Назначение

Определить пользовательские требования к автономной FUZKK-утилите, которая принимает CSV-файл лабораторных данных, выполняет проверку по зашитым в код правилам и формирует LabWare-compatible JSON.

Область применения

Утилита предназначена для предварительной QC/QA-оценки, интеграционного тестирования, LIMS/LabWare flow и подготовки evidence trail. Окончательное решение остаётся за валидированной процедурой лаборатории и ответственным персоналом.

Пользователи

QC analyst, QA reviewer, CSV/validation engineer, LIMS/LabWare integration engineer, responsible laboratory specialist.

Пользовательские требования

1. Утилита должна запускаться без параметров и выводить самоописание, пример input.csv из GetDemoData() и demo evaluation для встроенного набора данных.
2. Утилита должна запускаться с двумя параметрами: input.csv output.json.
3. Утилита не должна читать input.csv и не должна писать output.json при запуске без параметров.
4. CSV должен читаться с CultureInfo.InvariantCulture для числовых значений.
5. Результат должен формироваться в LabWare-compatible JSON с Header, Samples, Results, Status, StatusCode, ErrorMessage, Description и DescriptionEN.
6. При PASS поле ErrorMessage должно быть пустой строкой.
7. Зашитые лимиты должны следовать приоритету: Ph. Eur. → British Pharmacopoeia / UK implementation → ЕАЭС / региональные требования → EMA/ICH/EU guidance → USP fallback.
8. Если точная монография неизвестна, применяются строгие стандартные API-лимиты: Assay 98–102%, total impurities ≤1.0%, individual impurity ≤0.5%, если это применимо к типу утилиты.
9. Для биопрепаратов и mAb-like продуктов должны учитываться агрегаты, стерильность и эндотоксины, если такие параметры релевантны назначению утилиты.
10. Если параметр может приходить в разных единицах, единица должна быть отдельным входным полем или явно отражаться в имени поля input.csv.

Входной CSV

BatchNumber,ADCName,LinkerType,PlasmaStability_HalfLife_h,LysosomalRelease_Rate_h,PrematureCleavage_Percent,StorageStability_Months,IntactADC_Percent_24h,Medium
ADC-LS-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,GGFG (Cleavable),120.0,15.0,3.5,24.0,96.5,Human Plasma
ADC-LS-2026-002,Sacituzumab-Govitecan,CL2A (Cleavable),72.0,12.0,8.0,18.0,92.0,Human Plasma
ADC-LS-2026-003,T-DM1,SMCC (Non-cleavable),200.0,2.0,1.0,36.0,99.0,Human Plasma

Поля input.csv

Описание утилиты

ADC Linker Stability Profiler — Профилировщик стабильности линкера ADC

ADC Linker Stability Profiler — Профилировщик стабильности линкера ADC

ℹ️ Утилита оценивает кинетику и стабильность линкера:
• Период полураспада в плазме (≥48 ч)
• Скорость высвобождения в лизосоме (≥5 %/ч)
• Преждевременное расщепление (≤10%)
• Интактный ADC через 24ч (≥90%)
• Прогноз срока годности (≥12 мес)

⚠️ КРИТИЧНО: Баланс между стабильностью в крови и высвобождением в опухоли!
Нестабильный линкер = системная токсичность.
Слишком стабильный линкер = отсутствие эффективности.

Использование:
ADCLinkerStabilityProfiler.exe → демо-режим (вывод в консоль)
ADCLinkerStabilityProfiler.exe input.csv output.json → оценка ваших данных

Формат input.csv:
BatchNumber,ADCName,LinkerType,PlasmaStability_HalfLife_h,LysosomalRelease_Rate_h,PrematureCleavage_Percent,StorageStability_Months,IntactADC_Percent_24h,Medium

Пример:
ADC-LS-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,GGFG (Cleavable),120.0,15.0,3.5,24.0,96.5,Human Plasma

— ЗАЧЕМ ЭТО НУЖНО?
Линкер определяет терапевтическое окно ADC (Hengrui, BeiGene, Hansoh):
• Должен быть стабилен в системном кровотоке для предотвращения "off-target" токсичности
• Должен эффективно расщепляться внутри опухолевой клетки (лизосома/цитоплазма) для высвобождения токсина
• Расщепляемые линкеры (Val-Cit, GGFG) обеспечивают эффект bystander killing
• Нерасщепляемые линкеры (SMCC) требуют полной деградации антитела в лизосоме

⚠️ КРИТИЧЕСКИ ВАЖНО:
• T1/2 в плазме ≥48 ч — обеспечивает доставку препарата к опухоли
• Скорость высвобождения ≥5 %/ч — гарантирует эффективную цитотоксичность
• Преждевременное расщепление ≤10% — минимизирует системную токсичность свободного токсина
• Интактный ADC ≥90% (24ч) — подтверждает стабильность в биологических средах
• Срок годности ≥12 мес — коммерческая жизнеспособность продукта

