx. Используйте ТОЧНУЮ формулировку из IFU.
• Approved Pair: Биомаркер может быть релевантен, но НЕ одобрен как CDx для конкретного препарата.
• Test Version: Использование невалидированной версии = использование unapproved device.
• Mandatory Statements: Отсутствие Limitations of Use нарушает условия одобрения FDA/EMA.

Ключевые особенности утилиты:
• Пятипараметрическая проверка соответствия IFU
• Разделение на критические нарушения и предупреждения
• Поддержка множественных CDx-платформ
• Генерация регуляторно-готового отчета
• Соответствие FDA 21 CFR 809 и EU IVDR

Критические параметры:
• Drug-Biomarker Pair: Approved indication only
• Result Wording: Exact IFU match
• Test Version: = Validated version
• IFU Reference: Present
• Mandatory Statements: All present

💡 Советы по использованию:
1. База IFU: Ведите централизованный реестр одобренных формулировок для каждого CDx.
2. Обновления: При обновлении IFU немедленно обновляйте справочник ожидаемых формулировок.
3. Обучение: Патологи должны понимать разницу между общим молекулярным отчетом и CDx-отчетом.
4. Шаблоны: Используйте жесткие шаблоны с заблокированными полями для обязательных заявлений.
5. Аудит: Проводите ретроспективную проверку выданных CDx-отчетов ежеквартально.

⚠️ Примечание: Данная утилита проверяет соответствие отчета регуляторным требованиям IFU. Она не заменяет клиническую интерпретацию, но гарантирует, что отчет является валидным медицинским изделием.

input.csv

ReportID,PatientID,CDx_TestName,CDx_TestVersion,Validated_TestVersion,AssociatedDrug,Biomarker,ReportedResult,ExpectedResultFormat,DrugBiomarkerPairValid,HasIFU_Reference,HasLimitationsStatement,HasIntendedUseStatement,ResultMatchesIFU_Wording
CDX-2026-001,PAT-3001,FoundationOne CDx,v4.0,v4.0,Osimertinib (Tagrisso),EGFR L858R,Positive,Positive,true,true,true,true,true
CDX-2026-002,PAT-3002,Oncomine Dx Target Test,v2.1,v2.3,Trastuzumab,HER2 Amplification,Detected,Positive,true,true,false,true,false
CDX-2026-003,PAT-3003,therascreen KRAS RGQ PCR Kit,v3.0,v3.0,Cetuximab,KRAS G12C,Negative,Negative,true,true,true,true,true

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты CompanionDiagnosticReportChecker для сценария Companion Diagnostic Report Checker.

Предметные ограничения URS input.csv FS IQ/OQ/PQ

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.

• Обязательные заявления: Наличие разделов Intended Use, Limitations of Use и ссылки на IFU.
⚠️ ВАЖНО:
ReportID,PatientID,CDx_TestName,CDx_TestVersion,Validated_TestVersion,AssociatedDrug,Biomarker,ReportedResult,ExpectedResultFormat,DrugBiomarkerPairValid,HasIFU_Reference,HasLimitationsStatement,HasIntendedUseStatement,ResultMatchesIFU_Wording
Автоматизированная проверка исключает человеческий фактор в критически важном документе.
⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Mandatory Statements: Отсутствие Limitations of Use нарушает условия одобрения FDA/EMA.
• Разделение на критические нарушения и предупреждения
Критические параметры:

URS — пользовательские требования

ID	Требование	Критичность	Критерий приемки
URS-001	Утилита должна принимать файл input.csv для Companion Diagnostic Report Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.	High	Файл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002	Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.	High	При одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003	Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.	High	Ошибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004	Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.	High	Каждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005	Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.	High	JSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006	Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.	High	Выход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007	Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.	Medium	URS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008	Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.	Medium	В документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#	Поле	Тип	Пример	Назначение
1	`ReportID`	string / controlled vocabulary	`CDX-2026-001`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
2	`PatientID`	string / controlled vocabulary	`PAT-3001`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3	`CDx_TestName`	string / controlled vocabulary	`FoundationOne CDx`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
4	`CDx_TestVersion`	string / controlled vocabulary	`v4.0`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5	`Validated_TestVersion`	string / controlled vocabulary	`v4.0`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6	`AssociatedDrug`	string / controlled vocabulary	`Osimertinib (Tagrisso)`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7	`Biomarker`	string / controlled vocabulary	`EGFR L858R`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8	`ReportedResult`	string / controlled vocabulary	`Positive`	Результат или статус, применяемый в итоговой классификации.
9	`ExpectedResultFormat`	string / controlled vocabulary	`Positive`	Результат или статус, применяемый в итоговой классификации.
10	`DrugBiomarkerPairValid`	string / controlled vocabulary	`true`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
11	`HasIFU_Reference`	string / controlled vocabulary	`true`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
12	`HasLimitationsStatement`	string / controlled vocabulary	`true`	Утверждённый предел, применяемый при проверке результата.
13	`HasIntendedUseStatement`	string / controlled vocabulary	`true`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
14	`ResultMatchesIFU_Wording`	string / controlled vocabulary	`true`	Результат или статус, применяемый в итоговой классификации.

