Назначение

Определить пользовательские требования к автономной FUZKK-утилите, которая принимает CSV-файл лабораторных данных, выполняет проверку по зашитым в код правилам и формирует LabWare-compatible JSON.

Область применения

Утилита предназначена для предварительной QC/QA-оценки, интеграционного тестирования, LIMS/LabWare flow и подготовки evidence trail. Окончательное решение остаётся за валидированной процедурой лаборатории и ответственным персоналом.

Пользователи

QC analyst, QA reviewer, CSV/validation engineer, LIMS/LabWare integration engineer, responsible laboratory specialist.

Пользовательские требования

1. Утилита должна запускаться без параметров и выводить самоописание, пример input.csv из GetDemoData() и demo evaluation для встроенного набора данных.
2. Утилита должна запускаться с двумя параметрами: input.csv output.json.
3. Утилита не должна читать input.csv и не должна писать output.json при запуске без параметров.
4. CSV должен читаться с CultureInfo.InvariantCulture для числовых значений.
5. Результат должен формироваться в LabWare-compatible JSON с Header, Samples, Results, Status, StatusCode, ErrorMessage, Description и DescriptionEN.
6. При PASS поле ErrorMessage должно быть пустой строкой.
7. Зашитые лимиты должны следовать приоритету: Ph. Eur. → British Pharmacopoeia / UK implementation → ЕАЭС / региональные требования → EMA/ICH/EU guidance → USP fallback.
8. Если точная монография неизвестна, применяются строгие стандартные API-лимиты: Assay 98–102%, total impurities ≤1.0%, individual impurity ≤0.5%, если это применимо к типу утилиты.
9. Для биопрепаратов и mAb-like продуктов должны учитываться агрегаты, стерильность и эндотоксины, если такие параметры релевантны назначению утилиты.
10. Если параметр может приходить в разных единицах, единица должна быть отдельным входным полем или явно отражаться в имени поля input.csv.

Входной CSV

BatchNumber,ADCName,HMW_Aggregates_Percent,Monomer_Percent,LMW_Fragments_Percent,SubVisibleParticles_10um,SubVisibleParticles_25um,Turbidity_NTU,StorageTemp_Celsius,StressTestDays,DAR_Value
ADC-AGG-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,0.8,98.5,0.7,1200,150,2.5,5.0,0,7.7
ADC-AGG-2026-002,Sacituzumab-Govitecan,1.2,97.8,1.0,2500,300,4.1,25.0,7,7.6
ADC-AGG-2026-003,Polatuzumab-Vedotin,0.5,99.1,0.4,800,100,1.8,5.0,0,3.5

Поля input.csv

Описание утилиты

ADC Aggregation Monitor — Мониторинг агрегации ADC-препаратов

ADC Aggregation Monitor — Мониторинг агрегации ADC-препаратов

ℹ️ Утилита анализирует профиль агрегации и частиц в ADC:
• Высокомолекулярные агрегаты (HMW) ≤1.5%
• Чистота мономера ≥98.0%
• Низкомолекулярные фрагменты (LMW) ≤2.0%
• Частицы >10 мкм ≤6000 шт/мл
• Частицы >25 мкм ≤600 шт/мл
• Мутность ≤10 NTU

⚠️ КРИТИЧНО: Гидрофобные токсины повышают риск агрегации!
Агрегаты ADC высокоиммуногенны и могут вызвать анафилаксию.

Использование:
ADCAggregationMonitor.exe → демо-режим (вывод в консоль)
ADCAggregationMonitor.exe input.csv output.json → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ADCName,HMW_Aggregates_Percent,Monomer_Percent,LMW_Fragments_Percent,SubVisibleParticles_10um,SubVisibleParticles_25um,Turbidity_NTU,StorageTemp_Celsius,StressTestDays,DAR_Value

Пример:
ADC-AGG-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,0.8,98.5,0.7,1200,150,2.5,5.0,0,7.7

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Контроль агрегации критичен для ADC-препаратов (Hengrui, BeiGene, Hansoh и др.):
• Конъюгация гидрофобного токсина нарушает структуру антитела, повышая склонность к слипанию
• Агрегаты вызывают иммунный ответ (ADA), нейтрализацию препарата и аллергические реакции
• Субвидимые частицы могут закупоривать капилляры или вызывать воспалительные реакции
• Для регуляторов (NMPA, FDA) профиль частиц является ключевым параметром безопасности

⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• HMW Агрегаты ≤1.5% — основной маркер стабильности конъюгата
• Мономер ≥98.0% — гарантирует наличие активной формы препарата
• Частицы >10 мкм ≤6000 — соответствие USP <788> для парентеральных форм
• Мутность ≤10 NTU — индикатор наличия крупных преципитатов токсина
• Высокий DAR (например, 7.7 у T-DXd) значительно повышает риск агрегации по сравнению с низким DAR (3.5)

