AssayTransferProtocolChecker
Assay Transfer Protocol
Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR
Открыть подборкуОписание утилиты: Assay Transfer Protocol
Assay Transfer Protocol Checker — Проверка передачи аналитических методов
ℹ️ Утилита выполняет статистическую оценку успешности передачи аналитического метода между лабораториями согласно USP <1224> и ICH Q2(R1):
• Сравнение точности: t-тест для выявления систематического смещения (bias) между передающей и принимающей лабораториями.
• Сравнение прецизионности: F-тест для проверки равенства дисперсий (воспроизводимости).
• Абсолютная разница: Проверка процентного расхождения средних значений против установленного лимита.
• Принятие решений: Классификация результата как Successful, Conditional или Failed.
⚠️ ВАЖНО:
• Передача метода требует, чтобы принимающая лаборатория доказала компетентность в выполнении методики.
• Статистические тесты чувствительны к объему выборки (N).
Использование:
AssayTransferProtocolChecker.exe → демо-режим (вывод в консоль)
AssayTransferProtocolChecker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных
Формат input.csv:
ProtocolID,AnalyteName,SendingUnit_Mean,SendingUnit_SD,SendingUnit_N,ReceivingUnit_Mean,ReceivingUnit_SD,ReceivingUnit_N,Max_Allowed_Diff_Percent
Пример:
MT-001,Assay,99.5,0.8,6,99.2,0.9,6,2.0
📍 Область применения (Usage Where):
• Передача методов из R&D в QC: Валидация рутинного контроля.
• Межлабораторные сравнения: При переносе производства на другую площадку.
• Аутсорсинг: Передача методов в контрактные лаборатории (CRO).
• Регуляторное досье: Обоснование сопоставимости данных.
— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Гарантия того, что результаты анализов, полученные на новой площадке, сопоставимы с исходными.
Это критически важно для непрерывности поставок и соблюдения лицензионных требований.
Автоматизация статистических расчетов исключает ошибки ручного подсчета t- и F-критериев.
⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Выборка: Минимальное количество повторностей (обычно N≥6) для надежности статистики.
• Гомогенность дисперсий: Если дисперсии сильно различаются, стандартный t-тест неприменим.
• Лимиты: Процентное расхождение должно быть определено до начала эксперимента.
• Outliers: Выбросы должны быть исследованы до проведения статистического анализа.
Ключевые особенности утилиты:
• Автоматический расчет t-теста и F-теста
• Оценка процентного расхождения средних
• Гибкая настройка доверительного интервала
• Генерация отчетов для протокола передачи метода
• Соответствие требованиям USP <1224>
Критические параметры:
• Mean Diff %: < Spec Limit
• F-Ratio: < Critical Value
• T-Test: No significant difference (p > 0.05)
• N: Sufficient sample size
💡 Советы по использованию:
1. Планирование: Определите критерии приемлемости в протоколе передачи до начала испытаний.
2. Обучение: Убедитесь, что аналитики принимающей лаборатории обучены методу.
3. Оборудование: Проверьте калибровку приборов в обеих лабораториях.
4. Документирование: Сохраняйте сырые данные всех повторностей.
5. Расследование: При статусе "Failed" проведите root cause analysis.
⚠️ Примечание: Данная утилита является инструментом статистической поддержки. Окончательное решение об утверждении метода принимает руководитель подразделения качества на основании полного отчета.input.csv
ProtocolID,AnalyteName,SendingUnit_Mean,SendingUnit_SD,SendingUnit_N,ReceivingUnit_Mean,ReceivingUnit_SD,ReceivingUnit_N,Max_Allowed_Diff_Percent MT-2026-API-001,Assay of Drug X,99.5,0.8,6,99.2,0.9,6,2.0 MT-2026-IMP-002,Impurity A,0.15,0.02,6,0.25,0.05,6,10.0 MT-2026-DISS-003,Dissolution Q,85.0,1.5,6,84.5,1.6,6,5.0
URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация
Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты AssayTransferProtocolChecker для сценария Assay Transfer Protocol Checker.
Предметные ограничения и критические параметры
Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
- ℹ️ Утилита выполняет статистическую оценку успешности передачи аналитического метода между лабораториями согласно USP <1224> и ICH Q2(R1):
- ⚠️ ВАЖНО:
- Это критически важно для непрерывности поставок и соблюдения лицензионных требований.
- Автоматизация статистических расчетов исключает ошибки ручного подсчета t- и F-критериев.
- ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
- • Выборка: Минимальное количество повторностей (обычно N≥6) для надежности статистики.
- • Лимиты: Процентное расхождение должно быть определено до начала эксперимента.
- • Соответствие требованиям USP <1224>
- Критические параметры:
- • Mean Diff %: < Spec Limit
- • F-Ratio: < Critical Value
- • T-Test: No significant difference (p > 0.05)
- 1. Планирование: Определите критерии приемлемости в протоколе передачи до начала испытаний.
