Назначение

Определить пользовательские требования к автономной FUZKK-утилите, которая принимает CSV-файл лабораторных данных, выполняет проверку по зашитым в код правилам и формирует LabWare-compatible JSON.

Область применения

Утилита предназначена для предварительной QC/QA-оценки, интеграционного тестирования, LIMS/LabWare flow и подготовки evidence trail. Окончательное решение остаётся за валидированной процедурой лаборатории и ответственным персоналом.

Пользователи

QC analyst, QA reviewer, CSV/validation engineer, LIMS/LabWare integration engineer, responsible laboratory specialist.

Пользовательские требования

1. Утилита должна запускаться без параметров и выводить самоописание, пример input.csv из GetDemoData() и demo evaluation для встроенного набора данных.
2. Утилита должна запускаться с двумя параметрами: input.csv output.json.
3. Утилита не должна читать input.csv и не должна писать output.json при запуске без параметров.
4. CSV должен читаться с CultureInfo.InvariantCulture для числовых значений.
5. Результат должен формироваться в LabWare-compatible JSON с Header, Samples, Results, Status, StatusCode, ErrorMessage, Description и DescriptionEN.
6. При PASS поле ErrorMessage должно быть пустой строкой.
7. Зашитые лимиты должны следовать приоритету: Ph. Eur. → British Pharmacopoeia / UK implementation → ЕАЭС / региональные требования → EMA/ICH/EU guidance → USP fallback.
8. Если точная монография неизвестна, применяются строгие стандартные API-лимиты: Assay 98–102%, total impurities ≤1.0%, individual impurity ≤0.5%, если это применимо к типу утилиты.
9. Для биопрепаратов и mAb-like продуктов должны учитываться агрегаты, стерильность и эндотоксины, если такие параметры релевантны назначению утилиты.
10. Если параметр может приходить в разных единицах, единица должна быть отдельным входным полем или явно отражаться в имени поля input.csv.

Входной CSV

BatchNumber,ADCName,Unconjugated_Ab_Percent,Half_Conjugated_Percent,Fully_Conjugated_Percent,Clearance_Rate_mL_day_kg,Target_Occupancy_Percent,ProcessYield_Percent,ConjugationMethod
ADC-UAB-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,2.5,10.0,87.5,12.0,92.0,85.0,Site-Specific
ADC-UAB-2026-002,Sacituzumab-Govitecan,4.0,12.0,84.0,14.5,85.0,78.0,Random
ADC-UAB-2026-003,Polatuzumab-Vedotin,1.0,5.0,94.0,10.0,95.0,90.0,Site-Specific

Поля input.csv

Описание утилиты

ADC Unconjugated Antibody Tracker — Трекер несвязанного антитела в ADC

ADC Unconjugated Antibody Tracker — Трекер несвязанного антитела в ADC

ℹ️ Утилита контролирует содержание несвязанного и частично конъюгированного антитела:
• Несвязанное антитело DAR0 (≤5.0%)
• Частично конъюгированные формы (≤15.0%)
• Занятость мишени (≥80%)
• Выход процесса очистки (≥70%)

⚠️ КРИТИЧНО: Несвязанное антитело конкурирует за мишень без доставки токсина!
Это снижает терапевтическую эффективность и увеличивает дозу.

Использование:
ADCUnconjugatedAntibodyTracker.exe → демо-режим (вывод в консоль)
ADCUnconjugatedAntibodyTracker.exe input.csv output.json → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ADCName,Unconjugated_Ab_Percent,Half_Conjugated_Percent,Fully_Conjugated_Percent,Clearance_Rate_mL_day_kg,Target_Occupancy_Percent,ProcessYield_Percent,ConjugationMethod

Пример:
ADC-UAB-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,2.5,10.0,87.5,12.0,92.0,85.0,Site-Specific

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Контроль несвязанного антитела критичен для эффективности ADC:
• Несвязанное антитело (DAR0) связывается с антигеном на опухоли, но не убивает клетку
• Оно блокирует доступ для полноценных молекул ADC, снижая общую эффективность терапии
• Частично конъюгированные формы могут иметь нестабильную фармакокинетику
• Процесс удаления несвязанного антитела (очистка) сложен и может снижать выход продукта
• Для site-specific конъюгации уровень DAR0 обычно ниже, чем для random

⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Несвязанное антитело ≤5.0% — обеспечивает высокую занятость мишени активными формами
• Частично конъюгированные формы ≤15.0% — контроль однородности продукта
• Занятость мишени ≥80% — гарантирует доставку достаточной дозы токсина в опухоль
• Выход процесса ≥70% — экономическая целесообразность производства
• Высокий уровень DAR0 требует увеличения дозы препарата, что повышает риск побочных эффектов

