BiopharmaStudySampleChecker

Biopharma Study Sample

Liquid Biopsy жидкостная биопсия cfDNA ctDNA CTC exosomes NGS qPCR

Описание утилиты: Biopharma Study Sample

Biopharma Study Sample Checker — Контроль образцов биофармацевтических исследований

ℹ️  Утилита выполняет комплексную проверку образцов доклинических и клинических исследований на соответствие протоколу и нормам GLP/GCP:
     • Информированное согласие: Обязательная верификация наличия подписанного ИС для каждого клинического образца.
     • Температурная целостность: Контроль соблюдения условий хранения и транспортировки.
     • Chain of Custody: Проверка непрерывности документальной цепи ответственности за образец.
     • Отклонения от протокола: Фиксация и классификация любых нарушений процедуры сбора/хранения.

⚠️  ВАЖНО: 
     • Использование образцов без подтверждённого согласия является грубым нарушением GCP и этических норм.
     • Нарушение температурного режима может сделать образец непригодным для анализа PK/PD или ADA.

Использование:
  BiopharmaStudySampleChecker.exe                            → демо-режим (вывод в консоль)
  BiopharmaStudySampleChecker.exe input.csv output.json      → оценка ваших данных

Формат input.csv:
StudyID,SubjectID,SampleID,MatrixType,Timepoint,CollectionDate,ReceiptDate,StorageTemp_C,MinStorageTemp_C,MaxStorageTemp_C,ConsentVerified,ChainOfCustodyComplete,ProtocolDeviation

Пример:
  STUDY-001,SUBJ-01,SMP-001,Serum,Pre-dose,2026-06-01 08:00,2026-06-01 14:00,-70,-80,-60,true,true,

📍 Область применения (Usage Where):
     • Клинические исследования (Phase I-III): Приемка образцов в центральной лаборатории.
     • Доклинические исследования (GLP): Контроль образцов токсикокинетики и TK/PD.
     • Биобанкинг: Инвентаризация и проверка качества хранимых образцов.
     • Аудит и инспекции: Подтверждение соответствия практики сбора образцов протоколу.

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Качество данных исследования напрямую зависит от качества образцов.
Ошибки на преаналитическом этапе (неверная маркировка, нарушение температуры, отсутствие согласия) невозможно исправить постфактум.
Автоматизированная проверка исключает использование компрометированных образцов и защищает целостность всего исследования.

⚠️  КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Consent: Отсутствие верификации = автоматический REJECT.
• Temperature: Отклонение даже на несколько градусов может денатурировать белковые терапевтики.
• CoC: Разрыв цепи ответственности ставит под сомнение происхождение образца.
• Deviations: Все отклонения должны быть задокументированы и оценены PI/Sponsor.

Ключевые особенности утилиты:
• Многоуровневая проверка (Consent → Temp → CoC → Deviation)
• Автоматическая классификация статуса (Accepted/Quarantine/Rejected)
• Поддержка различных типов матриц и временных точек
• Генерация отчетов для аудиторов и спонсоров
• Соответствие требованиям ICH E6(R2) и GLP

Критические параметры:
• Consent Verified: True
• Storage Temp: В пределах установленного диапазона
• Chain of Custody: Complete
• Protocol Deviation: None или задокументировано

💡 Советы по использованию:
1. Интеграция с EDC: Синхронизируйте данные об ИС из электронной системы сбора данных.
2. Логгеры температуры: Используйте цифровые логгеры для объективного подтверждения условий.
3. Обучение персонала: Регулярно обучайте координаторов правилам сбора и маркировки.
4. Документирование: Сохраняйте все отчеты как часть Trial Master File.
5. Эскалация: Немедленно сообщайте о нарушениях ИС в этический комитет.

