ClinicalTrialBatchSummaryBuilder
Clinical Trial Batch Summary Builder
Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR
Открыть подборкуОписание утилиты: Clinical Trial Batch Summary Builder
Clinical Trial Batch Summary Builder — Сводка серий клинического исследования
ℹ️ Утилита формирует консолидированный отчет по качеству всех серий исследуемого препарата (IMP) в рамках клинического испытания согласно ICH E6(R2) GCP и EU CTR 536/2014:
• Агрегация данных: Сбор информации о выпуске, CoA, стабильности и отклонениях по каждой серии.
• Обобщенные метрики: Автоматический расчет deviation rate, среднего assay, процента QP-сертификации.
• Compliance Check: Проверка статуса выпуска, актуальности данных стабильности и наличия CoA.
• Регуляторная готовность: Формирование структурированного JSON для инспекций и ежегодных отчетов.
⚠️ ВАЖНО:
• В ЕС ни одна серия IMP не может быть использована без сертификации QP.
• Просроченные данные стабильности делают серию непригодной для введения пациентам.
Использование:
ClinicalTrialBatchSummaryBuilder.exe → демо-режим (вывод в консоль)
ClinicalTrialBatchSummaryBuilder.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
Формат input.csv:
TrialID,Phase,BatchNumber,ProductName,ReleaseStatus,ManufacturingDate,ExpiryDate,Assay_Percent,Impurity_Total_Percent,HasDeviations,DeviationCount,StabilityCurrent,StorageCondition,CoAAvailable,QP_Certified
Пример:
TRIAL-001,Phase III,BATCH-A01,mAb-X,Released,2026-01-15,2027-01-15,99.8,0.5,false,0,true,2-8°C,true,true
📍 Область применения (Usage Where):
• Клинические исследования: Подготовка к инспекциям и аудитам спонсора.
• Регуляторные подачи: Включение в Annual Safety Report и DSUR.
• QA/QC: Ежемесячный обзор качества IMP.
• Управление поставками: Планирование производства новых серий на основе трендов.
— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Клинические испытания могут включать десятки серий, произведенных в разное время.
Без консолидированного обзора невозможно быстро оценить общее состояние качества IMP.
Автоматизированная сводка экономит дни ручной работы при подготовке к инспекции.
Это критически важно для patient safety и regulatory compliance.
⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• QP Certification: 100% серий для ЕС должны иметь сертификат QP.
• Stability Data: Просроченная стабильность = немедленный карантин серии.
• Deviation Rate: >20% серий с отклонениями требует CAPA на уровне процесса.
• Release Status: Только Released серии могут быть использованы в исследовании.
Ключевые особенности утилиты:
• Автоматическая агрегация по исследованию и фазе
• Расчет 6 ключевых метрик качества
• Выявление системных проблем (тренды, gaps)
• Генерация регуляторно-готового JSON
• Соответствие ICH E6(R2) и EU CTR 536/2014
Критические параметры:
• Released Batches: = Total Batches
• Deviation Rate: < 20%
• Avg Assay: 98-102%
• Stability Compliance: 100%
• QP Certification Rate: 100%
💡 Советы по использованию:
1. Регулярность: Формируйте сводку ежемесячно или перед каждым визитом монитора.
2. Интеграция: Подключите к LIMS/eTMF для автоматического сбора данных.
3. Тренды: Сравнивайте сводки между периодами для выявления деградации качества.
4. Архивация: Сохраняйте каждую версию сводки как часть Trial Master File.
5. Действия: При выявлении gaps инициируйте CAPA до следующей поставки.
⚠️ Примечание: Данная утилита является инструментом агрегации и анализа. Она не заменяет индивидуальную оценку каждой серии QP, но обеспечивает целостную картину качества IMP для принятия управленческих решений.input.csv
TrialID,Phase,BatchNumber,ProductName,ReleaseStatus,ManufacturingDate,ExpiryDate,Assay_Percent,Impurity_Total_Percent,HasDeviations,DeviationCount,StabilityCurrent,StorageCondition,CoAAvailable,QP_Certified TRIAL-2026-001,Phase III,BATCH-A01,mAb-X,Released,2026-01-15,2027-01-15,99.8,0.5,false,0,true,2-8°C,true,true TRIAL-2026-001,Phase III,BATCH-A02,mAb-X,Released,2026-03-10,2027-03-10,100.2,0.6,true,1,true,2-8°C,true,true TRIAL-2026-001,Phase III,BATCH-A03,mAb-X,Released,2026-05-20,2027-05-20,99.5,0.4,false,0,true,2-8°C,true,true TRIAL-2026-002,Phase I,BATCH-B01,ADC-Y,Quarantine,2026-04-01,2026-10-01,97.2,1.8,true,3,false,-20°C,false,false
URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация
Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты ClinicalTrialBatchSummaryBuilder для сценария Clinical Trial Batch Summary Builder.