URS — пользовательские требования
| ID | Требование | Критичность | Критерий приемки |
|---|---|---|---|
| URS-001 | Утилита должна принимать файл input.csv для Assay Transfer Protocol Checker с заголовками, определёнными в контракте данных. | High | Файл обрабатывается без ручного изменения заголовков. |
| URS-002 | Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии. | High | При одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим. |
| URS-003 | Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений. | High | Ошибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате. |
| URS-004 | Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP. | High | Каждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение. |
| URS-005 | Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками. | High | JSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review. |
| URS-006 | Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом. | High | Выход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata. |
| URS-007 | Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA. | Medium | URS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой. |
| URS-008 | Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA. | Medium | В документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов. |
Контракт input.csv
| # | Поле | Тип | Пример | Назначение |
|---|---|---|---|---|
| 1 | ProtocolID | string / controlled vocabulary | MT-2026-API-001 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 2 | AnalyteName | string / controlled vocabulary | Assay of Drug X | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 3 | SendingUnit_Mean | integer / decimal | 99.5 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 4 | SendingUnit_SD | decimal | 0.8 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 5 | SendingUnit_N | integer / decimal | 6 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 6 | ReceivingUnit_Mean | integer / decimal | 99.2 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 7 | ReceivingUnit_SD | decimal | 0.9 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 8 | ReceivingUnit_N | integer / decimal | 6 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
| 9 | Max_Allowed_Diff_Percent | decimal | 2.0 | Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил. |
ProtocolID,AnalyteName,SendingUnit_Mean,SendingUnit_SD,SendingUnit_N,ReceivingUnit_Mean,ReceivingUnit_SD,ReceivingUnit_N,Max_Allowed_Diff_Percent MT-2026-API-001,Assay of Drug X,99.5,0.8,6,99.2,0.9,6,2.0 MT-2026-IMP-002,Impurity A,0.15,0.02,6,0.25,0.05,6,10.0 MT-2026-DISS-003,Dissolution Q,85.0,1.5,6,84.5,1.6,6,5.0
Правила валидации входных данных
| ID | Поле | Правило | Критичность |
|---|---|---|---|
| VR-001 | ProtocolID | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-002 | AnalyteName | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-003 | SendingUnit_Mean | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | High |
| VR-004 | SendingUnit_SD | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-005 | SendingUnit_N | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-006 | ReceivingUnit_Mean | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-007 | ReceivingUnit_SD | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-008 | ReceivingUnit_N | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
| VR-009 | Max_Allowed_Diff_Percent | Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме. | Medium |
FS — функциональная спецификация
| ID | Функция | Реализация |
|---|---|---|
| FS-001 | CLI execution | Поддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json. |
| FS-002 | CSV import | Прочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок. |
| FS-003 | Schema validation | Проверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения. |
| FS-004 | Type conversion | Преобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки. |
| FS-005 | Domain rule engine | Применить правила для Assay Transfer Protocol Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации. |
| FS-006 | Status aggregation | Сформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии. |
| FS-007 | JSON export | Записать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings. |
| FS-008 | Audit support | Сохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта. |
| FS-009 | Integration contract | Поддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review. |
| FS-010 | Error handling | Возвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата. |
Пример output.json
{
"utilityId": "assaytransferprotocolchecker",
"utilityFolder": "AssayTransferProtocolChecker",
"package": "LiquidBiopsy",
"overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
"sourceFile": "input.csv",
"processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
"checks": [
{
"parameter": "ProtocolID",
"value": "MT-2026-API-001",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-001"
},
{
"parameter": "AnalyteName",
"value": "Assay of Drug X",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-002"
},
{
"parameter": "SendingUnit_Mean",
"value": "99.5",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-003"
},
{
"parameter": "SendingUnit_SD",
"value": "0.8",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-004"
},
{
"parameter": "SendingUnit_N",
"value": "6",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-005"
},
{
"parameter": "ReceivingUnit_Mean",
"value": "99.2",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-006"
},
{
"parameter": "ReceivingUnit_SD",
"value": "0.9",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-007"
},
{
"parameter": "ReceivingUnit_N",
"value": "6",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-008"
},
{
"parameter": "Max_Allowed_Diff_Percent",
"value": "2.0",
"status": "PASS|WARNING|FAIL",
"message": "Deterministic rule-based check result",
"ruleReference": "FS-RULE-009"
}
],
"criticalFindings": [],
"warnings": [],
"audit": {
"inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
"rulesVersion": "<utility executable version>",
"documentation": "AssayTransferProtocolChecker.documentation.html"
}
}
Матрица трассируемости
| URS | FS | Тест | Подтверждение |
|---|---|---|---|
| URS-001 | FS-001, FS-002 | OQ-001 | Проверить запуск и импорт валидного input.csv. |
| URS-002 | FS-005, FS-006 | OQ-004 | Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json. |
| URS-003 | FS-003, FS-004, FS-010 | OQ-002, OQ-003 | Проверить отсутствующие колонки и неверные типы. |
| URS-004 | FS-005, FS-006 | OQ-004, PQ-001 | Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным. |
| URS-005 | FS-007, FS-009 | OQ-005 | Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем. |
| URS-006 | FS-008 | OQ-006 | Проверить наличие идентификаторов и audit metadata. |
| URS-007 | FS-008, FS-010 | IQ-001, OQ-007 | Проверить комплектность документации и control evidence. |
| URS-008 | FS-005, FS-008 | PQ-002 | Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения. |
IQ/OQ/PQ тестовые сценарии
| ID | Сценарий | Ожидаемый результат |
|---|---|---|
| IQ-001 | Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы. | Комплект поставки полон; версия зафиксирована. |
| OQ-001 | Валидная строка из примера input.csv. | PASS или допустимый WARNING согласно правилам. |
| OQ-002 | Удалить обязательную колонку из CSV. | Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки. |
| OQ-003 | Внести нечисловое значение в числовое поле. | Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля. |
| OQ-004 | Значение критического параметра вывести за предел. | FAIL и critical finding. |
| OQ-005 | Проверить структуру output.json. | Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден. |
| OQ-006 | Проверить трассируемость серии/образца. | Идентификаторы входа и результатов совпадают. |
| PQ-001 | Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя. | Результат подтверждён QC/QA review. |
| PQ-002 | Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения. | Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение. |
QA/QC и change control
- Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
- Хранить
input.csv,output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму. - Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
- Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
- Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.
Входит в пакеты
Биофармацевтика расширенная
Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.
ОткрытьЖидкостная биопсия
Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.
Открыть