ClonotypeTrackingChecker

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ClonotypeTrackingChecker для сценария Clonotype Tracking Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

• ⚠️ ВАЖНО:
• • Лонгитюдный анализ требует строгой нормализации между временными точками.
• ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• • Read Threshold: Клоны с <10 reads ненадежны для количественного сравнения.
• • Fold Change Threshold: Обычно ≥2x для значимой экспансии, но зависит от глубины.
• • Normalization: Частоты должны быть нормализованы на общее число продуктивных прочтений.
• • CDR3 Definition: Используйте строгое определение клонотипа (CDR3aa + V + J).
• Критические параметры:
• • Fold Change: ≥ Threshold для экспансии
• • Read Count: ≥ Min Read Count
• • Frequency: Нормализованная частота (%)
• 1. Глубина секвенирования: Стремитесь к >100K продуктивных reads на образец.

URS — пользовательские требования

Контракт input.csv

PatientID,Timepoint,ClonotypeID,ReceptorType,CDR3_Sequence,V_Gene,J_Gene,Frequency_Percent,ReadCount,TotalReads_InSample,Baseline_Frequency_Percent,FoldChange_Threshold,Min_Read_Count
PAT-001,Baseline,CLN-A1,TCR-beta,CASSLAGTDTQYF,TRBV20-1,TRBJ2-3,0.05,50,100000,0.05,2.0,10
PAT-001,Week4,CLN-A1,TCR-beta,CASSLAGTDTQYF,TRBV20-1,TRBJ2-3,0.45,450,100000,0.05,2.0,10
PAT-001,Week12,CLN-A1,TCR-beta,CASSLAGTDTQYF,TRBV20-1,TRBJ2-3,1.20,1200,100000,0.05,2.0,10

Правила валидации входных данных

FS — функциональная спецификация

Пример output.json

{
  "utilityId": "clonotypetrackingchecker",
  "utilityFolder": "ClonotypeTrackingChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "PatientID",
      "value": "PAT-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "Timepoint",
      "value": "Baseline",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "ClonotypeID",
      "value": "CLN-A1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "ReceptorType",
      "value": "TCR-beta",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "CDR3_Sequence",
      "value": "CASSLAGTDTQYF",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "V_Gene",
      "value": "TRBV20-1",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "J_Gene",
      "value": "TRBJ2-3",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "Frequency_Percent",
      "value": "0.05",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "ReadCount",
      "value": "50",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "TotalReads_InSample",
      "value": "100000",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "Baseline_Frequency_Percent",
      "value": "0.05",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "FoldChange_Threshold",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "ClonotypeTrackingChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

QA/QC и change control

• Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
• Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
• Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
• Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
• Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.