Ключевые особенности утилиты:
• Комплексный анализ SEC-HPLC (размер-эксклюзионная хроматография)
• Подсчет субвидимых частиц (метод светорассеяния или резистивного импульса)
• Оценка влияния DAR на стабильность
• Мониторинг стресс-тестов (температура, время хранения)

Критические параметры:
• HMW Агрегаты: ≤1.5%
• Мономер: ≥98.0%
• LMW Фрагменты: ≤2.0%
• Частицы >10 мкм: ≤6000 шт/мл
• Частицы >25 мкм: ≤600 шт/мл
• Мутность: ≤10 NTU

💡 Советы по использованию:
1. Используйте SEC-MALS для точного определения молекулярной массы агрегатов
2. Избегайте фильтрации образцов перед анализом, если это не требуется методом (фильтры удаляют крупные агрегаты)
3. Контролируйте температуру образцов — нагрев ускоряет агрегацию гидрофобных ADC
4. Сравнивайте профили агрегации до и после стресс-тестов (заморозка/оттаивание)
5. При высоком уровне агрегатов (>1.5%) рассмотрите оптимизацию буфера или процесса очистки

⚠️ Особенность: В отличие от обычных моноклональных антител, ADC подвержены "токсин-индуцированной агрегации". Это происходит, когда гидрофобные молекулы токсина стремятся минимизировать контакт с водой, слипаясь друг с другом даже внутри структуры белка. Утилита помогает выявить такие риски на ранних этапах разработки.

Трассируемость и ограничения

• URS используется как исходный документ для functional specification, CSV review и последующей CSV/validation работы.
• Документ не является заменой утверждённой фармакопейной монографии, валидированного метода или внутренней спецификации продукта.
• Для product-specific лимитов приоритет имеет утверждённая спецификация заказчика.

Функциональная спецификация описывает поведение автономной консольной утилиты FUZKK, формат входных данных, алгоритм оценки и структуру выходного JSON.

Функциональный поток

1. Main() проверяет количество аргументов.
2. Если аргументов нет: PrintHello() выводит описание и встроенный пример input.csv, затем RunDemoEvaluation() выполняет Evaluate() по GetDemoData() и печатает demo JSON.
3. Если передано два аргумента: RunWithFiles(input.csv, output.json) читает CSV, выполняет Evaluate() по каждой строке и записывает LabWare-compatible JSON.
4. LoadData() использует CultureInfo.InvariantCulture и не должен вызываться в no-args режиме.
5. Evaluate() возвращает именованный кортеж с BatchNumber, ProductName, Parameters, CriticalFailCount, WarningCount, Recommendation и RecommendationEN.
6. GetIssues() формирует сообщения для ErrorMessage при WARNING/FAIL.

Правила оценки

• PASS: CriticalFailCount = 0 и WarningCount = 0.
• WARNING: CriticalFailCount = 0 и WarningCount > 0.
• FAIL: CriticalFailCount > 0.
• ERROR: исключение при чтении или обработке данных.
• ErrorMessage остаётся пустым при PASS.
• Лимиты зашиты в Program.cs; внешняя конфигурация лимитов не требуется.

Ввод и поля

BatchNumber,ADCName,HMW_Aggregates_Percent,Monomer_Percent,LMW_Fragments_Percent,SubVisibleParticles_10um,SubVisibleParticles_25um,Turbidity_NTU,StorageTemp_Celsius,StressTestDays,DAR_Value
ADC-AGG-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,0.8,98.5,0.7,1200,150,2.5,5.0,0,7.7
ADC-AGG-2026-002,Sacituzumab-Govitecan,1.2,97.8,1.0,2500,300,4.1,25.0,7,7.6
ADC-AGG-2026-003,Polatuzumab-Vedotin,0.5,99.1,0.4,800,100,1.8,5.0,0,3.5

Выходной JSON

{
  "Header": {
    "UtilityName": "ADC_Aggregation_Monitor",
    "Version": "1.0.0",
    "Timestamp": "UTC",
    "InstrumentID": "FUZKK-QC-WORKSTATION",
    "OperatorID": "Admin"
  },
  "Samples": [
    {
      "SampleID": "from BatchNumber",
      "BatchNumber": "from CSV",
      "ProductName": "from CSV",
      "TestName": "utility-specific test",
      "AnalysisCode": "utility-specific code",
      "Status": "PASS | WARNING | FAIL | ERROR",
      "StatusCode": "1 | 2 | 0 | -1",
      "ErrorMessage": "",
      "Description": "Russian recommendation",
      "DescriptionEN": "English recommendation",
      "Results": [
        {
          "ParameterName": "parameter",
          "ResultValue": 0.0,
          "UnitOfMeasure": "unit",
          "SpecificationLimit": "limit",
          "IsWithinSpec": true
        }
      ]
    }
  ]
}