Ключевые особенности утилиты:
• Оценка кинетики расщепления в разных средах (плазма, лизосома)
• Контроль баланса стабильность/эффективность
• Прогнозирование срока годности на основе ускоренной стабильности
• Поддержка различных типов линкеров (cleavable/non-cleavable)

Критические параметры:
• Плазменный T1/2: ≥48 ч
• Лизосомальное высвобождение: ≥5 %/ч
• Преждевременное расщепление: ≤10%
• Интактный ADC (24ч): ≥90%
• Срок годности: ≥12 мес

💡 Советы по использованию:
1. Используйте LC-MS для мониторинга появления свободного токсина во времени
2. Тестируйте стабильность в плазме человека и мыши (видовые различия в ферментах!)
3. Для cleavable линкеров проверяйте специфичность к катепсину B или другим протеазам
4. Сравните профили стабильности при pH 7.4 (кровь) и pH 5.0 (лизосома)
5. При высоком уровне преждевременного расщепления рассмотрите замену линкера или введение стабилизирующих мутаций

⚠️ Особенность: Стабильность линкера является главным фактором, отличающим успешные ADC от неудачных. Исторически многие кандидаты проваливались в клинике из-за нестабильности линкера в плазме человека (несмотря на хорошую стабильность в мышиной плазме). Утилита помогает выявить такие риски на доклиническом этапе.

Трассируемость и ограничения

• URS используется как исходный документ для functional specification, CSV review и последующей CSV/validation работы.
• Документ не является заменой утверждённой фармакопейной монографии, валидированного метода или внутренней спецификации продукта.
• Для product-specific лимитов приоритет имеет утверждённая спецификация заказчика.

Функциональная спецификация описывает поведение автономной консольной утилиты FUZKK, формат входных данных, алгоритм оценки и структуру выходного JSON.

Функциональный поток

1. Main() проверяет количество аргументов.
2. Если аргументов нет: PrintHello() выводит описание и встроенный пример input.csv, затем RunDemoEvaluation() выполняет Evaluate() по GetDemoData() и печатает demo JSON.
3. Если передано два аргумента: RunWithFiles(input.csv, output.json) читает CSV, выполняет Evaluate() по каждой строке и записывает LabWare-compatible JSON.
4. LoadData() использует CultureInfo.InvariantCulture и не должен вызываться в no-args режиме.
5. Evaluate() возвращает именованный кортеж с BatchNumber, ProductName, Parameters, CriticalFailCount, WarningCount, Recommendation и RecommendationEN.
6. GetIssues() формирует сообщения для ErrorMessage при WARNING/FAIL.

Правила оценки

• PASS: CriticalFailCount = 0 и WarningCount = 0.
• WARNING: CriticalFailCount = 0 и WarningCount > 0.
• FAIL: CriticalFailCount > 0.
• ERROR: исключение при чтении или обработке данных.
• ErrorMessage остаётся пустым при PASS.
• Лимиты зашиты в Program.cs; внешняя конфигурация лимитов не требуется.

Ввод и поля

BatchNumber,ADCName,LinkerType,PlasmaStability_HalfLife_h,LysosomalRelease_Rate_h,PrematureCleavage_Percent,StorageStability_Months,IntactADC_Percent_24h,Medium
ADC-LS-2026-001,Trastuzumab-Deruxtecan,GGFG (Cleavable),120.0,15.0,3.5,24.0,96.5,Human Plasma
ADC-LS-2026-002,Sacituzumab-Govitecan,CL2A (Cleavable),72.0,12.0,8.0,18.0,92.0,Human Plasma
ADC-LS-2026-003,T-DM1,SMCC (Non-cleavable),200.0,2.0,1.0,36.0,99.0,Human Plasma

Выходной JSON

{
  "Header": {
    "UtilityName": "ADC_LinkerStability_Profiler",
    "Version": "1.0.0",
    "Timestamp": "UTC",
    "InstrumentID": "FUZKK-QC-WORKSTATION",
    "OperatorID": "Admin"
  },
  "Samples": [
    {
      "SampleID": "from BatchNumber",
      "BatchNumber": "from CSV",
      "ProductName": "from CSV",
      "TestName": "utility-specific test",
      "AnalysisCode": "utility-specific code",
      "Status": "PASS | WARNING | FAIL | ERROR",
      "StatusCode": "1 | 2 | 0 | -1",
      "ErrorMessage": "",
      "Description": "Russian recommendation",
      "DescriptionEN": "English recommendation",
      "Results": [
        {
          "ParameterName": "parameter",
          "ResultValue": 0.0,
          "UnitOfMeasure": "unit",
          "SpecificationLimit": "limit",
          "IsWithinSpec": true
        }
      ]
    }
  ]
}