LCMSConfirmationQualityChecker

LC-MS Confirmation

LabEx laboratory QC CSV→JSON URS & FS chromatography elemental impurities spectroscopy utilities / cleanroom
Открыть подборку
LC-MS Confirmation Quality Checker — Подтверждение структуры методом ЖХ-МС

ℹ️  Утилита проверяет критические параметры идентификации веществ методом масс-спектрометрии высокого разрешения (HRMS):
   • Отклонение массы (Mass Error): ≤5.0 ppm
   • Соответствие изотопного паттерна (Isotope Match): ≥90.0%
   • Чистота масс-спектра (Spectral Purity): ≥0.95

⚠️  КРИТИЧНО: Большое отклонение массы (>5 ppm) указывает на неверную элементную формулу!
   Низкая чистота спектра может свидетельствовать о наличии ко-элюирующих примесей.

Использование:
 LCMSConfirmationQualityChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
 LCMSConfirmationQualityChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ObservedMass,TheoreticalMass,MassErrorPPM,IsotopeRatioMatchPercent,SpectralPurityScore

Пример:
 LCMS-CONF-2026-001,325.1234,325.1230,1.2,98.5,0.99

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
ЖХ-МС является золотым стандартом для подтверждения структуры активных фармацевтических ингредиентов (АФИ) и идентификации неизвестных примесей.
• Высокая точность массы позволяет определить элементный состав с высокой вероятностью.
• Изотопный паттерн (распределение изотопов C13, N15, Cl37 и др.) является уникальным "отпечатком пальца" молекулы.
• Требуется регуляторами (ICH Q3A, Q3B) для характеристики примесей выше порога идентификации.
• Автоматизация проверки критериев исключает субъективность при интерпретации сложных спектров.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Калибровка масс-спектрометра должна проводиться перед каждой серией анализов.
• Для уверенной идентификации недостаточно только точной массы; необходимо совпадение изотопного распределения.
• Ко-элюция (наложение пиков) может исказить масс-спектр и привести к ложным выводам.
• Использование стандартов высокого разрешения (QTOF, Orbitrap) обязательно для достижения точности <5 ppm.

Ключевые особенности утилиты:
• Проверка точности массы в ppm.
• Оценка соответствия теоретического и экспериментального изотопного паттерна.
• Контроль качества спектра (чистоты).

Критические параметры:
• Mass Error: <= 5.0 ppm
• Isotope Match: >= 90.0%
• Spectral Purity: >= 0.95

💡 Советы по использованию:
1. Используйте внутренние стандарты для коррекции дрейфа массы во времени.
2. Оптимизируйте энергию столкновения (CID) для получения информативных фрагментов (MS/MS).
3. Проверяйте наличие аддуктов (Na, K, Formate) при интерпретации спектров.
4. Для сложных матриц используйте хроматографическое разделение высокого разрешения.
5. Сохраняйте сырые данные (.raw/.d) для возможности повторной обработки в будущем.

⚠️ Особенность: В отличие от УФ-детектирования, МС предоставляет информацию о массе и структуре, что позволяет идентифицировать вещества без наличия эталонных образцов (при использовании библиотек масс-спектров).

input.csv

BatchNumber,ObservedMass,TheoreticalMass,MassErrorPPM,IsoMatch%,PurityScore
LCMS-CONF-2026-001,325.1234,325.1230,1.2,98.5,0.99
LCMS-CONF-2026-002,450.2100,450.2095,1.1,97.0,0.98
LCMS-FAIL-2026-003,325.1500,325.1230,83.0,85.0,0.90

URS & FS — LC-MS Confirmation

Документ описывает пользовательские требования и функциональную спецификацию для утилиты LCMSConfirmationQualityChecker. Утилита предназначена для использования в лаборатории ОКК/QC как rule-based проверка данных, подготовленных из прибора, LIMS, ELN, MES или вручную утверждённого input.csv.

URS — пользовательские требования

IDТребованиеКритичностьКритерий приемки
URS-001Утилита должна принимать input.csv с утверждёнными колонками: BatchNumber, ObservedMass, TheoreticalMass, MassErrorPPM, IsoMatch%, PurityScore.HighCSV обрабатывается без ручной правки заголовков.
URS-002Утилита должна выполнять детерминированную проверку данных для объекта «LC-MS Confirmation» без применения машинного обучения.HighОдинаковые входные данные дают одинаковый JSON-результат.
URS-003Утилита должна валидировать обязательные поля, числовые форматы, флаги, диапазоны и предметную правдоподобность значений.HighОшибки схемы и преобразования явно отражаются в результате.
URS-004Утилита должна формировать output.json со статусами PASS / WARNING / FAIL, исходными значениями, предупреждениями и отказами.HighJSON пригоден для review, расследования отклонений и интеграции.
URS-005Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ или CSV/CSA-проверки.MediumURS/FS, контракт CSV/JSON и тестовые сценарии доступны вместе с утилитой.

Контракт input.csv

#ПолеПримерНазначение
1BatchNumberLCMS-CONF-2026-001Входной параметр для детерминированной проверки ОКК/QC.
2ObservedMass325.1234Входной параметр для детерминированной проверки ОКК/QC.
3TheoreticalMass325.1230Входной параметр для детерминированной проверки ОКК/QC.
4MassErrorPPM1.2Входной параметр для детерминированной проверки ОКК/QC.
5IsoMatch%98.5Входной параметр для детерминированной проверки ОКК/QC.
6PurityScore0.99Входной параметр для детерминированной проверки ОКК/QC.

FS — функциональная спецификация

IDФункцияРеализация
FS-001CSV importПрочитать input.csv, проверить заголовок, число колонок и кодировку.
FS-002Schema validationПроверить обязательность полей и допустимость входных значений.
FS-003Rule engineПрименить предметные правила, лимиты и проверки системной пригодности/спецификации, описанные в исходном описании утилиты.
FS-004Status aggregationСформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-005JSON exportЗаписать машинно-читаемый output.json для LIMS/ELN/MES и QA/QC review.

OQ/PQ сценарии

  • OQ-001: валидная строка из примера должна обрабатываться без ошибки схемы.
  • OQ-002: отсутствие обязательной колонки должно приводить к ошибке схемы.
  • OQ-003: нечисловое значение в числовом поле должно приводить к ошибке преобразования.
  • OQ-004: значение критического параметра вне предела должно давать FAIL или critical finding.
  • PQ-001: реальные серии пользователя проверяются с сохранением input.csv, output.json, версии утилиты и контрольной суммы.

Входит в пакеты

Наркология

Пакет QC-утилит для наркологии и регулируемых лекарственных средств: препараты для терапии зависимости, опиоиды, бензодиазепины, стимуляторы, седативные средства, летучие примеси, assay/identity/dissolution/release checks.

Открыть

Биофармацевтика расширенная

Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.

Открыть

Инфекционистика

Пакет QC-утилит для инфекционистики: антибактериальные, противовирусные, противогрибковые и противопаразитарные продукты, микробиология, стерильность, эндотоксины, вирусная безопасность, вакцинные release-checks.

Открыть

LabEx QC Suite

Пакет LabEx для лабораторных методов контроля качества: хроматография, спектроскопия, микробиология, стерильность, эндотоксины, частицы, растворение, вода, чистые помещения и подготовка образцов.

Открыть

Радиология

Пакет для радиологии и диагностической визуализации: радиофармпрепараты, PET/SPECT, контрастные вещества, йодсодержащие и гадолиниевые препараты, а также проверки частиц, стерильности и эндотоксинов.

Открыть

Токсикология

Пакет QC-утилит для токсикологически значимых рисков: генотоксичные примеси, остаточные растворители, элементные примеси, тяжёлые металлы, ртуть, микотоксины, пестициды, extractables/leachables и деградационные примеси.

Открыть