⚠️ Примечание: Данная утилита является инструментом контроля качества преаналитического этапа. Она не заменяет мониторинг клинического исследования, но обеспечивает надежность входных данных для лабораторного анализа.

input.csv

StudyID,SubjectID,SampleID,MatrixType,Timepoint,CollectionDate,ReceiptDate,StorageTemp_C,MinStorageTemp_C,MaxStorageTemp_C,ConsentVerified,ChainOfCustodyComplete,ProtocolDeviation
STUDY-PH1-2026-001,SUBJ-001,SMP-001-PRE,Serum,Pre-dose,2026-06-01 08:00:00,2026-06-01 14:00:00,-70,-80,-60,true,true,
STUDY-PH1-2026-001,SUBJ-002,SMP-002-1H,Plasma,1h Post-dose,2026-06-02 09:00:00,2026-06-03 10:00:00,-45,-80,-60,true,false,Temperature excursion during transport
STUDY-PH1-2026-001,SUBJ-003,SMP-003-24H,Serum,24h Post-dose,2026-06-03 08:00:00,2026-06-03 12:00:00,-75,-80,-60,false,true,Consent pending verification

URS & FS — спецификация пользователя и функциональная спецификация

Документ описывает контролируемый интерфейс и поведение утилиты BiopharmaStudySampleChecker для сценария Biopharma Study Sample Checker.

Предметные ограничения URS input.csv FS IQ/OQ/PQ

Предметные ограничения и критические параметры

Ниже приведены ключевые фрагменты исходного описания. Перед продуктивным применением пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.

ℹ️ Утилита выполняет комплексную проверку образцов доклинических и клинических исследований на соответствие протоколу и нормам GLP/GCP:
⚠️ ВАЖНО:
⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• Соответствие требованиям ICH E6(R2) и GLP
Критические параметры:
• Storage Temp: В пределах установленного диапазона

URS — пользовательские требования

ID	Требование	Критичность	Критерий приемки
URS-001	Утилита должна принимать файл input.csv для Biopharma Study Sample Checker с заголовками, определёнными в контракте данных.	High	Файл обрабатывается без ручного изменения заголовков.
URS-002	Утилита должна выполнять детерминированную оценку QC/ОКК без машинного обучения и без вероятностного принятия решения о соответствии.	High	При одинаковых входных данных, версии правил и конфигурации результат полностью воспроизводим.
URS-003	Утилита должна валидировать обязательные поля, типы данных, диапазоны, единицы измерения и предметную правдоподобность значений.	High	Ошибки схемы, преобразования и диапазона явно отражаются в результате.
URS-004	Утилита должна применять предметные пределы и правила из описания, утверждённой спецификации, регистрационного досье и локальных SOP.	High	Каждая проверка имеет результат PASS/WARNING/FAIL и понятное сообщение.
URS-005	Утилита должна формировать output.json с машинно-читаемыми результатами, исходными значениями, предупреждениями, отказами и критическими находками.	High	JSON пригоден для LIMS/ELN/MES-интеграции и QA/QC review.
URS-006	Утилита должна сохранять трассируемость между серией/образцом, входным файлом, применёнными правилами и итоговым статусом.	High	Выход содержит идентификаторы, список параметров и audit metadata.
URS-007	Документация должна поддерживать подготовку IQ/OQ/PQ, CSV/CSA и обсуждение с инспекторами или внутренним QA.	Medium	URS, FS, контракт input/output и тестовые сценарии поставляются вместе с утилитой.
URS-008	Утилита должна использоваться как decision-support инструмент QC, а не как замена утверждённым спецификациям и выпускному решению Qualified Person/QA.	Medium	В документации указан контроль change control и необходимость сверки пределов.

Контракт input.csv

#	Поле	Тип	Пример	Назначение
1	`StudyID`	string / controlled vocabulary	`STUDY-PH1-2026-001`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
2	`SubjectID`	string / controlled vocabulary	`SUBJ-001`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
3	`SampleID`	string / controlled vocabulary	`SMP-001-PRE`	Идентификатор образца или лабораторной пробы.
4	`MatrixType`	string / controlled vocabulary	`Serum`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
5	`Timepoint`	string / controlled vocabulary	`Pre-dose`	Временной параметр процесса, инкубации, хранения или анализа.
6	`CollectionDate`	string / controlled vocabulary	`2026-06-01 08:00:00`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
7	`ReceiptDate`	string / controlled vocabulary	`2026-06-01 14:00:00`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
8	`StorageTemp_C`	decimal	`-70`	Температурный профиль/MKT; параметр хранения, перевозки и стабильности.
9	`MinStorageTemp_C`	decimal	`-80`	Температурный профиль/MKT; параметр хранения, перевозки и стабильности.
10	`MaxStorageTemp_C`	decimal	`-60`	Температурный профиль/MKT; параметр хранения, перевозки и стабильности.
11	`ConsentVerified`	string / controlled vocabulary	`true`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
12	`ChainOfCustodyComplete`	string / controlled vocabulary	`true`	Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.
13	`ProtocolDeviation`	string / controlled vocabulary		Контролируемый входной параметр для детерминированных QC-правил.

StudyID,SubjectID,SampleID,MatrixType,Timepoint,CollectionDate,ReceiptDate,StorageTemp_C,MinStorageTemp_C,MaxStorageTemp_C,ConsentVerified,ChainOfCustodyComplete,ProtocolDeviation
STUDY-PH1-2026-001,SUBJ-001,SMP-001-PRE,Serum,Pre-dose,2026-06-01 08:00:00,2026-06-01 14:00:00,-70,-80,-60,true,true,
STUDY-PH1-2026-001,SUBJ-002,SMP-002-1H,Plasma,1h Post-dose,2026-06-02 09:00:00,2026-06-03 10:00:00,-45,-80,-60,true,false,Temperature excursion during transport
STUDY-PH1-2026-001,SUBJ-003,SMP-003-24H,Serum,24h Post-dose,2026-06-03 08:00:00,2026-06-03 12:00:00,-75,-80,-60,false,true,Consent pending verification

Правила валидации входных данных

ID	Поле	Правило	Критичность
VR-001	`StudyID`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-002	`SubjectID`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-003	`SampleID`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	High
VR-004	`MatrixType`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-005	`Timepoint`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-006	`CollectionDate`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-007	`ReceiptDate`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-008	`StorageTemp_C`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-009	`MinStorageTemp_C`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-010	`MaxStorageTemp_C`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-011	`ConsentVerified`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-012	`ChainOfCustodyComplete`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium
VR-013	`ProtocolDeviation`	Поле должно соответствовать утверждённому справочнику/словарю или допустимой строковой форме.	Medium

FS — функциональная спецификация

ID	Функция	Реализация
FS-001	CLI execution	Поддержать режимы запуска: demo mode без аргументов и production mode input.csv output.json.
FS-002	CSV import	Прочитать input.csv в UTF-8/CSV-совместимом формате, проверить наличие заголовка и ожидаемых колонок.
FS-003	Schema validation	Проверить обязательные поля, количество колонок, неизвестные ключевые поля и пустые обязательные значения.
FS-004	Type conversion	Преобразовать числовые, флаговые и текстовые значения; некорректный формат фиксировать как ошибку строки.
FS-005	Domain rule engine	Применить правила для Biopharma Study Sample Checker, включая критические пределы из описания и утверждённой спецификации.
FS-006	Status aggregation	Сформировать итоговый статус: FAIL при критическом отказе, WARNING при некритическом отклонении, PASS при соответствии.
FS-007	JSON export	Записать output.json с детализацией проверок, исходными значениями, предупреждениями, отказами и critical findings.
FS-008	Audit support	Сохранять структуру результата пригодной для review, расследования отклонений и воспроизведения расчёта.
FS-009	Integration contract	Поддержать сценарий LIMS/ELN/MES → input.csv → utility → output.json → portal/admin review.
FS-010	Error handling	Возвращать явные сообщения для отсутствующего файла, пустого CSV, неверной схемы, ошибки записи output.json и некорректного формата.

Пример output.json

{
  "utilityId": "biopharmastudysamplechecker",
  "utilityFolder": "BiopharmaStudySampleChecker",
  "package": "LiquidBiopsy",
  "overallStatus": "PASS|WARNING|FAIL",
  "sourceFile": "input.csv",
  "processedAtUtc": "2026-06-10T00:00:00Z",
  "checks": [
    {
      "parameter": "StudyID",
      "value": "STUDY-PH1-2026-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-001"
    },
    {
      "parameter": "SubjectID",
      "value": "SUBJ-001",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-002"
    },
    {
      "parameter": "SampleID",
      "value": "SMP-001-PRE",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-003"
    },
    {
      "parameter": "MatrixType",
      "value": "Serum",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-004"
    },
    {
      "parameter": "Timepoint",
      "value": "Pre-dose",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-005"
    },
    {
      "parameter": "CollectionDate",
      "value": "2026-06-01 08:00:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-006"
    },
    {
      "parameter": "ReceiptDate",
      "value": "2026-06-01 14:00:00",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-007"
    },
    {
      "parameter": "StorageTemp_C",
      "value": "-70",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-008"
    },
    {
      "parameter": "MinStorageTemp_C",
      "value": "-80",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-009"
    },
    {
      "parameter": "MaxStorageTemp_C",
      "value": "-60",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-010"
    },
    {
      "parameter": "ConsentVerified",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-011"
    },
    {
      "parameter": "ChainOfCustodyComplete",
      "value": "true",
      "status": "PASS|WARNING|FAIL",
      "message": "Deterministic rule-based check result",
      "ruleReference": "FS-RULE-012"
    }
  ],
  "criticalFindings": [],
  "warnings": [],
  "audit": {
    "inputHash": "sha256:<calculated at runtime>",
    "rulesVersion": "<utility executable version>",
    "documentation": "BiopharmaStudySampleChecker.documentation.html"
  }
}

Матрица трассируемости

URS	FS	Тест	Подтверждение
URS-001	FS-001, FS-002	OQ-001	Проверить запуск и импорт валидного input.csv.
URS-002	FS-005, FS-006	OQ-004	Повторить один и тот же набор данных и сравнить output.json.
URS-003	FS-003, FS-004, FS-010	OQ-002, OQ-003	Проверить отсутствующие колонки и неверные типы.
URS-004	FS-005, FS-006	OQ-004, PQ-001	Проверить критические отклонения по реальным/граничным данным.
URS-005	FS-007, FS-009	OQ-005	Проверить JSON schema и пригодность для downstream-систем.
URS-006	FS-008	OQ-006	Проверить наличие идентификаторов и audit metadata.
URS-007	FS-008, FS-010	IQ-001, OQ-007	Проверить комплектность документации и control evidence.
URS-008	FS-005, FS-008	PQ-002	Проверить review workflow и запрет автоматической замены QA-решения.

IQ/OQ/PQ тестовые сценарии

ID	Сценарий	Ожидаемый результат
IQ-001	Проверить наличие executable, input.csv, документации и контрольной суммы.	Комплект поставки полон; версия зафиксирована.
OQ-001	Валидная строка из примера input.csv.	PASS или допустимый WARNING согласно правилам.
OQ-002	Удалить обязательную колонку из CSV.	Ошибка схемы или FAIL с указанием отсутствующей колонки.
OQ-003	Внести нечисловое значение в числовое поле.	Ошибка преобразования типа с указанием строки/поля.
OQ-004	Значение критического параметра вывести за предел.	FAIL и critical finding.
OQ-005	Проверить структуру output.json.	Все обязательные секции присутствуют, JSON валиден.
OQ-006	Проверить трассируемость серии/образца.	Идентификаторы входа и результатов совпадают.
PQ-001	Проверить 3–5 реальных партий/образцов пользователя.	Результат подтверждён QC/QA review.
PQ-002	Проверить workflow отклонения и ручного QA-решения.	Утилита поддерживает review, но не заменяет утверждённое решение.

QA/QC и change control

Не менять имена колонок без обновления валидатора, документации и тестового набора.
Хранить input.csv, output.json, версию исполняемого файла и контрольную сумму.
Перед продуктивным использованием провести IQ/OQ/PQ или эквивалентную CSV/CSA-проверку.
Критические пределы должны быть сверены с утверждённой спецификацией, регистрационным досье и локальными SOP.
Утилита предоставляет формализованный QC decision support, но окончательное решение выпуска остаётся за QA/QP и утверждёнными процедурами.

Входит в пакеты

Биофармацевтика расширенная

Расширенный coverage-пакет QC-утилит для mAb, биоаналогов, белков, инсулинов, вакцин, mRNA/LNP, HCP, стерильного выпуска, микробиологии, воды, cleanroom и стабильности.

Открыть

Жидкостная биопсия

Пакет для QC и преданалитического контроля жидкостной биопсии: cfDNA/ctDNA, CTC, EV/exosomes, метилирование, NGS/qPCR/ddPCR, контроль образцов, контаминации, чувствительности и отчётности.

Открыть