Ключевые особенности утилиты:
• Оценка влияния DAR0 на занятость рецепторов (Target Occupancy)
• Контроль промежуточных форм конъюгации
• Мониторинг выхода процесса очистки от несвязанного антитела
• Сравнение методов конъюгации (Random vs Site-specific)

Критические параметры:
• Несвязанное антитело (DAR0): ≤5.0%
• Частично конъюгированные формы: ≤15.0%
• Занятость мишени: ≥80%
• Выход процесса: ≥70%

💡 Советы по использованию:
1. Используйте HIC-HPLC для разделения форм по степени гидрофобности (DAR)
2. Site-specific конъюгация (например, через цистеины или гликаны) дает более узкий профиль DAR0
3. Оптимизируйте условия хроматографии для максимального удаления DAR0 без потерь продукта
4. Контролируйте занятость мишени в моделях in vivo для подтверждения эффективности
5. При высоком уровне DAR0 пересмотрите стехиометрию реакции конъюгации

⚠️ Особенность: В отличие от свободного токсина, несвязанное антитело не является токсичным само по себе, но оно "ворует" мишени у лекарства. Это явление называется competitive inhibition. Для препаратов с высокой экспрессией антигена это менее критично, но для низкоэкспрессируемых мишеней уровень DAR0 должен быть минимальным.

Трассируемость и ограничения

• URS используется как исходный документ для functional specification, CSV review и последующей CSV/validation работы.
• Документ не является заменой утверждённой фармакопейной монографии, валидированного метода или внутренней спецификации продукта.
• Для product-specific лимитов приоритет имеет утверждённая спецификация заказчика.

Функциональная спецификация описывает поведение автономной консольной утилиты FUZKK, формат входных данных, алгоритм оценки и структуру выходного JSON.

Функциональный поток

1. Main() проверяет количество аргументов.
2. Если аргументов нет: PrintHello() выводит описание и встроенный пример input.csv, затем RunDemoEvaluation() выполняет Evaluate() по GetDemoData() и печатает demo JSON.
3. Если передано два аргумента: RunWithFiles(input.csv, output.json) читает CSV, выполняет Evaluate() по каждой строке и записывает LabWare-compatible JSON.
4. LoadData() использует CultureInfo.InvariantCulture и не должен вызываться в no-args режиме.
5. Evaluate() возвращает именованный кортеж с BatchNumber, ProductName, Parameters, CriticalFailCount, WarningCount, Recommendation и RecommendationEN.
6. GetIssues() формирует сообщения для ErrorMessage при WARNING/FAIL.

Правила оценки

• PASS: CriticalFailCount = 0 и WarningCount = 0.
• WARNING: CriticalFailCount = 0 и WarningCount > 0.
• FAIL: CriticalFailCount > 0.
• ERROR: исключение при чтении или обработке данных.
• ErrorMessage остаётся пустым при PASS.
• Лимиты зашиты в Program.cs; внешняя конфигурация лимитов не требуется.

Ввод и поля

BatchNumber,ADCName,Unconjugated_Ab_Percent,Half_Conjugated_Percent,Fully_Conjugated_Percent,Clearance_Rate_mL_day_kg,Target_Occupancy_Percent,ProcessYield_Percent,ConjugationMethod
ADC-UAB-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,2.5,10.0,87.5,12.0,92.0,85.0,Site-Specific
ADC-UAB-2026-002,Sacituzumab-Govitecan,4.0,12.0,84.0,14.5,85.0,78.0,Random
ADC-UAB-2026-003,Polatuzumab-Vedotin,1.0,5.0,94.0,10.0,95.0,90.0,Site-Specific

Выходной JSON

{
  "Header": {
    "UtilityName": "ADC_Unconjugated_Antibody_Tracker",
    "Version": "1.0.0",
    "Timestamp": "UTC",
    "InstrumentID": "FUZKK-QC-WORKSTATION",
    "OperatorID": "Admin"
  },
  "Samples": [
    {
      "SampleID": "from BatchNumber",
      "BatchNumber": "from CSV",
      "ProductName": "from CSV",
      "TestName": "utility-specific test",
      "AnalysisCode": "utility-specific code",
      "Status": "PASS | WARNING | FAIL | ERROR",
      "StatusCode": "1 | 2 | 0 | -1",
      "ErrorMessage": "",
      "Description": "Russian recommendation",
      "DescriptionEN": "English recommendation",
      "Results": [
        {
          "ParameterName": "parameter",
          "ResultValue": 0.0,
          "UnitOfMeasure": "unit",
          "SpecificationLimit": "limit",
          "IsWithinSpec": true
        }
      ]
    }
  ]
}