BioinformaticsPipelineVersionChecker

Описание утилиты: Bioinformatics Pipeline Version

Bioinformatics Pipeline Version Checker — Контроль версий биоинформатических пайплайнов

ℹ️  Утилита выполняет автоматическую верификацию программного окружения биоинформатических пайплайнов согласно требованиям CAP/CLIA и FDA Guidance on NGS-based Testing:
     • Инструменты: Сверка версий aligners, variant callers и аннотаторов с валидированным манифестом.
     • Базы данных: Контроль версий референсных геномов и баз знаний (ClinVar, COSMIC, gnomAD).
     • Контейнеры: Проверка хешей Docker/Singularity образов для гарантии идентичности среды.
     • Скрипты: Верификация версий кастомных скриптов (Python, R, Bash).

⚠️  ВАЖНО: 
     • Биоинформатический пайплайн является медицинским устройством (SaMD).
     • Неавторизованное обновление даже минорной версии может изменить клинический результат.

Использование:
  BioinformaticsPipelineVersionChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  BioinformaticsPipelineVersionChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
RunID,PipelineName,ComponentName,ActualVersion,ValidatedVersion,ComponentType

Пример:
  RUN-001,OncoPanel_v3,GATK,4.2.6.1,4.2.6.1,Tool

📍 Область применения (Usage Where):
     • Клинические NGS-лаборатории: Обязательная проверка перед каждым запуском пайплайна.
     • Управление изменениями (Change Control): Документирование дрейфа версий.
     • Аудит и инспекции: Доказательство воспроизводимости in silico анализа.
     • CI/CD пайплайны: Автоматический gatekeeper перед деплоем в продакшн.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
В отличие от «мокрых» реагентов, программное обеспечение меняется незаметно.
Автоматическая проверка версий исключает риск использования невалидированного кода.
Это фундаментальное требование Data Integrity и Patient Safety в эпоху Precision Medicine.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Exact Match: Для клинических тестов требуется точное совпадение версий, не «совместимость».
• Database Versions: Обновление ClinVar без ревалидации может реклассифицировать варианты.
• Container Hash: Версия тега Docker (latest) недостаточна; нужен SHA256 digest.
• Audit Trail: Каждая проверка должна логироваться с timestamp и operator ID.

Ключевые особенности утилиты:
• Построчная сверка каждого компонента пайплайна
• Поддержка различных типов компонентов (Tool, DB, Script, Container)
• Мгновенная блокировка при несоответствии
• Генерация детального отчета о расхождениях
• Соответствие требованиям CAP Molecular Pathology Checklist

Критические параметры:
• Actual Version: Должна точно совпадать с Validated Version
• Component Coverage: Все критические компоненты должны быть проверены
• Database Date: Актуальность референсных данных

💡 Советы по использованию:
1. Манифест: Ведите централизованный YAML/JSON манифест валидированных версий.
2. Контейнеризация: Используйте Docker/Singularity для фиксации окружения.
3. Автоматизация: Интегрируйте чекер в начало Nextflow/Snakemake пайплайна.
4. Ревавалидация: При обновлении версии запускайте полный протокол ревалидации.
5. Документирование: Сохраняйте JSON-отчеты как часть аудиторского следа каждого запуска.

⚠️ Примечание: Данная утилита является инструментом Software Quality Assurance. Она не заменяет функциональную валидацию пайплайна, но гарантирует, что используется именно та версия, которая была валидирована.