ReportID,PatientID,CDx_TestName,CDx_TestVersion,Validated_TestVersion,AssociatedDrug,Biomarker,ReportedResult,ExpectedResultFormat,DrugBiomarkerPairValid,HasIFU_Reference,HasLimitationsStatement,HasIntendedUseStatement,ResultMatchesIFU_Wording
CDX-2026-001,PAT-3001,FoundationOne CDx,v4.0,v4.0,Osimertinib (Tagrisso),EGFR L858R,Positive,Positive,true,true,true,true,true
CDX-2026-002,PAT-3002,Oncomine Dx Target Test,v2.1,v2.3,Trastuzumab,HER2 Amplification,Detected,Positive,true,true,false,true,false
CDX-2026-003,PAT-3003,therascreen KRAS RGQ PCR Kit,v3.0,v3.0,Cetuximab,KRAS G12C,Negative,Negative,true,true,true,true,true

Правила валидации входных данных

ID	Поле	Правило	Критичность
VR-001	`ReportID`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-002	`PatientID`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-003	`CDx_TestName`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-004	`CDx_TestVersion`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-005	`Validated_TestVersion`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-006	`AssociatedDrug`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-007	`Biomarker`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-008	`ReportedResult`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-009	`ExpectedResultFormat`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-010	`DrugBiomarkerPairValid`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-011	`HasIFU_Reference`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-012	`HasLimitationsStatement`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-013	`HasIntendedUseStatement`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-014	`ResultMatchesIFU_Wording`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium

FS — функциональная спецификация

ID	Функция	Реализация
FS-001	CLI execution	Поддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002	CSV import	Прочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003	Schema validation	Проверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004	Type conversion	Преобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005	Domain rule engine	Применить правила для Companion Diagnostic Report Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006	Status aggregation	Сформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007	JSON export	Записать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008	Audit support	Сохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009	Integration contract	Поддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010	Error handling	Возвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "companiondiagnosticreportchecker",
  "utilityFolder": "CompanionDiagnosticReportChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "ReportID",
      "value": "CDX-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-3001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "CDx_TestName",
      "value": "FoundationOne CDx",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "CDx_TestVersion",
      "value": "v4.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "Validated_TestVersion",
      "value": "v4.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "AssociatedDrug",
      "value": "Osimertinib (Tagrisso)",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "Biomarker",
      "value": "EGFR L858R",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "ReportedResult",
      "value": "Positive",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ExpectedResultFormat",
      "value": "Positive",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "DrugBiomarkerPairValid",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "HasIFU_Reference",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "HasLimitationsStatement",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "CompanionDiagnosticReportChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URS	FS	Тест	Подтверждение
URS-001	FS-001, FS-002	OQ-001	Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002	FS-005, FS-006	OQ-004	Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003	FS-003, FS-004, FS-010	OQ-002, OQ-003	Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004	FS-005, FS-006	OQ-004, PQ-001	Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005	FS-007, FS-009	OQ-005	Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006	FS-008	OQ-006	Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007	FS-008, FS-010	IQ-001, OQ-007	Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008	FS-005, FS-008	PQ-002	Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

ID	Сценарий	Ожидаемый результат
IQ-001	Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.	Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001	Валидная строка из примера input.csv.	PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002	Удалить обязательную колонку из CSV.	Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003	Внести нечисловое значение в числовое поле.	Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004	Значение критического параметра вывести за предел.	FAIL и critical finding.
OQ-005	Проверить структуру output.json.	Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006	Проверить трассируемость серии/образца.	Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001	Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.	Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002	Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.	Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть