AssayTransferProtocolChecker

Assay Transfer Protocol

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR
Открыть подборку

Описание утилиты: Assay Transfer Protocol

Assay Transfer Protocol Checker — Проверка передачи аналитических методов

ℹ️  Утилита выполняет статистическую оценку успешности передачи аналитического метода между лабораториями согласно USP <1224> и ICH Q2(R1):
     • Сравнение точности: t-тест для выявления систематического смещения (bias) между передающей и принимающей лабораториями.
     • Сравнение прецизионности: F-тест для проверки равенства дисперсий (воспроизводимости).
     • Абсолютная разница: Проверка процентного расхождения средних значений против установленного лимита.
     • Принятие решений: Классификация результата как Successful, Conditional или Failed.

⚠️  ВАЖНО: 
     • Передача метода требует, чтобы принимающая лаборатория доказала компетентность в выполнении методики.
     • Статистические тесты чувствительны к объему выборки (N).

Использование:
  AssayTransferProtocolChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  AssayTransferProtocolChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
ProtocolID,AnalyteName,SendingUnit_Mean,SendingUnit_SD,SendingUnit_N,ReceivingUnit_Mean,ReceivingUnit_SD,ReceivingUnit_N,Max_Allowed_Diff_Percent

Пример:
  MT-001,Assay,99.5,0.8,6,99.2,0.9,6,2.0

📍 Область применения (Usage Where):
     • Передача методов из R&D в QC: Валидация рутинного контроля.
     • Межлабораторные сравнения: При переносе производства на другую площадку.
     • Аутсорсинг: Передача методов в контрактные лаборатории (CRO).
     • Регуляторное досье: Обоснование сопоставимости данных.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Гарантия того, что результаты анализов, полученные на новой площадке, сопоставимы с исходными.
Это критически важно для непрерывности поставок и соблюдения лицензионных требований.
Автоматизация статистических расчетов исключает ошибки ручного подсчета t- и F-критериев.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Выборка: Минимальное количество повторностей (обычно N≥6) для надежности статистики.
• Гомогенность дисперсий: Если дисперсии сильно различаются, стандартный t-тест неприменим.
• Лимиты: Процентное расхождение должно быть определено до начала эксперимента.
• Outliers: Выбросы должны быть исследованы до проведения статистического анализа.

Ключевые особенности утилиты:
• Автоматический расчет t-теста и F-теста
• Оценка процентного расхождения средних
• Гибкая настройка доверительного интервала
• Генерация отчетов для протокола передачи метода
• Соответствие требованиям USP <1224>

Критические параметры:
• Mean Diff %: < Spec Limit
• F-Ratio: < Critical Value
• T-Test: No significant difference (p > 0.05)
• N: Sufficient sample size

💡 Советы по использованию:
1. Планирование: Определите критерии приемлемости в протоколе передачи до начала испытаний.
2. Обучение: Убедитесь, что аналитики принимающей лаборатории обучены методу.
3. Оборудование: Проверьте калибровку приборов в обеих лабораториях.
4. Документирование: Сохраняйте сырые данные всех повторностей.
5. Расследование: При статусе "Failed" проведите root cause analysis.

⚠️ Примечание: Данная утилита является инструментом статистической поддержки. Окончательное решение об утверждении метода принимает руководитель подразделения качества на основании полного отчета.

input.csv

ProtocolID,AnalyteName,SendingUnit_Mean,SendingUnit_SD,SendingUnit_N,ReceivingUnit_Mean,ReceivingUnit_SD,ReceivingUnit_N,Max_Allowed_Diff_Percent
MT-2026-API-001,Assay of Drug X,99.5,0.8,6,99.2,0.9,6,2.0
MT-2026-IMP-002,Impurity A,0.15,0.02,6,0.25,0.05,6,10.0
MT-2026-DISS-003,Dissolution Q,85.0,1.5,6,84.5,1.6,6,5.0

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты AssayTransferProtocolChecker для сценария Assay Transfer Protocol Checker.