Предметные ограничения и критические параметры
Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
- ℹ️ Утилита формирует консолидированный отчет по качеству всех серий исследуемого препарата (IMP) в рамках клинического испытания согласно ICH E6(R2) GCP и EU CTR 536/2014:
- ⚠️ ВАЖНО:
- TrialID,Phase,BatchNumber,ProductName,ReleaseStatus,ManufacturingDate,ExpiryDate,Assay_Percent,Impurity_Total_Percent,HasDeviations,DeviationCount,StabilityCurrent,StorageCondition,CoAAvailable,QP_Certified
- Это критически важно для patient safety и regulatory compliance.
- ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
- • Deviation Rate: >20% серий с отклонениями требует CAPA на уровне процесса.
- • Соответствие ICH E6(R2) и EU CTR 536/2014
- Критические параметры:
- • Deviation Rate: < 20%
URS — пользовательские требования
| ID | Требование | Критичность | Критерий приемки |
|---|---|---|---|
| URS-001 | Утилита должна принимать файл input.csv для Clinical Trial Batch Summary Builder с заголовками, определёнными в контракте данных. | High | Файл обрабатывается без ручного изменения заголовков. |
| URS-002 | Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии. | High | При одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим. |
| URS-003 | Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений. | High | Ошибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате. |
| URS-004 | Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP. | High | Каждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение. |
| URS-005 | Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками. | High | JSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review. |
| URS-006 | Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом. | High | Выход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata. |
| URS-007 | Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA. | Medium | URS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой. |
| URS-008 | Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA. | Medium | В документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов. |
Контракт input.csv
| # | Поле | Тип | Пример | Назначение |
|---|---|---|---|---|
| 1 | TrialID | string / controlled vocabulary | TRIAL-2026-001 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 2 | Phase | string / controlled vocabulary | Phase III | pH; параметр стабильности, совместимости и пригодности серии. |
| 3 | BatchNumber | string / controlled vocabulary | BATCH-A01 | Идентификатор серии/партии для трассируемости. |
| 4 | ProductName | string / controlled vocabulary | mAb-X | Наименование продукта или проверяемой лекарственной формы. |
| 5 | ReleaseStatus | string / controlled vocabulary | Released | Результат или статус, применяемый в итоговой классификации. |
| 6 | ManufacturingDate | string / controlled vocabulary | 2026-01-15 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 7 | ExpiryDate | string / controlled vocabulary | 2027-01-15 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 8 | Assay_Percent | decimal | 99.8 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 9 | Impurity_Total_Percent | decimal | 0.5 | Чистота/профиль примесей; ключевой QC-параметр. |
| 10 | HasDeviations | string / controlled vocabulary | false | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 11 | DeviationCount | integer / decimal | 0 | Счётный показатель; используется для микробиологического, частичного или клеточного контроля. |
| 12 | StabilityCurrent | string / controlled vocabulary | true | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 13 | StorageCondition | string / controlled vocabulary | 2-8°C | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 14 | CoAAvailable | string / controlled vocabulary | true | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 15 | QP_Certified | string / controlled vocabulary | true | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
TrialID,Phase,BatchNumber,ProductName,ReleaseStatus,ManufacturingDate,ExpiryDate,Assay_Percent,Impurity_Total_Percent,HasDeviations,DeviationCount,StabilityCurrent,StorageCondition,CoAAvailable,QP_Certified TRIAL-2026-001,Phase III,BATCH-A01,mAb-X,Released,2026-01-15,2027-01-15,99.8,0.5,false,0,true,2-8°C,true,true TRIAL-2026-001,Phase III,BATCH-A02,mAb-X,Released,2026-03-10,2027-03-10,100.2,0.6,true,1,true,2-8°C,true,true TRIAL-2026-001,Phase III,BATCH-A03,mAb-X,Released,2026-05-20,2027-05-20,99.5,0.4,false,0,true,2-8°C,true,true
Правила валидации входных данных
| ID | Поле | Правило | Критичность |
|---|---|---|---|
| VR-001 | TrialID | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-002 | Phase | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-003 | BatchNumber | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-004 | ProductName | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-005 | ReleaseStatus | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-006 | ManufacturingDate | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-007 | ExpiryDate | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-008 | Assay_Percent | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-009 | Impurity_Total_Percent | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-010 | HasDeviations | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-011 | DeviationCount | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-012 | StabilityCurrent | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-013 | StorageCondition | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-014 | CoAAvailable | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-015 | QP_Certified | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
FS — функциональная спецификация
| ID | Функция | Реализация |
|---|---|---|
| FS-001 | CLI execution | Поддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json. |
| FS-002 | CSV import | Прочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок. |
| FS-003 | Schema validation | Проверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения. |
| FS-004 | Type conversion | Преобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки. |
| FS-005 | Domain rule engine | Применить правила для Clinical Trial Batch Summary Builder, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации. |
| FS-006 | Status aggregation | Сформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии. |
| FS-007 | JSON export | Записать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings. |
| FS-008 | Audit support | Сохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта. |
| FS-009 | Integration contract | Поддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review. |
| FS-010 | Error handling | Возвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата. |
Пример output.json
{
"utilityId": "clinicaltrialbatchsummarybuilder",
"utilityFolder": "ClinicalTrialBatchSummaryBuilder",
"package": "LiquidBiopsy",
"overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
"sourceFile": "input.csv",
"processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
"checks": [
{
"parameter": "TrialID",
"value": "TRIAL-2026-001",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-001"
},
{
"parameter": "Phase",
"value": "Phase III",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-002"
},
{
"parameter": "BatchNumber",
"value": "BATCH-A01",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-003"
},
{
"parameter": "ProductName",
"value": "mAb-X",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-004"
},
{
"parameter": "ReleaseStatus",
"value": "Released",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-005"
},
{
"parameter": "ManufacturingDate",
"value": "2026-01-15",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-006"
},
{
"parameter": "ExpiryDate",
"value": "2027-01-15",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-007"
},
{
"parameter": "Assay_Percent",
"value": "99.8",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-008"
},
{
"parameter": "Impurity_Total_Percent",
"value": "0.5",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-009"
},
{
"parameter": "HasDeviations",
"value": "false",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-010"
},
{
"parameter": "DeviationCount",
"value": "0",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-011"
},
{
"parameter": "StabilityCurrent",
"value": "true",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-012"
}
],
"criticalFindings": [],
"warnings": [],
"audit": {
"inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
"rulesVersion": "<utility executable version>",
"documentation": "ClinicalTrialBatchSummaryBuilder.documentation.html"
}
}
Матрица трассируемости
| URS | FS | Тест | Подтверждение |
|---|---|---|---|
| URS-001 | FS-001, FS-002 | OQ-001 | Проверить запуск и импорт валидного input.csv. |
| URS-002 | FS-005, FS-006 | OQ-004 | Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json. |
| URS-003 | FS-003, FS-004, FS-010 | OQ-002, OQ-003 | Проверить отсутствующие колонки и неверные типы. |
| URS-004 | FS-005, FS-006 | OQ-004, PQ-001 | Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным. |
| URS-005 | FS-007, FS-009 | OQ-005 | Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем. |
| URS-006 | FS-008 | OQ-006 | Проверить наличие идентификаторов и audit metadata. |
| URS-007 | FS-008, FS-010 | IQ-001, OQ-007 | Проверить комплектность документации и control evidence. |
| URS-008 | FS-005, FS-008 | PQ-002 | Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения. |
IQ/OQ/PQ тестовые сценарии
| ID | Сценарий | Ожидаемый результат |
|---|---|---|
| IQ-001 | Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы. | Комплект поставки полон; версия зафиксирована. |
| OQ-001 | Валидная строка из примера input.csv. | PASS или допустимый WARNING согласно правилам. |
| OQ-002 | Удалить обязательную колонку из CSV. | Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки. |
| OQ-003 | Внести нечисловое значение в числовое поле. | Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля. |
| OQ-004 | Значение критического параметра вывести за предел. | FAIL и critical finding. |
| OQ-005 | Проверить структуру output.json. | Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден. |
| OQ-006 | Проверить трассируемость серии/образца. | Идентификаторы входа и результатов совпадают. |
| PQ-001 | Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя. | Результат подтверждён QC/QA review. |
| PQ-002 | Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения. | Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение. |
QA/QC и change control
- Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
- Хранить
input.csv,output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму. - Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
- Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
- Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.
Входит в пакеты
Биофармацевтика расширенная
Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.
ОткрытьЖидкостная биопсия
Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.
Открыть