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • ℹ️ Утилита выполняет статистическую оценку успешности передачи аналитического метода между лабораториями согласно USP <1224> и ICH Q2(R1):
  • ⚠️ ВАЖНО:
  • Это критически важно для непрерывности поставок и соблюдения лицензионных требований.
  • Автоматизация статистических расчетов исключает ошибки ручного подсчета t- и F-критериев.
  • ⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
  • • Выборка: Минимальное количество повторностей (обычно N≥6) для надежности статистики.
  • • Лимиты: Процентное расхождение должно быть определено до начала эксперимента.
  • • Соответствие требованиям USP <1224>
  • Критические параметры:
  • • Mean Diff %: < Spec Limit
  • • F-Ratio: < Critical Value
  • • T-Test: No significant difference (p > 0.05)
  • 1. Планирование: Определите критерии приемлемости в протоколе передачи до начала испытаний.

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать файл input.csv для Assay Transfer Protocol Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.HighФайл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.HighПри одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.HighКаждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.HighJSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.HighВыход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.MediumURS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.MediumВ документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#ПолеТипПримерНазначение
1ProtocolIDstring / controlled vocabularyMT-2026-API-001Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
2AnalyteNamestring / controlled vocabularyAssay of Drug XКонтролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3SendingUnit_Meaninteger / decimal99.5Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
4SendingUnit_SDdecimal0.8Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5SendingUnit_Ninteger / decimal6Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
6ReceivingUnit_Meaninteger / decimal99.2Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7ReceivingUnit_SDdecimal0.9Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8ReceivingUnit_Ninteger / decimal6Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
9Max_Allowed_Diff_Percentdecimal2.0Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
ProtocolID,AnalyteName,SendingUnit_Mean,SendingUnit_SD,SendingUnit_N,ReceivingUnit_Mean,ReceivingUnit_SD,ReceivingUnit_N,Max_Allowed_Diff_Percent
MT-2026-API-001,Assay of Drug X,99.5,0.8,6,99.2,0.9,6,2.0
MT-2026-IMP-002,Impurity A,0.15,0.02,6,0.25,0.05,6,10.0
MT-2026-DISS-003,Dissolution Q,85.0,1.5,6,84.5,1.6,6,5.0

Правила валидации входных данных

IDПолеПравилоКритичность
VR-001ProtocolIDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-002AnalyteNameПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-003SendingUnit_MeanПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.High
VR-004SendingUnit_SDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-005SendingUnit_NПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-006ReceivingUnit_MeanПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-007ReceivingUnit_SDПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-008ReceivingUnit_NПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium
VR-009Max_Allowed_Diff_PercentПоле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.Medium

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CLI executionПоддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002CSV importПрочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003Schema validationПроверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004Type conversionПреобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005Domain rule engineПрименить правила для Assay Transfer Protocol Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007JSON exportЗаписать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008Audit supportСохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009Integration contractПоддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010Error handlingВозвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "assaytransferprotocolchecker",
  "utilityFolder": "AssayTransferProtocolChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "ProtocolID",
      "value": "MT-2026-API-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "AnalyteName",
      "value": "Assay of Drug X",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "SendingUnit_Mean",
      "value": "99.5",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "SendingUnit_SD",
      "value": "0.8",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "SendingUnit_N",
      "value": "6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "ReceivingUnit_Mean",
      "value": "99.2",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "ReceivingUnit_SD",
      "value": "0.9",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "ReceivingUnit_N",
      "value": "6",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "Max_Allowed_Diff_Percent",
      "value": "2.0",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "AssayTransferProtocolChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URSFSТестПодтверждение
URS-001FS-001, FS-002OQ-001Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002FS-005, FS-006OQ-004Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003FS-003, FS-004, FS-010OQ-002, OQ-003Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004FS-005, FS-006OQ-004, PQ-001Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005FS-007, FS-009OQ-005Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006FS-008OQ-006Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007FS-008, FS-010IQ-001, OQ-007Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008FS-005, FS-008PQ-002Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

IDСценарийОжидаемый результат
IQ-001Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001Валидная строка из примера input.csv.PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002Удалить обязательную колонку из CSV.Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003Внести нечисловое значение в числовое поле.Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004Значение критического параметра вывести за предел.FAIL и critical finding.
OQ-005Проверить структуру output.json.Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006Проверить трассируемость серии/образца.Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

  • Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
  • Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
  • Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
  • Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
  • Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Биофармацевтика расширенная

Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.

Открыть

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть